«биоинформатикага муқаддима»

Таянч атамалар: BLAST алгоритми, оқсиллар, аминокислоталар, нуклеин 
кислоталар, нуклеотидлар, blastp, blastn, megablast, blastx, tblastx, ClustalW, T-Coffee 
дастурлари. 
Зарур жиҳозлар: мультимедиа воситалари, компъютер, интерактив доска, мавзуга 
тегишли тақдимот, видеоматериаллар. 
Мавзу бўйича муаммолар:  
1) Геном таркиби ва генлар экспрессияси ҳақидаги маълумотлардан самаралироқ 
фрйдаланиш. 
2) Аминокислоталар кетма – кетлигига кўра оқсилнинг бирламчи структурасини тахмин 
қилувчи мукаммал методларни ривожлантириш лозим. 
3) Якуний синовлар учун энг самарали тажриба препаратларни танлаш методларини 
ривожлантириш. 
 
Маъруза мавзусининг қисқача баѐни: 
Замонавий биоинформатика фанининг ривожланишида ва бу фаннинг кенг соҳалар 
бўйича тадқиқ қилиниши янгидан янги усулларнинг юзага келишига сабаб бўлди. 
Ўрганилаѐтган объектнинг хусусиятларига қараб замонавий биоинформатикада 
қуйидагича усуллар мавжуд: 
ACT (Artemis Comparison Tool) — геном таҳлили 
Arlequin — анализ популяцион-генетик маълумотларнинг таҳлили 
BioEdit 
— нуклеотидли ва аминокислотали кетма-кетликларни кўплик 
текислашларнинг муҳаррири
BioNumerics — универсал тижорат дастурлар пакети
BLAST — нуклеотидлар ва аминокислоталар кетма-кетликлари бўйича 
маълумотлар базаларидан қариндош кетма – кетликларни излаш
Clustal W — нуклеотидлар ва аминокислоталар кетма-кетликларининг кўплик 
таққосланишлари

---

Clustal X — нуклеотидлар ва аминокислоталар кетма-кетликларининг кўплик 
таққосланишлари 
DnaSP — ДНК кетма – кетликларидаги полиморфизмларни таҳлили 
FigTree — филогенетик дарахтларнинг муҳаррири
Genepop — популяцион-генетик таҳлил 
Genetix — популяцион-генетик таҳлил (дастур фақат француз тилида тақдим 
этилади) 
JalView — нуклеотидлар ва аминокислоталар кетма-кетликларининг кўплик 
таққосланишлари дастур муҳаррири 
MacClade — маълумотларни интерактив эволюцион таҳлили учун зарур тижорат 
дастури
MEGA — молекуляр-эволюцион генетик таҳлил 
Mesquite — қиѐсий биология учун Java тилидаги дастур 
Muscle — нуклеотидлар ва аминокислоталар кетма-кетликларининг кўплик 
таққосланишлари дастури. ClustalW га нисбатан анча тез ва аниқ ишлайди.
PHYLIP — филогенетик дастурлар пакети
Phylo_win — филогенетик таҳлил. Дастур график интерфейсга эга.
PopGene — Популяциянинг генетик хилма- хиллик таҳлили
Populations — популяцион-генетик таҳлил
PSI Protein Classifier — PSI-BLAST дастури воситасида олинган натижаларнинг 
жамланиши
Seaview — филогенетик таҳлил (график интерфейси билан) 
Sequin —кетма-кетликларни GenBank, EMBL, DDBJ даги тўпланиши 
T-Coffee — нуклеотидлар ва аминокислоталар кетма-кетликларининг кўплик 
таққосланишлари дастури. ClustalW ва ClustalX га қараганда анча сезгирроқ 
UGENE — нуклеотидлар ва аминокислоталар кетма-кетликларининг кўплик 
таққосланишлари, филогенетик таҳлил, аннотирлаш, маълумотлар базалари билан ишлаш 
учун эркин ҳолатдаги рус тилидаги дастур.