Genomika asoslari

Bacillus subtilis pichan tayoqchasi genomi. B.subtilis- avtotrof grammusbat pathogen hususiyatga ega bo’lmagan bakteriya bo’lib, batsillalar ko’p turlari singari mikrobiologik sanoatda fermentlar, antibiotiklar, aminikislotalarni ishlab chiqarishda keng qo’llaniladi. Bu turning shtamm#168 to’liq genomi Halqaro kontsortsium tomonidan olib borilgan bo’lib, tadqiqotlar Evropa, Yaponiya va Janubiy Evropa davlatlari laboratoriyalari tomonidan olib borilgan. B.subtilis genomi o’lchami 4.214.810 j.n. laridan iborat va GC juftliklari- 43,5% ni tashkil qilgan. 4100 ORF qatorlari aniqlangan, 42% uchun ma’lumotlar bazasida gomologiyalar aniqlangan. 87% kodlanadigan jiftliklari mavjud.
B.subtilisda o’tkqazilgan gen-muxandisligi tadqiqotlar, turli xil gram musbat bakteriyalar genlari qoida bo’yicha, bakteriya hujayrasida ekspressiyasi amalga oshishi aniqlangan. Shu bilan birga, gram musbat bakteriyalar ko’pchilik genlari va E.colining genlari B.subtilis hujayrasida faoliyat korsatmagan lekin E.coli hujayrasida ekspressiyasi amalga oshgan. Ma’lumki genetik kod universal va olingan natijalar boshqaruvchi ketma-ketliklarning farqlanishini ko’rsatadi, shuningdek, grammanfiy va grammusbat bakteriyalarda translatsiya va transkriptsiya jarayoni fermentlari tizimlari bir-biridan farq qiladi. Tajribalar korsatishicha, B.subtilis hujayrasida, begona genni to’g’ri va samarali ekspressiyasini amalga oshirish uchun, bakteriya promotori batsillaga o’xshash nukleotid ketma-ketliklariga ega bo’lishi kerak, va sintezlangan i-RNKda ribosomalar bilan bog’lanadigan qismlarida batsillalar 16S ribosomalari RNK sining 3’ uchiga ga komplementar bo’lgan uzun davomiy ketma-ketliklarga ega bo’lishi kerak. Boshqa grammusbat bakteriyalar geni shunga o’xshash tuzilgan va batsilallar hujayrasida ekspressiya imkonini beradi.
Streptomyces avlodi aktiomitsetlari genomi. Streptomitsetlar grammusbat tuproq bakteriyalari hisoblanib, o’zining hayotiy siklidabir nechta differentsiatsiya bosqichlarini o’tadi, sporalar hosil bo’lishidan, fazoviy mitselliylar hosil bo’lguncha davrlrni o’z ichiga oladi. Streptomitsetlar ikkilamchi metabolism maxsulotlari antibiotiklar hisoblanadi, sanoat tomonidan ishlab chiqariladigan antibiotiklar hajmining 70% shu bakteriyalar turiga bog’liqdir. Streptomisetlar asosiy hususiyatlari ularning inson va hayvon organizmi uchun pathogen hususiyatga ega emasligi hisoblanadi.Faqatgina S.Scabies o’simliklar uchun pathogen hisoblanadi. Streptomyces avlodi bakteriyalar genomi 10 ⁴ ming juft nukleotid o’lchamli bitta halqali ikki zanjirli DNK dan iboratdir, E.coli genomiga nisbatan 2,5 baravar uzun bo’lib, ular uchun 73% G-C juftliklarining ko’p uchrashi xarakterlidir. Escherichia avlodi bakteriyalarida bu ko’rsatkich 50% ni, Bacillus avlodida 32-62% ni tashkil qiladi. Streptomitsetlar ko’pgina shtammlarida jinsiy omillar orqali yo’naltirilgan, konyugatsiya yordamida irsiy material almashinishining tabiiy tizimi mavjud. Bu jarayon mexanizmi oxirigacha o’rganilmagan bo’lsa-da, olib borilgan tadqiqotlar natijasiga ko’ra, Steptomyces konyugatsion tizimi genetic jihatdan E. colining F-omiliga ko’ra, soda tuzilgani aniqlangan. Eng ko’p o’rganilgan genetic tizimlariga S.coelicolor A3 (2) va S. lividans 66 shtammlari kiradi. Ular uchun juda ko’p turdagi mutant turlari olingan va tasnif berilgan.