Genomika asoslari

Bioinformatikada qo‘llaniladigan eng mashhur dasturlar:

Bioinformatikada qo‘llaniladigan eng mashhur dasturlar:

• ACT – genom tahlilida qo‘llaniladi.
• Arlequin – populyatsion-genetik ma’lumotlarni tahlil etishda qo‘llaniladi.
• BLAST – nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligi xalqaro bazasidan eng yaqin bo‘lgan qarindosh tur ketma-ketlikni aniqlashda qo‘llanilad
• Clustal – ko‘pgina nukleotid va aminokislotalar ketma-ketligini o‘zaro o‘xshashlarini aniqlab bir qatorga yig‘ishda qo‘llaniladi.
• DNASP – DNK ketma-ketligidagi polimorfizm holatini tahlil qilish uchun qo‘llaniladi.
• FigTree – filogenetik daraxtni tahrir qilishda foydalaniladi.
• MEGA – molekulyar-evolutsion genetik tahlillarda foydalaniladi.

Bundan tashqari yuzlab dasturlar mavjud bo‘lib, ular ushbu sohada faoliyat olib boruvchi tadqiqotchiga qulayliklarni yaratadi.

Nukleotid ketma-ketlik bazalari

• 1. EMBL ( Yevropaning mo‘lekulyar biologiya laboratoriyasi)
• 2. DDBJ ( Yaponiyaning DNK ma’lumotlar bazasi)
• 3. NCBI ( Biotexnologik ma’lumotlarning milliy bazasi)
• 4. UniGene ( transkripsiyaga asoslangan ma’lumotlar bazasi)
• 5. STACK (ma’lumotlar haqida savol-javob tizimi)
• 6. EMBL-SVA (EMBL ning ketma ketlik versiyasi arxivi)

2. Bioinformatik dasturlar

• Bioinformatik dasturlarning ayrimlari online rejimda, boshqa birlari esa offline rejimida ishlaydi. BLAST dasturi online rejimda ishlaydigan dasturlardan hisoblanadi. Ya’ni bu dasturni ishlatish uchun Siz avvalo internetga ulangan bo’lishingiz kerak.

BLAST o’zi nima?

• BLAST (Basic Local Alignment Search Tool – asosiylokal tekislanishni izlash vositasi) bu kompyuter dasturlaridan biri bo’lib, u oqsil yoki nuklein kislotalar gomologlarini mavjud bazadan izlab topishga xizmat qiladi. Sodda qilib tushuntirilganda sizda oqsil yoki nuklein kislotalarning ma’lumbir ketma-ketligi bor. Lekin siz bu nuklein kislota qaysi turga tegishli ekanligini bilmaysiz. BLAST sizga mana shu qo’lingizdagi nukleotidlar ketma-ketligi qaysi turga tegishli ekanligini aniqlashga yordam beradi. Albattau bazada mavjud bo’lgan millionlab namunalarga solishtirish asosida sizga kerakli natijani chiqarib beradi. BLAST dasturini 1990-yilda AQSHlik bir guruh tadqiqotchilar ishlab chiqqanlar.