Ioinformatika: blast qanday ishlaydi?

Savol yuzaga keladi!

BLAST ko’rsatgan ko’rsatkichlar rostdan ham aniqmi? Men tutgan baliq aniq Pseudorasbora parva mi?

BLAST menga aniqlik darajasi 98-99% deb ko’rsatmoqda. Bu deyarli aniq degan gap. Agar o’xshashlik ko’rsatkichi 96 foizdan past bo’lsa demak bu yuqori ehtimollik bilan boshqa tur bo’lib chiqar edi. Lekin turni aniqlash, natijani tasdiqlash bu bilan yakunlanmaydi. Oldinda MEGA dasturida tekshirib ko’rish turibdi. MEGA dasturi yordamida turlarning o’zaro genetik masofasi K2P (Kimura-2-parameter) usulida tekshiriladi. Qolaversa u yerda filogenetik daraxt tuzish yordamida ham bu turlarning genetik jihatdan qay darajada bir-biriga yaqin yoki uzoq ekanligini tekshirish mumkin. Bir nechta bioinformatik dasturlar yordamiga mana shunday biz ko’zlagan maqsadga erishamiz.
Bundan tashqari yana juda ko’p savollar yuzaga kelayotgan bo’lishi mumkin. Masalan, ular quyidagicha bo’lishi mumkin:

Biz tekshirayotgan organizm turning ma’lumotlari bazada bo’lmasachi?
Biz qaysi tur ekanligi aniq bo’lgan organizmning nukleotidlari tekshirilganda butkul boshqa tur ko’rsatilsachi?
Umuman hech qanday natija chiqmasa nima qilinadi?
Tekshirilayotganda natija masalan 80 foiz chiqib qolsa, nima qilinadi?
Bunga o’xshash savollarning har biriga atroflicha javob berish mumkin, lekin ular boshqa maqolaning mavzusi bo’lib qoladi. Keyinchalik BLASTning bu jihatlariga yana to’xtalishga harakat qilamiz.

BLAST ning boshqa funksiyalari

BLASTning funksiyalari men ko’rsatgan misol bilan yakunlanib qolmaydi. Men bugungi maqolada ularning atigi yarmiga yaqinini ko’rsatib berdim xolos. Uning boshqa funksiyalari haqida mana bu yerda yanada ko’proq ma’lumotlarni o’qishingiz mumkin.