Iqtisodiyoti 14 nashriyalar 275 iqtisodiyoti profilga qaring 102

Yo'llarni tahlil qilish usullari
2009).
faqat o'rganilayotgan namunalarda qaysi yo'llar ishtirok etishini bilishni xohlaydi. Juda ko'p .. lar bor
namunalar. Bunday yo'l tahlili ma'lumot bazasiga asoslangan yo'l tahlili deb ataladi
Metabolomik tadqiqotlarda, ayniqsa saraton tadqiqotlarida tasniflash va bashorat qilish uchun ishlatiladi
ishtirok etadilar. Ba'zi metabolik yo'llarni tahlil qilish usullari to'g'ridan-to'g'ri gendan olingan
Yo'lni tahlil qilish bizga metabolitlar aniqlangan biologik mexanizmlarni aniqlash imkonini beradi
ko'rsatilgan va biz faqat mavjud bo'lganlar asosida qaysi yo'l sezilarli darajada ishtirok etishini sinab ko'rishimiz kerak
Mourtzakis, Prado va boshqalar. 2012). Bundan tashqari, SVM regressiya muammolarida ham ishlatilishi mumkin, bu erda
simulyatsiya usullari.
ORA, Funktsional Sinf Skori (FCS) va ba'zi yo'llar haqida qisqacha ma'lumot bering
Fux, Friese, Seeger, Neubauer, Laufer va boshqalar. 2009; Stretch, Eastman, Mandal, Eisner, Wishart,
31
Machine Translated by Google

---

ikki tadqiqot guruhi o'rtasida. ORAni amalga oshirishdan oldin bizda metabolitlar ro'yxati bo'lishi kerak
jadvaldagi kichikroq hujayralar soni uchun ko'proq mos keladi va gipergeometrikdan foydalanadi
Keyinchalik, biz ORA ni bajarishimiz mumkin, bu 2 × 2 favqulodda vaziyatlar jadvali ( 1-jadval) testiga teng.
faqat eng muhim metabolitlar ishlatiladi va qolganlari e'tiborga olinmaydi va faqat soni
ORA ni bajarish oson, biroq uning bir qancha kamchiliklari bor. Birinchidan, o'shandan beri ko'p ma'lumotlar yo'qoladi
ahamiyati soxta kashfiyot stavkalari (FDR) yoki p-qiymatlari uchun oldindan belgilangan chegaraga etadi.
ORAda cheklovlar. Bir o'zgaruvchan FCS usullarining umumiy doirasi quyidagicha ishlaydi: Birinchidan,
individual metabolitlarning ifodalanishi. Ikkinchidan, bitta metabolit statistikasini jamlang
noto'g'ri mustaqillik. Misol uchun, u har bir metabolit va yo'l ekanligini taxmin qiladi
metabolitlari ma'lum yo'lda va ro'yxatda yoki yo'q, keyin statistik testni o'tkazing
statistika. Ma'lumotlar bazasidan barcha tegishli yo'llarni olganimizdan so'ng, biz sonini hisoblashimiz mumkin
aniqlangan metabolitlar hisobga olinadi. Ikkinchidan, optimal chegara aniq emas. Uchinchidan, taxmin qiladi
Funktsional sinflarni baholash (FCS) deb nomlangan usullarning ba'zilarini hal qilish uchun taklif qilingan
taniqli va eng oddiy. ORA yo'llar sezilarli darajada farq qiladimi yoki yo'qligini tekshirish uchun ishlatiladi
Ishlatilgan testlar orasida kattaroq namunalarni talab qiluvchi chi-kvadrat testi va Fisherning aniq testi,
bu yo'l har bir ma'lum yo'l uchun sezilarli darajada ishtirok etadimi. Eng tez-tez
boshqalardan mustaqil, lekin aslida bu taxmin haqiqiy bo'lmasligi mumkin. Shuning uchun, boshqa sinf
masalan, barcha metabolitlar uchun t-testlar yoki parametrik bo'lmagan testlar. Keyin kimning metabolitlarini tanlaymiz
2. Funktsional sinf reytingi (FCS)
tarqatish (Agresti 2014).
ikki guruh o'rtasidagi sezilarli farqlarni ko'rsatadi. Buni ikkita namunaviy test yordamida amalga oshirish mumkin,
Yagona metabolitlar statistikasini (masalan, t-statistik va z-statistik) differentsialni hisoblash orqali olish
32
Machine Translated by Google

---

Odatda ishlatiladigan bir o'zgaruvchan yo'l darajasi statistikasi o'rtacha, o'rtacha va boyitish ballini o'z ichiga oladi
Statistikaga ko'ra, nol gipoteza o'z-o'zidan mavjud, chunki nol gipoteza mavjud emas.
raqobatbardosh test o'z-o'zidan esa, yo'lning ichida ham, tashqarisida ham metabolitlarni ko'rib chiqadi
FCS usulining ba'zi kamchiliklari. Agar ikkita yo'l bir xil metabolitlarga ega bo'lsa, FCS beradi
bir o'zgaruvchan statistikadan ko'ra kuchliroqdir (Khatri, Sirota, Butte 2012). Shuningdek bor
gipoteza sinovi. Ikki xil nol gipoteza mavjud: raqobatbardosh va mustaqil. A
Metabolik yo'l/tarmoqni qayta qurish va simulyatsiya qilish - bu takomillashtirish uchun ishlatiladigan usullar to'plami