I bob koilin rnk bog’lovchi funksiyalarga EGA multidomen

1.2.
 
Multi
domenli RNK-bog'lovchi protein IMP3 tomonidan klasterli 
RNK elementlarini kombinatsion tanib olish
Ko'p domenli RNKni bog'laydigan oqsillar o'zlarining kombinator kodiga 
asoslangan maqsadli ketma-ketliklarini qanday tan olishlari hal qilinmagan asosiy 
savol bo'lib, hozirgacha tizimli ravishda o'rganilmagan. Bu erda biz ko'p domenli 
RNK-bog'lovchi prototipli oqsilga e'tibor qaratamiz, IMP3 (shuningdek, IGF2BP3 
deb ataladi), u oltita RNK-bog'lovchi domenni (RBD) o'z ichiga oladi: to'rtta KH va 
ikkita RRM domenlari. Biz bir domenda hal qilingan SELEX-seq, motiflar oralig'i 
tahlillari, in vivo iCLIP, funktsional tekshirish tahlillari va strukturaviy biologiyani 
birlashtirgan integrativ tizimli strategiyani yaratamiz. Ushbu yondashuv IMP3 ning 
RNK-bog'lash o'ziga xosligini va RNP topologiyasini aniqlaydi, unda barcha oltita 
RBD va beshtagacha aniq va mos ravishda joylashgan CA-ga boy va GGC-yadro 
RNK elementlaridan iborat klaster mavjud bo'lib, >100 nukleotid uzunlikdagi 
maqsadli RNK hududini qamrab oladi. Bizning umumiy qo'llaniladigan 
yondashuvimiz 
IMP3-RNKni 
tanib 
olishning 
o'ziga 
xosligini 
va 
moslashuvchanligini tushuntiradi, IMP3 maqsadlarini bashorat qilishga imkon 
beradi va genlarni tartibga solishda ko'p domenli RNKni bog'laydigan oqsillar bilan 
ko'p valentli o'zaro ta'sirlar funktsiyasi uchun paradigmani taqdim etadi. 
Insulinga o'xshash o'sish omili 2 mRNK-bog'lovchi protein 3 (IMP3 yoki 
IGF2BP3) mRNAs1 ning transkripsiyadan keyingi gen regulyatsiyasida ishtirok 
etadigan uchta yuqori darajada saqlanib qolgan RNK-bog'lovchi oqsillar (IMP1, 
IMP2 va IMP3) oilasiga tegishli. Sutemizuvchilarning uchta paralogi, asosan, 
embriogenez davrida namoyon bo'lishi va ekspressiya buzilgan taqdirda og'ir 
fenotiplar tufayli ko'pincha onkofetal sifatida tavsiflanadi2,3. 
RNK taqdirini modulyatsiya qilishning hozirda eng yaxshi tushunilgan IMP 
vositachiligi mexanizmi mRNP granulalaridagi maxsus transkriptlarning xavfsiz 

