Oqsil molekulalarida gomologik domenlarni izlash


Oqsil uchlamchi strukurasini gomologik modellashga oid dasturlar



Download 0,66 Mb.
bet4/5
Sana26.04.2022
Hajmi0,66 Mb.
#583693
1   2   3   4   5
Bog'liq
5-mavzu gomologik oqsillar bilan ishlash

Oqsil uchlamchi strukurasini gomologik modellashga oid dasturlar

Hozirgi kunda ROBETTA, LOMETS va SWISS-MODEL dastur ta’minotlari oqsil va uning gomologi bo’lgan oqsil strukturasini aniqlashda keng foydalaniladi.


ROBETTA dastur ta’minoti oqsilni kichikroq bo’lgan (3-9 aminokislota) fragmentlarga bo’lib, shu fragmentarning uchlamchi strukturasini Monte-Karlo algoritmi yordamida modellashtirish imkoniyati bor.



6-Rasm. ROBETTA алгоритми ёрдамида хисобланган TOP 7 оқсилининг учламчи структураси (қизил) ва шу оқсилнинг рентген-структур анализ ёрдамида топилган фазoвий тузилиши. ROBETTA dastur ta’minoti http://robetta.bakerlab.org/ orqali yuklanadi.

SWISS-MODEL dastur ta’minoti gomolog oqsilning asosiy zanjirida inversiyalar va deletsiyalar kiritilishi zarur bo’lgan joylarni aniqlash va ularni kiritish asosida katta mashtabli oqsil gomologlarini modellashtiradi. Bunda mutant aminokislotatalarni aniqlab, radikallarni ajratib ko’rsatish imkoniyati bor. SWISS-MODEL dasturni сайти http://swissmodel.expasy.org/ orqali yuklanadi.



7-Rasm. SWISS-MODEL dasturi yordamida qizil chayon neyrotoksinining uchlamchi strukturasini (ko’k rang) va unga yaqin bo’lgan sariq chayon neyrotoksiniga taqqoslash bilan olingan uchlamchi strukturasi.
Qarindosh gomologik oqsillarni o’rganishda qo’llaniladigan elektron ma’lumotlar bazalari:

Maxsus ekspertlar tadqiqotlariga ko’ra oxirgi 10 yil davomida quyidagi elektron dastur ta’minotlari oqsillar to’g’risidagi ma’lumotlarni izlash va filogenetik xaritalar tuzishda keng foydalanilib kelinmoqda.




Oqsil oilalari elektron ma’lumotlar bazalari:

  • Pfam: http://pfam.wustl.edu/

  • COG/KOG: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/

  • SCOP: http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/



Oqsil ketma-ketligini saqlovchi elektron ma’lumotlar bazalari:

Download 0,66 Mb.

Do'stlaringiz bilan baham:
1   2   3   4   5




Ma'lumotlar bazasi mualliflik huquqi bilan himoyalangan ©hozir.org 2024
ma'muriyatiga murojaat qiling

kiriting | ro'yxatdan o'tish
    Bosh sahifa
юртда тантана
Боғда битган
Бугун юртда
Эшитганлар жилманглар
Эшитмадим деманглар
битган бодомлар
Yangiariq tumani
qitish marakazi
Raqamli texnologiyalar
ilishida muhokamadan
tasdiqqa tavsiya
tavsiya etilgan
iqtisodiyot kafedrasi
steiermarkischen landesregierung
asarlaringizni yuboring
o'zingizning asarlaringizni
Iltimos faqat
faqat o'zingizning
steierm rkischen
landesregierung fachabteilung
rkischen landesregierung
hamshira loyihasi
loyihasi mavsum
faolyatining oqibatlari
asosiy adabiyotlar
fakulteti ahborot
ahborot havfsizligi
havfsizligi kafedrasi
fanidan bo’yicha
fakulteti iqtisodiyot
boshqaruv fakulteti
chiqarishda boshqaruv
ishlab chiqarishda
iqtisodiyot fakultet
multiservis tarmoqlari
fanidan asosiy
Uzbek fanidan
mavzulari potok
asosidagi multiservis
'aliyyil a'ziym
billahil 'aliyyil
illaa billahil
quvvata illaa
falah' deganida
Kompyuter savodxonligi
bo’yicha mustaqil
'alal falah'
Hayya 'alal
'alas soloh
Hayya 'alas
mavsum boyicha


yuklab olish