«биоинформатикага муқаддима»

 
Маълумотлар базалари: 
• Архивли  ( PDB, GenBank)
ҳар бир киритилган маълумот учун муаллиф-
тадқиқотчи жавоб беради
• Назорат қилинувчи маълумотлар учун махсус одамлар – кураторлар жавоб 
берадилар
• Автоматик маълумотлар компьютер дастурлари томонидан яратилади. 
• Swiss- Prot – Оқсилларнинг аминокислота кетма-кетликларини сақловчи база 
• KEGG – метаболизм ҳақидаги маълумотлар
• FlyBase –Drosophila ҳақидаги маълумотлар

---

• COG – ортологик генлар ҳақидаги маълумотлар. 
• COP – Оқсилларнинг структуравий классификацияси
• PFAM – Оқсил оилалари бўйича маълумотлар банки 
• GO (Gene Ontology) – Генлар классификацияси
• ProDom – Оқсил доменлари
• AsMamDB – Сутэмизувчилардаги альтернатив сплайсинг
• NCBI Entrez – Нуклеотид ѐки аминокислоталар кетма-кетликлари ҳақидаги 
маълумотларга кириш
• Ecocyc – барчаси E. coli ҳақида – генлар, оқсиллар, метаболизм ва бошқалар. 
Асосий молекуляр-генетик маълумотлар базалари. Молекуляр-генетик МБ нинг 
объектлари сифатида нуклеотидли, аминокислотали кетма – кетликлар, генетик 
хариталар, ферментлар, нуклеотид зондлар ва бошқалар ҳисобланади. Ҳозирги кунда 
асосий молекуляр – генетик МБ сифатида қуйидагилар (Bilofsky et al..1986, Hann, 
Cameron, 1986: George et al..1986) ҳисобланади:
EMBL, Nucleotide Sequence Data Library (ҳажми 30 млн нуклеотиддан ортиқ, 1989); 
GenBank Genetic Sequence Data Bank (ҳажми 30 млн нуклеотиддан ошиқ, 1989); 
NBRF – PIR Protein Sequence Data Bank (2 млн аминокислоталари қолдиқлари 
атрофида, 1989). 
Биотехнологик маълумотлар Миллий Маркази (АҚШ) (ингл. National Center of 
Biotechnological Information, NCBI) 1988 йилда Бетес (Мэриленд штати, АҚШ) да 
молекуляр биология маълумотларини сақловчи ва қайта таҳлил қилувчи марказ сифатида 
жорий этилган эди. АҚШ Миллий Соғлиқ институтининг (National Institute of Health, NIH) 
таркибига кирувчи АҚШ Миллий Тиббиѐт кутубхонаси (United States National Library of 
Medicine, NLM)нинг бир қисми ҳисобланади.
NCBI оқсил доменлари, ДНК (GenBank) ва РНК ҳақидаги ва илмий мақолалар 
ҳақидаги (PubMed) маълумотлар базалари ҳақида маълумот беради. Шунингдек, NCBI 
маълумотлар базасининг таркибида оқсиллар ѐки нуклеин кислоталарнинг кетма – 
кетликларини таққослашга мўлжалланган BLAST дастурлар мажмуаси ҳам мавжуд.
Нуклеотидларнинг кетма – кетликлари бўйича ҳозирги кунда ахборот ҳажми 
жиҳатидан йирик маълумотлар базалари қуйидагилар ҳисобланади:
GenВank – генетик кетма – кетликлар маълумотлар базалари ҳисобланади ва NIH 
(Миллий Соғлиқ Институти, АҚШ) томонидан қўллаб қувватланади. Бу МБ сининг 
таркибига ДНК ва РНК ва оқсилларнинг кетма – кетликлари ҳақидаги ахборотлар киради. 
Унинг таркибидаги маълумотлар ҳар икки ойда бир маротаба янгиланиб турилади ва учта 
йирик нуклеотидлар кетма-кетликлари маълумотлар базасини (DDBJ, EMBL, GenBank 
(NCBI)) бирлаштирувчи International Nucleotide Sequence Database Collaboration нинг 
таркибий қисми ҳисобланади. Бу учта ташкилот халқаро меҳнат тақсимоти бўйича иш 
олиб боради ва ҳар кунлик олинган янги ахборотларни алмашинишади.
EMBL – European Molecular Biology Laboratory. Европа Молекуляр Биология 
Лабораториясининг нуклеотидлар кетма – кетликлари маълумотлар базаси ҳисобланади. 
ДНК ѐки РНК фрагментларининг бирламчи структураларини аниқлашга доир 
маълумотлар билан мунтазам равишда тўлдирилиб борилади. Бу МБ га 1982 йилда асос 
солинган.
DDBJ - DNA Data Bank of Japan. EМBL (Европа) ва NCBI (АҚШ) билан доимий 
алоқада бўлган ДНК нуклеотидлари кетма – кетликлари бўйича Япониянинг маълумотлар 
базаси ҳисобланади. Бу маълумотлар базасига 1984 йилда Миллий генетика институти 
қошидаги информацион биология маркази томонидан асос солинган (Mishima, Japan). 
DDBJ МБ га ахборотлар биринчи навбатда япониялик олимлар томонидан тақдим 
этилади. МБ да йиғилган умумий ахборотларнинг 75 % секвенирланган ДНК қисмлари ва 
EST (Expressed Sequence Tags) деб номланувчи экспрессияланган генлар ҳақидаги 
маълумотлар ҳисобланади.