---

13 
joylashuvini o'z ichiga oladi4. mRNKlarning bu qafaslari o'zining funktsional 
spektrida sitoplazmatik tashish5, barqaror mRNPs6,7,8 ichida kechikkan tarjima, 
sitoplazmatik saqlash va miRNK tomonidan boshqariladigan mRNKni erta tartibga 
solishdan himoya qilishdan iborat bo'ladi3,9,10,11,12. Bir nechta maqsadli 
RNKlar taklif qilingan3,13, IMP1 ACTB mRNA zipcode elementi bilan 
bog'langan va barcha uchta IMP 3′-UTR orqali HMGA2 barqarorligini tartibga 
soluvchi hozirda eng yaxshi o'rganilgan misollar9,10,11,12,14,15,16 . 
IMP1 va IMP2 dan farqli o'laroq, IMP3 ning biologik ahamiyati uzoq vaqt 
davomida etarlicha baholanmagan. IMP3 bo'yicha tadqiqotlar asosan uning saraton 
bilan bog'liq ko'plab o'sma ob'ektlari bilan bog'lanishiga qaratilgan, chunki uning 
qayta ifodalanishi bemorlar uchun yomon prognoz bilan bog'liq bo'lib, IMP3 ni 
o'simta belgisi sifatida tasniflaydi17,18,19. 
IMP oqsillari oilasi ko'p domenli RBPlarning prototipik namunasini ifodalaydi 
va oltita potentsial RNKni bog'lash birliklarining umumiy arxitekturasi bilan 
tavsiflanadi: ikkita N-terminal RNKni aniqlash motivlari (RRMs) va to'rtta ketma-
ket hnRNP K-homologiyasi (KH) domenlari1. RNK-maqsadni aniqlashda bir nechta 
RBD qanday hamkorlik qiladi, bu uzoq vaqtdan beri davom etayotgan savol edi: 
alohida domenlarning qaysi biri ishtirok etadi, ularning hissasi qanday va RNK-oqsil 
o'zaro ta'siri qanchalik moslashuvchan? 
Ko'p qismli RNK motivlari bilan bog'lanishda bir nechta RBDlarning hissasi 
va kooperativligini baholash qiyin va umuman qo'llaniladigan yondashuv hozircha 
tasvirlanmagan. Bir nechta RBDlarning potentsial dinamik domen tartiblari tufayli, 
tizimli 
tadqiqotlar 
yechim 
texnikasi 
va 
kristallografiyani 
birlashtirgan 
integratsiyalashgan yondashuvni talab qiladi20,21,22,23,24. IMPlar uchun 
strukturaviy ma'lumotlar faqat IMP2 (RRM1, PDB-ID: 2CQH) va IMP3 (RRM2, 
PDB-ID: 2E44, ikkalasi ham nashr etilmagan) ning yagona RRMlari uchun mavjud. 
Juda qisqa bog'lovchi ketma-ketlikning mavjudligi ikkita domen ixcham tandemda 
joylashganligini ko'rsatadi, bu ularning RNK o'ziga xosligini ta'minlaydi. Shunga 
o'xshab, KH1-2 va KH3-4 tandem domenlari ikki tomonlama RNK ketma-ketlik 
motivlarini tanib olish uchun oldindan tuzilgan RNK-bog'lash modullarini 

---

14 
ifodalovchi dalillar mavjud. Inson IMP1 KH3–414 tuzilmalari, shuningdek, tovuq 
orfologi ZBP116 ning KH3–4 di-domenlari KH3 va 4 oʻrtasida kengaytirilgan 
domen interfeysi mavjudligini isbotladi. Bu tuzilmalar maqsadli RNK motiflarini 
minimal oraliqda boʻlishini tavsiya qiladi. tandem RBDlar tomonidan tan olingan. 
Masalan, ZBP1/IMP1 ning KH3–4 ikkita ketma-ketlik elementlari kombinatsiyasini 
taniydi: CGGAC-N10–25-(C/A–CA–C/U) ikkala mumkin boʻlgan tartibga 
solish14,15,16. 
Oldingi tadqiqotlar in vivo CLIP3,13,25 va in vitro tanlovlari (SELEX, 
RNAcompete va Bind-N-seq) 5,26,27,28 ga asoslangan IMPlarni qisqacha tanib 
olish ketma-ketligini taklif qildi, bularning barchasi CA ga boy umumiy konsensusni 
taklif qildi. . Biroq, in vitro tanlash yondashuvlarining asosiy cheklovi shundaki, ular 
odatda faqat bitta RNK-bog'lovchi motivni sig'dira oladigan qisqa degenerativ 
ketma-ketliklardan boshlanadi. Shu sababli, alohida domenlarning hissasi qiyin 
bo'lib qoldi. Va nihoyat, oldingi tadqiqotlar KH domenlarining RNK o'zaro ta'sirida 
muhim rol o'ynashini isbotlagan bo'lsa-da, ikkita RRM 5,14,15,16,29,30 ga hali hech 
qanday funktsiya belgilanmagan. 
IMP3-ni ko'p domenli RBPning prototip namunasi sifatida o'rganish uchun biz 
RNK-seq va kombinatoryal bioinform bilan birlashtirilgan tizimli, domenda 
echilgan SELEX protsedurasini o'rnatdik. atik yondashuvlar. Muhimi, biz SELEX 
uchun asos sifatida juda uzoq degeneratsiya ketma-ketligini (N40) ishlatdik, bu 
bittadan ortiq RNK-bog'lovchi domenga ega bo'lgan bir nechta RNK kontaktlariga 
ruxsat berish va tegishli bioinformatik intervallarni tahlil qilish. Bu bizni IMP3 
o'zining barcha tandem RNK-bog'lovchi domenlarining faolligi orqali - umumiy 
GGC yadrosi bo'lgan CA ga boy motivlar va ketma-ketliklardan tashkil topgan bir 
nechta cis-ta'sir qiluvchi RNK elementlarining kengaytirilgan qatorini tan olishini 
kashf qilishga olib keldi. Ushbu biokimyoviy topilmalar IMP3 KH va RRM-tandem 
domenlarining strukturaviy tahlili va RNK-bog'lanish tadqiqotlari uchun 
kristallografiya va NMRni birlashtirgan integratsiyalashgan strukturaviy biologiya 
tomonidan qo'llab-quvvatlanadi. 

