Геном днксини ажратиш усуллари

Тўқималарни ҳужайрага қадар майдалаш
ДНКси ажратиб олиниши керак бўлган барг тўқимасини ҳужайраларга майдалаш учун уни чинни идишга солинади ва устига -80⁰C суюқ азот қуйилиб уни чинни таёқ билан майдаланади . Механик ажратганда тўқима суюқ азот тасирида бошқа бошқа ҳужайраларга ажралади. Натижада бир-бирига боғланишни меҳаник ажратиш учун камроқ куч талаб этилади ва ҳужайралар кам жароҳатланади. Юқоридаги усул учун жароҳатланмаган ҳужайралар керак бўлади, яхшиси янги музлатилган тўқималар бўлгани мақул, фақат сақлаш даврида муздан эритилмаган бўлиши керак.
Йирик молекулаларнинг ажралиши
Азот таъсирида бир-биридан ажралган ҳужайралар мембранаси ва унинг органоидларини фильтраций орқали ажратиб ташланади. Филтраций шу билан бир қаторда ДНК ажралишида йирик тўқима бўлакларини кимёвий воситалар ёрдамида қайта ишлайди. Ҳосил бўлган ҳужайраларни биринчи навбатда лизирловчи буфер орқали қайта ишланади. Ҳужайра мембрана қобиғи ва унинг ядросини эритиш учун 65^оC ҳароратда 45 дақиқа давомида 2х СТАБ буферида инкубация қилинади. Натижада ҳужайранинг барча органоидлари ташқарига чиқади ва аралашма ёпишқоқ, чўзилувчан, ҳужайранинг олдинги суюқлигига нисбатан анча шаффоф бўлади. Аралашманинг бундай ўзгариши лизис муваффақиятли ўтганидан даракдир.
Оқсиллардан тозалаш
ДНК ни оқсиллардан тозалаш учун пробиркага лизатом билан хлороформ/изоамил спирти(24:1) аралашмаси қўшилади. Бизга маълумки, ДНК билан оқсиллар бир-бирига жуда мустаҳкам боғланган. Оқсилларни аралашмадан олиб ташлашнинг бир нечта этаплари мавжуд. Мисол учун, ундан энг осони денатурация ва чўкма устига тузли аралашма қўшишдир. Бизнинг шароитда ўсимлик ДНК сини оқсиллардан ҳоли қилиш учун бир неча дақиқа пробиркаларни центрафуга қиламиз. Бундан сўнг ҳамма ёки катта-кичик ҳужайра бўлаклари, парчаланган оқсиллар ва бошқа моддалар чўкма бўлиб пробирка тубига тушади. Таркибида асосан нуклеин кислоталар-ДНК ва РНК бўлган пробирканинг устки қатламидаги суюқлик (супернатант) ни бошқа пробиркага олиш керак бўлади. Лаборотория шароитида аралашмадаги кераксиз қисмлар фенол/хлороформ/изоамил спирти(25:24:1) аралашмаси билан олиб ташланади. Органик аралашма оқсилни ўзига бириктириб олади кейин центрафугадан олдин оғир сувли аралашма қисми суюқликни марказида қолади. Центрафугадан кейин хлороформ билан эриган оқсил пробирка тубида, ДНКли сувли қисми юқорисида жойлашган бўлади. Юқоридаги суюқлик (супернатант) бошқа пробиркага олинади ва устига суюқликдаги ДНК ни ивиши учун СТАБ преципитация буферидан қўшилади ва +65⁰C ҳароратли сувли ҳаммомда маълум соат сақланади.