Asosiy tushunchalar: Restriktaza fermentlari

Restriksion kesish va ulashlar koʻplab DNK molekulalarini oʻz ichiga oladi
Yuqoridagi misolda biz gen va EcoRI yordamida kesilgan plazmid oʻrtasidagi bogʻlanishning bitta natijasini koʻrdik. Ammo xuddi shu bogʻlanishda boshqa natijalar ham boʻlishi mumkin. Masalan, kesilgan plazmid genni qabul qilmasdan resirkulyar holatga kelishi (qaytadan halqa shakliga kirishi) mumkin. Xuddi shunga oʻxshab, gen plazmidga kirish oʻrniga orqaga qarab joylashishi ham mumkin (chunki uning ikkita EcoRI yopishqoq uchlari bir xil).

Chap: geni oldinga siljib ketganda (plazmid tarkibidagi promoterdan “uzoqlashganda”) rekombinant plazmid hosil boʻladi.
Oʻrta: agar kesilgan plazmid yopilsa, norekombinant plazmid hosil boʻladi (uning uchlari bir-biri bilan bogʻlanadi).
Oʻng: gen orqaga qaytsa, hosil boʻlgan plazmid rekombinant hisoblanadi (plazmid tarkibidagi promoterga “ishora qiladi”).
Bu kabi kesish va ligatsiya koʻplab plazmid va gen DNK nusxalari yordamida amalga oshiriladi. Aslida bitta ligatsiya (ulash)da milliardlab DNK molekulalari ishlatiladi! Bu molekulalarning barchasi bir-biriga va DNK ligazasiga tasodifiy ravishda turli yoʻllar bilan urilib ketadi. Shunday qilib, agar bir nechta mahsulotni tayyorlash mumkin boʻlsa, ularning barchasi maʼlum chastotada amalga oshiriladi, shu jumladan, biz istamagan mahsulotlar ham hosil boʻladi.
Qanday qilib “yomon” plazmidlar hosil boʻlishining oldini olish mumkin? DNK ligatsiyasi orqali bakteriya transformatsiya qilinganda, har biri DNKning turli boʻlagini egallaydi. Bakteriyani transformatsiyadan keyin tekshirib, faqat kerakli plazmidga ega boʻlganidan foydalanamiz. Koʻp hollarda transformatsiyalangan bakteriyadan olingan plazmid boshqa restriktaza fermentlari yordamida toʻgʻri joydan kesilgani tekshiriladi.