---

15 
Birgalikda biz RNK elementlarining tartiblangan qatorini IMP3 tomonidan 
tanib olish uchun biokimyoviy, bioinformatik va tizimli dalillarni taqdim etamiz, 
ular ma'lum bir oraliq naqshida joylashtirilgan va 100 nts dan ortiq bo'lishi mumkin 
bo'lgan hududlarni qamrab oladi. Ushbu model endogen IMP3 maqsadli 
mRNKlarini, shu jumladan yaxshi o'rganilgan HMGA2 transkriptini tahlil qilish 
bilan qo'llab-quvvatlanadi, buning uchun biz IMP3 va let-7 miRNK o'rtasidagi 
funktsional o'zaro tartibga solishni o'rgandik. Xulosa qilib aytganda, biz yirik 
tartibga soluvchi mRNP komplekslarini tekshirish uchun asosni taqdim etamiz. 
Shunday qilib, biz har qanday ko'p domenli RNK-bog'lovchi oqsilga qo'llanilishi 
mumkin bo'lgan murakkab va kombinatoryal RNP tarmoqlarini tizimli ravishda 
ajratish uchun umumiy yondashuvni o'rnatamiz. 
IMP3 bir qator ketma-ketlik elementlarini taniydi. 
IMP3 ning murakkab RNK-bog'lash xususiyatlarini sindirish uchun biz individual, 
GST yorlig'i ostidagi subdomenlardan foydalandik va in vitro SELEX protsedurasini 
qo'lladik, shu jumladan tasodifiy N40-RNK hovuzi va keyingi RNK-seq tahlili bilan 
to'rtta tur tanlovi (1a-rasm, b va qo'shimcha 1-rasm). E'tibor bering, standart qisqa 
degeneratsiya hududlari o'rniga biz bir nechta motiflarning massivlarini, jumladan, 
ularning oralig'ini ajratish va tahlil qilish imkoniyatiga ega
1-rasm 

