Hisoblashning ochiq ramkasini izlash

O‘ZBEKISTON RESPUBLIKASI OLIY TA’LIM VAZIRLIGI





Urganch Davlat Universiteti
Tabiiy fanlar fakulteti biologiya yo’nalishi
182-guruh talabasi Iskenderov Serdarning
Bioinformatika fanidan

KURS ISHI

Mavzu: HISOBLASHNING OCHIQ RAMKASINI IZLASH.
Bajardi: Iskenderov Serdar
Tekshirdi:
Urganch 2022
REJA:
Kirish.
I bob. Adabiyotlar sharxi.
II bob. Asosiy qism.
2.1. Individual genlarning funksiyalarini aniqlash.
2.2. Eksperimental tahlil orqali gen funktsiyasini belgilash.
2.3. Noma'lum gen tomonidan kodlangan oqsilning faolligini batafsilroq o'rganish.
2.4. Ochiq o'qish ramkalari va kodlash ketma-ketligi (CDS).
III bob. Xulosa.
Foydalanilgan adabiyotlar.


Kirish.
ORF bu DNK ketma-ketligi bo'lib, u "ATG" boshlang'ich kodonidan boshlanadi (har doim ham emas) va uchta tugatish kodonlarining har biri (TAA, TAG, TGA) bilan tugaydi. Boshlanish nuqtasiga qarab, genetik kodga muvofiq har qanday nukleotidlar ketma-ketligini aminokislotalar ketma-ketligiga o'tkazishning oltita mumkin bo'lgan (uchtasi oldinga siljishda va uchtasi to'ldiruvchi ipda) mavjud. Ular o'qish ramkalari deb ataladi.
Kodlash ketma-ketligi (CDS) oqsillarni hosil qilish uchun tarjima qilingan DNKning haqiqiy hududidir. ORF tarkibida intronlar ham bo'lishi mumkin bo'lsa-da, CDS kodonlarga bo'linishi mumkin bo'lgan nukleotidlarga (birlashtirilgan ekzonlarga) tegishli bo'lib, ular ribosomalarni tarjima qilish mexanizmi tomonidan aminokislotalarga aylanadi. Prokariotlarda ORF va CDS bir xil.
Oqsillarni kodlaydigan DNK hududlari avval messenjer RNKga transkripsiyalanadi, so'ngra oqsilga aylanadi. Faqatgina DNK ketma-ketligini tekshirish orqali biz oxirgi oqsilda paydo bo'ladigan aminokislotalarning ketma-ketligini aniqlashimiz mumkin. Tarjimada uchta nukleotidning kodonlari o'sib borayotgan oqsil zanjiriga keyingi qaysi aminokislota qo'shilishini aniqlaydi. Qaysi nukleotidni tarjima qilishni boshlash va qachon to'xtatish kerakligini hal qilish juda muhim, bu ochiq o'qish ramkasi deb ataladi.
Gen ketma-ketligi aniqlangandan so'ng, to'g'ri ochiq o'qish ramkasini (ORF) aniqlash muhimdir. DNKning har bir hududida oltita o'qish ramkasi mavjud, har bir yo'nalishda uchtadan. Amaldagi o'qish ramkasi qaysi aminokislotalar gen tomonidan kodlanishini aniqlaydi. Odatda genni (eukariotlarda) tarjima qilishda faqat bitta o'qish ramkasi ishlatiladi va bu ko'pincha eng uzun ochiq o'qish ramkasi hisoblanadi. Ochiq o'qish ramkasi ma'lum bo'lgach, DNK ketma-ketligi tegishli aminokislotalar ketma-ketligiga aylantirilishi mumkin. Ochiq o'qish ramkasi ko'pgina turlarda atg (Met) bilan boshlanadi va to'xtash kodoni bilan tugaydi ( taa , teg yoki tga ).
Misol uchun, DNKning quyidagi ketma-ketligini oltita o'qish ramkasida o'qish mumkin. Uchta oldinga va uchtasi teskari yo'nalishda. Oldinga yo'nalishdagi uchta o'qish ramkasi har bir DNK ketma-ketligi ostida tarjima qilingan aminokislotalar bilan ko'rsatilgan. 1-kadr " a ", 2-kadr " t " va 3-kadr " g " bilan boshlanadi. To'xtash kodonlari oqsillar ketma-ketligida " * " bilan ko'rsatilgan. Eng uzun ORF 1-freymda.