I.2.Buxoro amirligi ustidan Rossiya protektoratining o’rnatilishi. 1865-yil Qo‘qon xonligiga tegishli Toshkent ruslar tomonidan egallandi. Toshkentni qaytarib olishga kelayotgan Buxoro amiri yo‘ldan qaytishga majbur bo‘ldi, ammo Toshkentning ruslar qo‘lida qolishiga rozi bo‘lmadi. Yuqorida bo‘lib o‘tgan voqelardan keyin 1866-yil 30-yanvar kuni Chernyayev 14 ta piyoda otryadlari, oltita kozak guruhlari, 16 ta to‘p bilan Sirdaryoni kesib o‘tib, Buxoroga qarab yurdi. Ammo Samarqandga 25 milya qolganda sahroda qolib ketdi va ortga qaytishga majbur bo‘ldi. Ushbu muvaffaqiyatsizlik buxoroliklarni ruhlantirdi va amir Muzaffar ruslardan Toshkentni bo‘shatib qo‘yishni so‘radi. Rad javobi olingach, shu yili may oyida 40 ming kishilik qo‘shin bilan Sirdaryo bo‘yiga yetib keldi. Ikki o‘rtada Erjar darasida jang bo‘lib o‘tdi. Jangda Buxoro qo‘shini ruslar artilleriyasi qarshisida ojiz qoldi va jang maydonini tashlab qochishga majbur bo‘ldi. Bu ruslar va Buxoro amiri qo‘shinlari o‘rtasidagi ilk to‘qnashuv edi. Ushbu g‘alabadan keyin ruslar to‘g‘ri Samarqand va Buxoroga qarab yurishlari mumkin edi. Ammo buning ortidan kelib chiqadigan katta qarshilikka qarshi tura oladigan darajada emasligi sababidan Chernyayev o‘z vaqtini kutishga qaror qildi. 21-may kuni esa Xo‘jand shahri egallandi.Buxoro amiri rus ofitserlarini ozod qilgan bo‘lsa-da, mag‘lubiyatga uchragan bo‘lsa-da, tushkunlikka tushmadi va jasurligini yo‘qotmadi. Ruslarni har doimgidek dushman sifatida ko‘rishda davom etdi. Ruslar esa qanday qilib bo‘lmasin Buxoroni bo‘ysundirishga bel bog‘ladi. 1866-yil 2-oktyabr kuni O‘ratepa qal’asi egallandi. O‘ratepa qo‘ldan ketgach, Buxoro amirligi qo‘lida Sirdaryo bo‘yida faqatgina Jizzax qoldiJizzax ham shu yilning 18-oktyabr kuni ruslar tomonidan egallandi6. Shaharni mudofaa qilgan 11 ming buxoroliklardan olti ming kishi halok bo‘ldi. Ruslardan esa 98 kishi o‘ldirilgan. 11 ta bayroq va 43 ta to‘p ruslar tomonidan o‘lja sifatida egallangan. Shunday qilib, Buxoro amiri Sirdaryo bo‘yidagi muhim istehkomlaridan mahrum bo‘ldi va ruslar uchun Samarqandga yo‘l ochildi. 1868-yilning bahorida Kaufman Buxoro amiriga tinchlik sulhi taklif qildi. Ammo amir bu taklifni qabul qilmadi va ruslarga qarshi g‘azot e’lon qildi. Katta qo‘shin to‘plash maqsadida Xiva, Qo‘qon, Qoshg‘ar, Afg‘oniston, Usmonli va hatto inglizlarga ham yordam so‘rab elchilarini yubordi. Samarqand yaqinida 60 ming kishilik qo‘shin to‘plandi. Shuningdek, Jizzax yaqinida ham buxoroliklar bo‘linmalari to‘plandi. Uhum yaqinida Buxoro qo‘shini mayor Grippenberg bo‘linmasiga zarba berdi, ammo katta yo‘qotish bilan chekinishga majbur bo‘ldi.1868-yilning may oyining birinchi kunida Cho‘ponota tepaligida Buxoro amiri hamda Kaufman kuchlari o‘rtasida jang bo‘lib o‘tdi. Ushbu jangda Kaufmanning qo‘li baland keldi va Buxoro amiri chekinishga majbur bo‘ldi. 2-may kuni rus qo‘shinlari Samarqand shahriga keldi. Kaufman Abramov va Golovchevning ikki otryadi bilan amir qo‘shinlarini ta’qib etishda davom etdi. 12-may kuni Abramov bo‘linmasi Urgutni egalladi. Urgutni himoya qilgan 6 ming kishilik Husayn bek odamlari qarshiligi sindirildi. 18-may kuni Golovchev otryadlari Kattaqo‘rg‘on bo‘sag‘asida janglar qildi. 27-may kuni Abramov Qoratepa yaqinida Hojibeyning 15 ming kishilik korpusini mag‘lub etdi. Ikki kundan keyin esa Kattaqo‘rg‘on ostonasida Usmonbeyning korpusi tor-mor etildi7.