---

16 
bo'lish uchun N40-RNK hovuzidan foydalanganmiz; bundan tashqari, biz 
tanlovning har bir bosqichidan keyin ketma-ketlikni amalga oshirdik, bu SELEX 
protsedurasi davomida ketma-ketlikni boyitish imkonini berdi.
atik yondashuvlar. Muhimi, biz SELEX uchun asos sifatida juda uzoq degeneratsiya 
ketma-ketligini (N40) ishlatdik, bu bittadan ortiq RNK-bog'lovchi domenga ega 
bo'lgan bir nechta RNK kontaktlariga ruxsat berish va tegishli bioinformatik 
intervallarni tahlil qilish. Bu bizni IMP3 o'zining barcha tandem RNK-bog'lovchi 
domenlarining faolligi orqali - umumiy GGC yadrosi bo'lgan CA ga boy motivlar 
va ketma-ketliklardan tashkil topgan bir nechta cis-ta'sir qiluvchi RNK 
elementlarining kengaytirilgan qatorini tan olishini kashf qilishga olib keldi. Ushbu 
biokimyoviy topilmalar IMP3 KH va RRM-tandem domenlarining strukturaviy 
tahlili va RNK-bog'lanish tadqiqotlari uchun kristallografiya va NMRni 
birlashtirgan integratsiyalashgan strukturaviy biologiya tomonidan qo'llab-
quvvatlanadi. 
Bundan tashqari, oldingi tizimli tadqiqotlar shuni ko'rsatdiki, hech 
bo'lmaganda tegishli ZBP1 / IMP1 ning 3-4 KH domenlari funktsional psevdo dimer 
sifatida tashkil etilgan (Kirish bo'limiga qarang). Shuning uchun biz tahlillarimiz 
uchun qisqartirilgan tandem domenlariga tayandik: RRM1–2, KH1–2, KH3–4, 
shuningdek, KH1–4 toʻrtta KH domenini oʻz ichiga olgan kengaytirilgan versiya 
(1a-rasm va 1-rasm). Parallel ravishda, to'liq uzunlikdagi IMP3 (musbat nazorat 
sifatida) va faqat GST (salbiy nazorat sifatida va fonni tuzatish uchun) tahlil qilindi. 
Z-skorni hisoblash orqali motivlarni boyitish tahlili barcha mumkin bo'lgan 4-, 5- va 
6-merlar uchun amalga oshirildi va har bir turda tegishli GST SELEX raundida 
tuzatildi (1c-rasmdagi eng yaxshi 10 ta boyitilgan 6-mer motivlari) ; Qo'shimcha 
ma'lumotlarda to'liq ma'lumotlar to'plami 1). Bunga parallel ravishda, motivlarni 
boyitish ma'lumotlar to'plamining korrelyatsiyasi ijobiy nazorat, to'liq uzunlikdagi 
IMP3 bilan solishtirish orqali har bir tandem domen uchun sinovdan o'tkazildi (1-
rasm). 

---

17 
To'liq uzunlikdagi IMP3 oqsili uchun ushbu SELEX tahlili boyitilgan 
motiflarning ikkita populyatsiyasini, CA ga boy naqshlarni, shuningdek, GGC 
yadroli naqshlarni aniqladi (GGCA va CGGC; 1c-rasm). N-terminal RRM 
domenlariga ega bo'lmagan KH1-4 varianti to'liq uzunlikdagi oqsil kabi juda 
o'xshash motiv boyitishini ko'rsatdi, bu to'rtta KH domeni ikkala turdagi motivlarni 
taniydi (1c, d-rasm). KH1-2 va KH3-4 tandem domenlarining alohida tahlili, 
shuningdek, eng yaxshi 30 geksamer ichida GGC yadrosi elementlarining 
boyitilganligini ko'rsatdi (Qo'shimcha ma'lumotlar 1), lekin eng ko'p boyitilgan 
ketma-ketliklar CA- (KH1-2) yoki CA edi. /AU-boy (KH3-4), har bir tandemning 
KH domenlaridan kamida bittasi bunday ketma-ketlikni bog'lashini ko'rsatadi (1,-
rasm, AU ketma-ketliklarini boyitish uchun, xususan, KH3-4, Muhokama bo'limiga 
qarang. Bo'lim). 
Eng ajablanarlisi shundaki, biz shu paytgacha RNKni bog'lashda 
ishlamaydigan deb ta'riflangan RRM1-2 aslida CA-ga boy va CA-takrorlash ketma-
ketliklarini afzal ko'rishini aniqladik, lekin GGC-yadro elementlari uchun emas (1c-
rasm). , d). Bu o'ziga xoslik ikkinchi SELEX raundidan keyin kuzatildi, lekin 3 va 
4-raundlarda qattiqroq yuvish shartlari bilan yo'qoldi. Shuning uchun RRM1-2 
hosilasi uchun faqat birinchi ikkita SELEX bosqichi tahlil qilindi (Muhokamaga 
qarang). Bundan tashqari, to'liq to'plam o'rtasidagi barcha SELEX raundlarini 
taqqoslash shuni ko'rsatdiki, kutilganidek, KH1-2, KH3-4 va uzunroq KH1-4 
varianti eng ko'p mos keladi, RRM1-2 esa izolyatsiya qilingan KH domenlari bilan 
eng kam o'xshashlikni ko'rsatdi. (Qo'shimcha 1 va 2-rasmlar). 
Birgalikda olingan holda, bizning topilmalarimiz KH tandem domenlari bilan 
bog'langan ikki xil turdagi motiflarning (CA-boy va GGC-yadroli elementlar) 
kengaytirilgan massivlarini differentsial tan olish uchun qat'iy bahs yuritadi. Bundan 
tashqari, biz RRM1-2 domenlari CA ga boy elementni qo'shimcha bog'lashiga hissa 
qo'shadigan dalillarni taqdim etamiz. 
IMP3 tomonidan RNKni tanib olish modeli. 
IMP3 ning turli domenlari bitta RNKdagi ketma-ket elementlarni qanday tan 
olishini aniqlash uchun biz SELEX-seq ma'lumotlarimizni 0-25 nts oynasidan 

