Berilgan vazifa belgilangan muddatda elektron hamda qog’oz shakllida topshirilishi kerak. Algoritmni tasvirlash usullari Maqsad

Strukturaviy tekislash o'rnatishga urinishlar homologiya ikki yoki undan ko'p o'rtasida polimer shakli va uch o'lchovli tuzilmalari konformatsiya. Ushbu jarayon odatda qo'llaniladi oqsil uchinchi darajali tuzilmalar lekin katta uchun ham ishlatilishi mumkin RNK molekulalar. Ikkala strukturaning hech bo'lmaganda ekvivalent qoldiqlari ma'lum bo'lgan oddiy konstruktsion superpozitsiyadan farqli o'laroq, strukturaviy hizalanish yo'q apriori teng pozitsiyalarni bilish. Strukturaviy hizalama past darajadagi o'xshashlik bilan oqsillarni taqqoslash uchun qimmatli vositadir, bu erda oqsillar o'rtasidagi evolyutsion aloqalarni standart tomonidan osongina aniqlash mumkin emas. ketma-ketlikni tekislash texnikalar. Shuning uchun strukturaviy moslashtirish shama qilish uchun ishlatilishi mumkin evolyutsion juda kam umumiy ketma-ketlikni taqsimlaydigan oqsillar o'rtasidagi munosabatlar. Biroq, natijalarni birgalikda evolyutsion ajdodlarga dalil sifatida ishlatishda ehtiyotkorlik zarur, chunki yuzaga kelishi mumkin bo'lgan nojo'ya ta'sirlar konvergent evolyutsiyasi bu bilan bir nechta bog'liq bo'lmagan aminokislota ketma-ketliklar umumiyga yaqinlashadi uchinchi darajali tuzilish.
Strukturaviy hizalamalar ikkita ketma-ketlikni taqqoslashi mumkin yoki bir nechta ketma-ketliklar. Ushbu hizalamalar barcha so'rovlar ketma-ketligining uch o'lchovli konformatsiyalari haqidagi ma'lumotlarga asoslanganligi sababli, usul faqat ushbu tuzilmalar ma'lum bo'lgan ketma-ketliklarda ishlatilishi mumkin. Ular odatda tomonidan topiladi Rentgenologik kristallografiya yoki NMR spektroskopiyasi. Tomonidan ishlab chiqarilgan tuzilmalar bo'yicha tizimli moslashtirishni amalga oshirish mumkin tuzilishni bashorat qilish usullari. Darhaqiqat, bunday bashoratlarni baholash ko'pincha modelning sifatini baholash uchun model va haqiqiy ma'lum tuzilish o'rtasida tizimli muvofiqlashtirishni talab qiladi.^[1] Strukturaviy hizalamalar, ayniqsa, dan ma'lumotlarni tahlil qilishda foydalidir strukturaviy genomika va proteomika harakatlari va ular sof ketma-ketlik asosida hosil qilingan tekislashuvlarni baholash uchun taqqoslash nuqtalari sifatida ishlatilishi mumkin bioinformatika usullari.^[2][3][4]
Strukturaviy tekislashning natijalari atomning superpozitsiyasidir koordinatalar to'plamlari va minimal o'rtacha kvadrat og'ish (RMSD) tuzilmalar o'rtasida. Ikkala tekislangan strukturaning RMSD-si ularning bir-biridan farqlanishini ko'rsatadi. Strukturaviy moslashuv bir necha borligi bilan murakkablashishi mumkin protein domenlari kirish tuzilmalarining bir yoki bir nechtasi ichida, chunki hizalanadigan ikkita struktura orasidagi domenlarning nisbiy yo'nalishidagi o'zgarishlar RMSD ni sun'iy ravishda kuchaytirishi mumkin.
Mundarija

• 
  1 Strukturaviy tekislash orqali ishlab chiqarilgan ma'lumotlar
  
• 
  2 Taqqoslash turlari
  
  • 
    2.1 Strukturaviy superpozitsiya
    
  • 
    2.2 O'xshashlikni baholash
    
• 
  3 Algoritmik murakkablik
  
  • 
    3.1 Optimal echim
    
  • 
    3.2 Taxminan echim
    
• 
  4 Tuzilmalarni namoyish etish
  
• 
  5 Usullari
  
  • 
    5.1 DALI
    
  • 
    5.2 Kombinatorial kengaytma
    
  • 
    5.3 Mamont
    
  • 
    5.4 SSAP
    
• 
  6 So'nggi o'zgarishlar
  
• 
  7 RNKning tuzilishi
  
• 
  8 Dasturiy ta'minot
  
• 
  9 Shuningdek qarang
  
• 
  10 Adabiyotlar
  
  • 
    10.1 Qo'shimcha o'qish