X асрнинг иккинчи ярмига келиб ички зиддиятларнинг кучайиши ва кескинлашуви натижасида Сомонийлар давлати кучсизлана бошлайди. Сомонийларга тобе бўлган вилоятларда, айниқса, Хуросонда улар ҳокимиятига қарши кўтарилган исѐнлар, тожу-тахт учун узлуксиз олиб борилган курашлар Сомонийлар давлати инқирозини яқинлаштирган эди. Бундай вазиятдан Еттисув ва Қашғарда яшовчи туркий қабилалар унумли фойдаландилар. Чунки, X асрнинг иккинчи ярмига келиб бу ҳудудлардаги туркий қабилалар – қарлуқлар, чиғиллар, яғмолар ва бошқалар ўзларининг кучли давлатларини тузишга муваффақ бўлган эдилар.
Қорахонийлар чиғиллар ѐки қарлуқлар қавмига мансублиги ҳақидаги нуқтаи-назар ўрта асрлар даври тарихининг кўпчилик тадқиқотчилари томонидан эътироф этилади.
Қорахонийлардан биринчи бўлиб исломни қабул қилган ва мусулмонча Абдулкарим деган ном олган ҳукмдор Хорун Буғрахон ҳисобланади. Айрим ѐзма манбаларда у Буғрахон ат-Туркий деб номланади. Мисол учун, Ибн ал-Асир ўзининг “Китоб ал-комил фит-тарих” асарида маълумот беришича, Қашғар, Баласоғундан то Чан (Хитой) чегарасигача бўлган ерлар Буғрахон ат-Туркий ҳукмронлиги остида бўлган.
Бутун Тянь-Шань ва Еттисувни эгаллаб бўлгандан сўнг, қорахонийлар Сомонийлар давлати таркибида бўлган Мовароуннаҳрга ҳам ҳарбий юришлар уюштира бошлайдилар ва тез орада Фарғона ва Исфижоб (Сайрам) ни босиб олишга эришадилар. 990-992 йилларда қорахоний Ҳорун (Ҳасан) Буғрахон Сомонийларга тегишли бўлган Ўрта Осиѐдаги мулкларнинг каттагина қисмини босиб олди. 992-993 йилларда Ҳасан Буғрахон Самарқанд ва Бухорони ҳам эгаллайди. Манбаларнинг маълумот беришича, Сомонийлар давлатида катта таъсирга эга бўлган турк лашкарбошиси, Хуросон ҳокими Абу Али Симжурий ва яна бир лашкарбоши Балх ҳокими Фойиқ очиқдан-очиқ Қорахонийларга ѐн босадилар. Яъни, Симжурий Ҳасан Буғрахон билан музокаралар олиб борган бўлса, Фойиқ Работи Малик яқинидаги Буғрахонга қарши жангда, ҳар томонлама устунликка эга бўлишига қарамай таслим бўлади. Ҳасан Буғрахон Самарқанд ва Бухорони эгаллагач, касаллиги туфайли урушни давом эттиролмасдан Қашғарга қайтишда, йўлда Қўчқорбоши деган жойда 993 йилда вафот этади.
Ҳасан Буғрахон вафотидан сўнг улуғ хон (қорахон) лавозимини, унинг жияни Али ибн Мусо эгаллайди. Аммо у узоқ вақт тахтга ўтира олмади. Тахтни Қорахоний Наср Илекхон эгаллади. Сомонийлар давлатидаги ички низоларни, Сомоний ҳукмдорлари ва турк лашкарбошилари ўртасидаги келишмовчиликларни диққат билан кўзатиб турган Қорахонийлар 996 йилда Наср Илекхон бошчилигида Бухорога янги юришлар уюштирдилар. Сомоний ҳукмдори Нуҳ II Ғазна ҳокими Сабуқтегинни ѐрдамга чақиради. Балхдан катта қўшин билан етиб келган Сабуқтегин Кеш ва Насаф оралиғида жойлашиб, ўз қўшинлари билан келиб қўшилишини сўраб Нуҳ II га элчи юборади. Лекин ўз «вассали» га унча ишонмаган Бухоро ҳукмдори ўз вазири Ўзайрининг фикрига қўшилиб бу таклифни рад этади ва Сабуқтегинни ўзини Бухорога чақиради. Бундан ранжиган Сабуқтегин ўғли Маҳмудни 20 минглик қўшин билан Бухорога жўнатади. Ўзи эса Наср Илекхон билан низоларни, Сомоний ҳукмдорлари ва турк лашкарбошилари ўртасидаги келишмовчиликларни диққат билан кўзатиб турган Қорахонийлар 996 йилда Наср Илекхон бошчилигида Бухорога янги юришлар уюштирдилар. Сомоний ҳукмдори Нуҳ II Ғазна ҳокими Сабуқтегинни ѐрдамга чақиради. Балхдан катта қўшин билан етиб келган Сабуқтегин Кеш ва Насаф оралиғида жойлашиб, ўз қўшинлари билан келиб қўшилишини сўраб Нуҳ II га элчи юборади. Лекин ўз «вассали» га унча ишонмаган Бухоро ҳукмдори ўз вазири Ўзайрининг фикрига қўшилиб бу таклифни рад этади ва Сабуқтегинни ўзини Бухорога чақиради. Бундан ранжиган Сабуқтегин ўғли Маҳмудни 20 минглик қўшин билан Бухорога жўнатади. Ўзи эса Наср Илекхон билан музокаралар олиб бориб, Қорахонийларга Сомонийларга тегишли бўлган шимолий ҳудудларни тақдим этади.