---

18 
foydalangan holda boyitilgan 4-mer motif birikmalari orasidagi masofani tahlil 
qildik (2-rasm). Ikki turdagi motiflarning boyitilgan kombinatsiyasi (CA-boy va 
GGC-yadro elementlari) va ularning oralig'i z-skor tahlili bilan o'lchandi 
Keyinchalik, IMP3 uchun motif oralig'ining aniq ko'rinishini olish uchun ushbu 
yondashuvni KH subdomenlariga qo'lladik. KH1-2, KH3-4 va KH1-4 
subdomenlarining har biri uchun biz ikkita GGC-yadro elementidan biri (GGCA va 
CGGC) orasidagi masofani va tahlil qilish orqali aniqlangan CAga boy motivlar 
bilan mos kombinatsiyani tahlil qildik. to'liq uzunlikdagi oqsil (2-rasm, pastki). 
2-rasm 

---

19 
Bo'shliqlar tahlili IMP3-bog'lovchi motivlarning konsensus qatorini 
ko'rsatadi. a Toʻliq uzunlikdagi IMP3 (yuqori) va RRM1–2 (oʻrta), KH1–2, KH3–4 
va KH1–4 domenlari (pastki) uchun 0 va 25 nts oraligʻida motif birikmalarini 
boyitish z-skor va issiqlik xaritasi sifatida ko'rsatilgan. Ikki GGC yadro elementining 
(GGCA/CGGC) CA ga boy naqshlar bilan kombinatsiyasi toʻliq uzunlikdagi IMP3 
va KH oʻz ichiga olgan lotinlar uchun, toʻliq uzunlikdagi ikkita GGC yadro 
elementining (GGC/GGC) birikmalari uchun koʻrsatilgan. Faqat IMP3. CA ga boy 
motivlar orasidagi masofa toʻliq uzunlikdagi IMP3 hamda RRM1–2 uchun tahlil 
qilindi (CA ga boy va GGC yadroli motivlarning barcha kombinatsiyalarining 
qisqacha mazmuni uchun Qoʻshimcha maʼlumotlar 2 va usullarga qarang). O'ng 
tomonda individual z-ball shkalalari berilgan. Taʼriflash uchun foydalaniladigan 
chegaradan yuqori z-balli pozitsiyalar doiralar bilan koʻrsatilgan (FL-IMP3 va 
RRM1–2: z-ball >4,6; KH1–2, KH3–4 va KH1–4: z-ball >2.5). b SELEX-seq 
tahliliga asoslangan IMP3 tomonidan RNKni tanib olish modeli. Toʻliq uzunlikdagi 
IMP3 maʼlumotlari tahlili shuni koʻrsatdiki, eng koʻp boyitilgan motivlar 
kombinatsiyasi qisqa yoki oʻrta oraliqli (CA-N0–) ikkita CAga boy motiflardir. 3-
CA; CA-N7-20-CA, maksimal N13-16) yoki aniqlangan GGC-yadro elementlaridan 
biri bilan CA ga boy motivning kombinatsiyasi. Barcha kombinatsiyalar uchun (CA-
GGCA, GGCA-CA, CA-CGGC va CGGC-CA) biz N2-11 nukleotidlarining 
qisqaroq oralig'ini kuzatdik, maksimal N4-6 da. Biroq, uzoqroq masofa ikkita juda 
o'xshash GGC elementlaridan biri uchun aniq aniqlandi (GGCA va CGGC): Faqat 
GGCA-N18-21-CA yoki CA-N22-25-CGGC boyitilgan, lekin tegishli teskari emas. 
orientatsiyalar (2-rasm, tepa). Bu shuni ko'rsatadiki, birinchidan, ushbu ketma-ketlik 
elementlari IMP3 tomonidan tan olinishi uchun mos ravishda joylashtirilishi kerak; 
ikkinchidan, ikkita motivning bir-biriga nisbatan joylashishi muhim va uchinchidan, 
