Геном днксини ажратиш усуллари

ДНК ни РНК дан тозалаш
Бундан кейинги жараёнда супернатант таркибидаги суюқликни центрафугалаш йўли билан олиб ташланади. Кейин пробирка тубида тоза чўкма оламиз ва уни РНКаза қўшилган юқори тузли (High Salt) буфери билан қайта ишлаймиз. Бу босқич малекуляр генетикада жуда ҳам зарур. Супернатант таркибидаги ДНК етарлича РНК лардан ҳоли бўлиши шарт. Бу жараён ДНК ни РНК дан тозалаш деб аталади.
ДНК ни ивитиш
Пробиркадаги суюқлик устига 96% этанол ёки изопропонол қўшилади ва бу ҳолда ДНК кристалл ҳолатига ўтади. Шу сабабли изопропил спирти қўшилган ДНКли суюқлик секин асталик билан -20^оCли музлаткичга малум вақтга қўйилади. Бундай шароитда ДНК ни ажралиб чиқиши анча тезлашади. Музлаткичдан сўнг ДНКни центрафугада чўктириб олинади. Пробиркани юқори қисмида ҳосил бўлган суюқлик олиб ташланади ва кейинги жараёнга ўтилади.
ДНК ни тузлардан тозалаш ва эритиш
ДНК ни ҳар хил тузлардан тозалаш учун уни 70% ли спирт билан икки марта ювилади. Тузлардан тозаланган ДНК яхшилаб қуритилади. Қуритилган ДНК ҳеч қандай сувда эритилмайди чунки сув таркибида нуклеазалар бўлиши мумкин. Бу ферментлар ДНК ни жароҳатлаб парчалаб юбориши мумкин. Ажратиб олинган ДНК ТЕ буферида эритилади. Бундай РНК ва ҳар хил тузлардан тозаланган ДНК ни клонлаш, ПЗР ва бошқа мақсадларда ишлатиш мумкин.
Полимераза занжир реакцияси
Ҳар бир намунадан ажратиб олинган геном ДНКлари 0,9% ли агороза гелида электрофорез усули ёрдамида текшириб олингандан сўнг полимераза занжир реакцияси қўйилади. Генотиплаш учун микросателлит маркерлар библиотекасидан ҳамда буғдой генетик ҳариталардан фойдаланиб текширилган 100 га яқин SSR маркерлари ичидан BARC, CFD, WMC, WMS маркерлари танлаб олинди. SSR праймер жуфтлари International DNА Technologies (IDT, АҚШ) фирмасидан олинган.
ПЗР механизми

2-расм. ПЗР реакцияси цикллари (босқичлари)
ПЗР реаксиясини қўйиш жараёнларии
Тайёр бўлган ПЗР маҳсулот микросателлитлар амплификатсияси полиморфизмини текшириш юқорида келтирилган электрофорез усули ёрдамида 3.5% ли Hi-res (high resolution) агорозагелида 6 в/см электр кучланиши остида 0,5 х ТВЕ буферида амалга оширилади (3-4-расмлар).
Геллар бромли этидийда бўялиб, Аlphа Imager 3400 (Innotech Inc.,АҚШ) ускунасида суратга олинади.