---

Нуклеотидлар кетма-кетликлари бўйича маълумотларни сақловчи маълумотлар 
базалари сингари аминокислоталар кетма-кетлиги бўйича ҳам маълумотлар базалари 
яратилган. Уларда аминокислоталарнинг кетма-кетлик тарзи, оқсилнинг умумий 
маълумотлари келтирилади. Ҳозирги кунда аминокислоталар кетма-кетлиги бўйича 
қуйидаги МБ фаолият юритиб келмоқда: 
SWISS-PROT бу EMBL МБ дан олинган маълумотлар асосида яратилган. Агарда 
аминокислоталарнинг кетма-кетлиги ҳақидаги маълумотлар етарли бўлган шароитда бу 
маълумотлар SWISS-PROT базасига киритилади, акс ҳолда эса TREMBL базасига 
киритилади.
TREMBL бу пептид занжири ҳақида етарлича маълумотлар йиғилгунига қадар у 
ҳақидаги ахборотларни сақлайди ва маълумотлар тўлатилганидан сўнг SWISS-PROT га 
киритилади.
UniProt – оқсилларнинг аминокислоталар кетма – кетликлари ва уларнинг 
функциялари ҳақидаги ахборотларни сақловчи маълумотлар базаси бўлиб ҳисобланади. 
UniProt – Европа биоинформатика институти (EBI), Швейцария биоинформатика 
институти (SIB) ва Оқсил информацион ресурслар институти (PIR) томонидан ташкил 
этилган. EBI, SIB ва PIR 2002 йилда бирлашган ҳолда UniProt Консорциумига асос 
солишган.
Маълумот базаларининг сони бугунги кунда бир неча мингдан ортиб кетди. Улар 
билан ишлашни қулайлаштириш мақсадида эса мета-базалар ташкил этилди. Мета 
базаларни маълумотлар базаси тўғрисидаги маълумотлар базаси деб аташ мумкин. Улар 
маълумотларни турли ҳил манбалардан қидириб, уларни янги кўринишда фойдаланувчи 
учун топиш осон бўлган кўринишга келтириб беради.
Бундай мета-базаларга Entrez (Биотехнология ҳақидаги ахборотнинг миллий 
маркази), euGenes (Индиана Университетига қарашли), GeneCards (Вейсман Институтига 
қарашли) , SOURCE (Стенфорд Университети ), mGen – жахонга машхур ГенБанк, 
Рефсеқ, эМБЛ ва ДДБЖ маълумотлар базаларини ўзида тутувчи, фойдаланиш осон ва 
содда бўлган дастур, Bioinformatic Harvester (Биоинформатика КОМБАЙНИ) 
(Карлсруе Технологик институтига қарашли), MetaBase (KOBIC) – биологик маълумотлар 
базаси тоғрисидаги умумий маълумотлар базаси, ConsensusPathDB кабиларни киритиш 
мумкин. 
Маълумотлар
базалари
турлари