ikkala GGC-yadro elementi ham farqli ravishda tan olingan ko'rinadi. Nihoyat, 
ikkita GGC elementining kombinatsiyasi, taqqoslaganda, boyitilmagan. 
Keyinchalik, IMP3 uchun motif oralig'ining aniq ko'rinishini olish uchun 
ushbu yondashuvni KH subdomenlariga qo'lladik. KH1-2, KH3-4 va KH1-4 
subdomenlarining har biri uchun biz ikkita GGC-yadro elementidan biri (GGCA va 

---

20 
CGGC) orasidagi masofani va tahlil qilish orqali aniqlangan CAga boy motivlar 
bilan mos kombinatsiyani tahlil qildik. to'liq uzunlikdagi oqsil (2-rasm, pastki). 
Ajablanarlisi shundaki, biz KH1-2 subdomaini faqat CA-ga boy motivlar va 
CGGC elementining mumkin bo'lgan yo'nalishlardan birida, optimal CA-N22-25-
CGGC oralig'ida kombinatsiyani afzal ko'rishini aniqladik. Shu bilan birga, biz CA 
va GGC motiflarining nisbiy joylashuvi, shuningdek, bir turdagi GGC-yadro 
elementi (CGGC) uchun yuqori o'ziga xoslikni ta'kidlab, uchta boshqa 
kombinatsiyani tanlamadik. Ushbu kuzatish to'liq uzunlikdagi IMP3 oqsili uchun 
olingan natijalar bilan qo'llab-quvvatlanadi (2-rasm, tepa). 
Bundan farqli o'laroq, KH3-4 GGCA-N17-25-CA uchun eng kuchli 
boyitilganligini ko'rsatdi, ammo shunga o'xshash darajada - CGGC-ni ham CA-ga 
boy motiv bilan, har qanday yo'nalishda va N21- oralig'ida tan oladi. 25 va N18-24 
mos ravishda. To'liq uzunlikdagi IMP3 va KH1-2 kabi, CA-GGCA motif birikmasi 
KH3-4 uchun eng kam boyitilganligi aniqlandi. 
Nihoyat, KH1–4 uchun biz GGCA-N15–25-CA va CA-N20–25-CGGC 
yoʻnalishlarini afzal koʻrgan holda alohida KH1–2 va KH3–4 domenlari uchun 
allaqachon kuzatilgan boyitilgan motif oraligʻi aralashmasini aniqladik. , balki 
CGGC-N15–22-CA uchun ham (2-rasm, pastki; Munozaraga qarang). Barcha 
tekshirilgan KH subdomenlari uchun qisqaroq intervallarni boyitish ayniqsa GGCA-
CA va CGGC-CA kombinatsiyalarida kuzatildi (KH1–2: N0, KH3–4: N0–3 va 
KH1–4: N0–6), Ehtimol, bu motiflarning haqiqiy oraliqdan ko'ra 3'-CA 
kengaytmasini ifodalaydi, chunki ilgari e'lon qilingan ma'lumotlar KH di-domeni 
tomonidan tan olingan ikkita motif orasidagi minimal masofa talabi N10-25 bo'lishi 
haqida bahslashadi. 
Bunga qo'shimcha ravishda, RRM1-2 uchun intervallarni tahlil qilish 25-nts 
oynasidagi barcha pozitsiyalarda CA-ga boy motif birikmalari uchun kuchli 
boyitilganligini ko'rsatdi, lekin GGC-yadro elementlari uchun emas (2-rasm, o'rta), 
yana yuqori afzallik uchun bahslashmoqda. kengaytirilgan CA ga boy takrorlash 
elementlari uchun oldingi tahlillarimiz bilan kelishilgan holda (1c-rasm, d, 
Munozaraga qarang). Yuqorida aytib o'tilganidek, biz barcha olti RBD (FL-IMP3) 

