Funksional genomika

Transkripsiya profilini yaratish

• Bu eng mashhur tadqiqot turlaridan biri bo'lib, "ifoda profilini yaratish" deb ham ataladi. Bu transkripsiya (RNK) darajasida hujayralar yoki to'qimalar namunalarida ko'plab genlarning gen ifodasini miqdorini aniqlashni o'z ichiga oladi. Miqdorni aniqlash biologik namunalarni yig'ish va RNKni (ko'p hollarda jami RNK) olish orqali, ishlov berishdan so'ng yoki vaqt seriyasining belgilangan vaqt nuqtalarida amalga oshirilishi mumkin va shu bilan ifoda naqshlarining "suratlarini" yaratish mumkin.
• Yaxshi izohlangan transkriptlari va genlari (masalan, inson genomi) bo'lgan umumiy mos yozuvlar genomlari uchun tadqiqotchi barcha yoki transkripsiyalarning bir qismi, genlar, kodlovchi ekzonlar, kodlanmaydigan RNK va boshqalarning miqdorini aniqlashga e'tibor qaratishi mumkin.

Genotiplash

• Genotiplash tadqiqotlari namunaning DNK ketma-ketligi (ya'ni genotip)dagi farqlarni aniqlaydigan tadqiqotlardir. Genomik DNK namunalari odatda fenotipdagi farqni tushuntirishi mumkin bo'lgan genotipdagi farqlarni aniqlash maqsadida, masalan, qurg'oqchilikka chidamli guruch navlari va qurg'oqchilikka sezgir navlar kabi bir-biriga qarama-qarshi bo'lgan namunalar guruhidan olinadi.
• Genotiplash tadqiqotlari DNK ketma-ketligidagi farqlarni uchta darajada aniqlash uchun mo'ljallangan:

Yagona nukleotid polimorfizmlari (SNPlar, talaffuz qilingan "snips"): SNP tahlili yagona nukleotid darajasidagi DNK ketma-ketligidagi farqlarga qaratilgan;

• Yagona nukleotid polimorfizmlari (SNPlar, talaffuz qilingan "snips"): SNP tahlili yagona nukleotid darajasidagi DNK ketma-ketligidagi farqlarga qaratilgan;
• Nusxa sonining o'zgarishi (CNVs): CNVlar DNK segmenti (masalan, gen yoki lokusga xos DNK takroriy elementi) nusxalari sonining ko'payishi yoki kamayishiga ishora qiladi. Har bir "nusxa" 50 ta baza yoki 100 kilobazagacha qisqa bo'lishi mumkin;
• Strukturaviy o'zgarishlar : ular CNV dan kattaroq kattalikdagi tartibdir va ko'pincha DNKning megabazalarini qamrab oladi va xromosomalarning qayta joylashuvi hodisalari sabab bo'lishi mumkin.