Berilgan vazifa belgilangan muddatda elektron hamda qog’oz shakllida topshirilishi kerak. Algoritmni tasvirlash usullari Maqsad

So'nggi o'zgarishlar
Advertisement
Strukturaviy tekislash usullarini takomillashtirish tadqiqotning faol yo'nalishini tashkil etadi va ko'pincha yangi yoki o'zgartirilgan usullar taklif etiladi, ular eski va keng tarqalgan usullarga nisbatan ustunlik beradi. So'nggi misol, TM-align, qaysi standartga muvofiq masofa matritsasini tortish uchun yangi usuldan foydalanadi dinamik dasturlash keyin qo'llaniladi.^[29][13] O'lchash dinamik dasturlashning yaqinlashishini tezlashtirish va tekislash uzunligidan kelib chiqadigan effektlarni to'g'rilash uchun taklif etiladi. Qiyoslash tadqiqotida TM-align tezligi va aniqligi DALI va Idoralarga nisbatan yaxshilanishi haqida xabar berilgan.^[29]
Strukturani tekislashning boshqa istiqbolli usullari mahalliy tizimli tekislash usullari hisoblanadi. Ular oqsillarning oldindan tanlangan qismlarini taqqoslashni ta'minlaydi (masalan, bog'lanish joylari, foydalanuvchi tomonidan belgilangan strukturaviy motiflar) ^[30][31][32] majburiy saytlarga yoki to'liq oqsilli tarkibiy ma'lumotlar bazalariga qarshi. MultiBind va MAPPIS serverlari ^[32][33] kichik molekulalar (MultiBind) bilan o'zaro ta'sirida yoki foydalanuvchi tomonidan taqdim etilgan foydalanuvchi tomonidan taqdim etilgan oqsillarni biriktirish joylarida H-bog'lovchi donor, akseptor, alifatik, aromatik yoki hidrofob kabi fizik-kimyoviy xususiyatlarning umumiy fazoviy tartiblarini aniqlashga imkon beradi. oqsil-oqsil interfeyslari (MAPPIS). Boshqalari butun oqsil tuzilmalarini taqqoslashni ta'minlaydi ^[34] bir qator foydalanuvchi tomonidan taqdim etilgan tuzilmalarga qarshi yoki oqilona tuzilmalar haqida katta ma'lumot bazasiga qarshi (ProBiS^[35]). Global tekislash yondashuvlaridan farqli o'laroq, mahalliy tizimli moslashtirish yondashuvlari funktsional guruhlarning mahalliy darajada saqlanib qolgan shakllarini aniqlashga mos keladi, ular tez-tez bog'lash joylarida paydo bo'ladi va ligandlarni bog'lashda sezilarli darajada ishtirok etadi.^[33] Masalan, G-Losani taqqoslash,^[36] TM-align bilan global tuzilmani moslashtirish vositasi, global tuzilishga moslashtirish usuli. G-Losa bir zanjirli protein maqsadlarida giyohvand moddalarga o'xshash ligandlarning pozitsiyasini TM-align-ga qaraganda aniqroq bashorat qilgan bo'lsa-da, TM-align-ning umumiy muvaffaqiyat darajasi yaxshiroqdir.^[37]
Biroq, algoritmik takomillashtirish va kompyuterning ishlashi eski yondashuvlarda aniq texnik nuqsonlarni yo'q qilgani sababli, "optimal" tizimli moslashtirish uchun universal mezon yo'qligi aniq bo'ldi. Masalan, TM-align, ketma-ketlik uzunliklarida juda katta farqlarga ega bo'lgan oqsillar to'plamlarini taqqoslash miqdorini aniqlashda juda kuchli, ammo u bilvosita vodorod bog'lanishini yoki ikkilamchi tuzilish tartibini saqlashni o'z ichiga oladi, bu evolyutsiyaga bog'liq oqsillarni tekislash uchun yaxshi ko'rsatkichlar bo'lishi mumkin. Shunday qilib, so'nggi o'zgarishlar tezkorlik, ballar miqdorini aniqlash, muqobil oltin standartlari bilan o'zaro bog'liqlik yoki tarkibiy ma'lumotlar yoki ab initio tarkibiy modellaridagi nomukammallikka bardoshlik kabi xususiyatlarni optimallashtirishga qaratilgan. Mashhurlikka erishayotgan muqobil metodologiya bu Kelishuv oqsillarning strukturaviy o'xshashligini aniqlash uchun turli xil usullar.^[38]

Ushbu bo'lim kengayishga muhtoj bilan: quyidagi mavzular bo'yicha munozarani qo'shing: A) moslashuvchan tekislash va qattiq tanaga qarshi B) ketma-ketlik tartibiga bog'liq va mustaqil C) biologik birikmalarning tekislashi^[39]. Siz yordam berishingiz mumkin unga qo'shilish. (2012 yil iyul)