---

21 
ning to'liq metrajli kontekstida ikkala yo'nalishda ham GGC va CA elementlari 
uchun N2-11 oralig'ida qisqaroq masofani kuzatdik. Barcha domenlar uchun 
oraliq/orientatsiya aralashmasi kutilayotgan bo‘lsa-da, KH1–4 bilan taqqoslash 
shuni ko‘rsatadiki, ayniqsa qisqaroq interval RRM1–2 ta’sirini aks ettiradi. Shuning 
uchun, biz buni KH domenlaridan biri bilan bog'langan GGC motivi va RRM1-2 
tomonidan tan olingan yaqin atrofdagi CA elementi orasidagi masofa sifatida 
izohlaymiz. 
3-rasm 
Ushbu ma'lumotlar to'plamiga asoslanib, biz IMP3 RNKni qanday taniydigan 
ish modelini yig'dik (2-rasm). Muayyan motif tartiblarini tanlab boyitish va IMP1 
paralogining KH3-4 subdomenlarining ma'lum ketma-ketlik afzalligi (Kirishga 
qarang) tufayli biz KH1 va KH4 ning har biri w ketma-ketlik elementlarini 
tanilishini taklif qilamiz.
Bu umumiy GGC yadrosi, KH2 va KH3 esa CA ga boy 
naqshlar bilan bog'lanadi. RRMlar qo'shni CA ga boy naqshlar bilan qo'shimcha, 
barqarorlashtiruvchi shovqinni ta'minlashi mumkin. Shuni ta'kidlash kerakki, ushbu 
ketma-ketlik elementlarining simmetriyasi tufayli bizning oraliq tahlilimiz IMP3-
ning maqsadli RNKlari bilan bog'lanishining ikkala qutblarini qisman qo'llab-
quvvatlaydi.
2-rasmda keltirilgan ish modelimizni sinab ko'rish uchun biz SELEX 
tahlilimiz asosida domenga xos minimal 4-mer ketma-ketlik elementlarini o'z ichiga 
olgan RNK ketma-ketligini ishlab chiqdik, ular o'zaro bog'liq bo'lmagan ketma-
ketliklar bilan mos ravishda joylashtirilgan va umumiy uzunligi 101 nts (101) ga 

---

22 
cho'zilgan. -mer RNK): GGCA-N20-CACA-N14-CACA-N22-CGGC-N4-(CA)4 
(3-rasm, toʻliq ketma-ketlik uchun quyida va qoʻshimcha maʼlumotlar 3-ga qarang).