Хуллас, XI аср бошларида Қорахонийлар давлати Амударѐнинг юқори ва ўрта оқимларидан то Еттисув, шарқда эса Торим дарѐсигача бўлган ҳудудларни ўз ичига олган эди. Айрим олимларнинг фикрича, шу вақтдан бошлаб Қорахонийлар Бухоро, Самарқанд ва умуман, Амударѐгача бўлган ҳудудларни ҳам бошқара бошлаганлар. Сиѐсий жиҳатдан олиб қараганда, XI аср бошларида Туркистон бир қанча сиѐсий кучлар томонидан идора этилган. Шарқий Туркистон, Тошкент, Исфижоб, Фарғона, Самарқанд, Бухоро, Чағаниѐн, Хутталон вилоятлари Қорахонийлар, Амударѐнинг чап қирғоқ ерлари то Ғазнагача, Хуросон, Сейистон вилоятлари Ғазнавийлар, Хоразм эса Хоразмшоҳлар, Орол денгизидан шарқ ва шимолдаги ерлар уғўзлар иттифоқи томонидан бошқарилар эди.
Қорахонийларнинг Мовароуннаҳрдаги ҳукмронлиги 200 йилга яқин давом этади. Сомонийларга тегишли бўлган ерларни эгаллаш жараѐнида Қорахоний бошқарувчилари вақтинчалик бўлса-да бирлашиб туркийларнинг йирик Қорахонийлар давлатини барпо этадилар. Бу давлат бир нечта вилоятларга бўлинган бўлиб, Мовароуннаҳрга дастлаб Наср Илекхон ҳокимлик қилган. Шижоатли ва моҳир саркарда Наср Илекхон дўстона муносабатлар ўрнатиш тарафдори эканлигини билдириб қўшниси Маҳмуд Ғазнавий билан элчилик муносабатлари ўрнатади. Аммо, бундай муносабатлар узоқ чўзилмади. Маҳмуд Ғазнавийнинг шимолий Ҳиндистонда уруш олиб бораѐтганлигидан фойдаланган Наср Илекхон 1006 йилда катта қўшин билан Амударѐдан кечиб ўтиб Балх, Тус, Нишопур шаҳарларини босиб олади. Шунга қарамасдан Ғазнавийлар Қорахонийларни Хуросондан ҳайдаб чиқаришга муваффақ бўлдилар. 1008 йилда Қорахонийлар яна Хуросонга ҳужум қилдилар. Маҳмуд Ғазнавийнинг ўзи 500 та жангга ўрнатилган филларга эга бўлган катта қўшин билан Қорахонийларга қарши чиқди ва уларнинг қўшинини бутунлай яксон қилди. Шундан кейин Қорахонийлар Хуросонга ҳарбий юриш уюштиришга бошқа журъат этмадилар.
Мовароуннаҳрга янги кўчманчи қабилалар Қорахитойлар (киданлар) ҳужуми хавфи пайдо бўлди. XII асрнинг 30-йилларида Қорахитойлар Шарқий Туркистон ва Еттисувни, яъни Шарқий Қорахонийлар ҳудудини босиб олдилар. Шарқий Қорахонийлар анча заифлашиб қолганлиги туфайли ўз мулкларини ҳимоя қила олмадилар. Ғарбий Қорахонийларнинг ҳам аҳволи бундан яхши эмас эди. 1137 йилдаги Хўжанд яқинидаги бўлган жангда Қорахитойлар қўшини Қорахоний Маҳмудхон қўшинларини тор-мор этдилар. Бу пайтда Хоразмни эгаллаш билан банд бўлган Султон Санжар ўз вассали Маҳмудхонга етарли ѐрдам бера олмади. Самарқанд талон-тарож қилиниб, катта товон ундирилгач, Қорахитойлар орқага қайтдилар.
Орадан кўп ўтмасдан, яъни 1141 йилда Қорахитойлар яна Мовароуннаҳр ерларига бостириб келдилар. Уларнинг ҳужумини тўхтатиш учун Султон Санжар катта қўшин билан Самарқанд яқинига етиб келади. Бу сафар жанг Самарқанд яқинидаги Қатвон чўлида бўлди. Ҳал қилувчи бу жангда Султон Санжар ва Қорахоний Маҳмудхонларнинг бирлашган қўшинлари Қорахитойлар томонидан мағлуб этилди.
Самарқанд, Бухоро ва бутун Марказий Мовароуннаҳрни эгаллаган Қорахитойлар катта ўлжалар билан орқага қайтдилар. Қорахитойлар Баласоғундан ташқари ҳамма ерлар ҳокимиятини Қорахонийлар қўлида қолдирдилар. Қорахонийлар энди Қорахитойларга қарам бўлиб, ҳар йили уларнинг пойтахти Баласоғунга катта-катта ўлпон юбориб турар эдилар. XIII асрнинг бошларида Муҳаммад Хоразмшоҳнинг Мовароуннаҳрга юришлари туфайли Қорахонийлар ҳукмронлиги бутунлай барҳам топди.
Қорахонийлар сулоласи ўз ҳукмронлиги даврида ўз мулкларининг сарҳадларини бир неча марта ўзгартирганлар. Мисол учун, Мовароуннаҳрни эгаллагунига қадар уларнинг мулклари Тяншань ва унинг атрофларини эгаллаган бўлса, XI аср бошларига келиб эса, ҳоқонлик чегаралари Амударѐгача етган. Орадан кўп ўтмай улар Шарқий Туркистонда Қашғарни ва Хўжандни қўлга киритдилар. Бундай ҳолат хоқонликнинг ижтимоий-иқтисодий тузумига ҳам катта таъсир кўрсатди. Ҳар бир вилоят маълум сиѐсий мавқега эга бўлган ҳолда хондан кичикроқ унвонга эга элекхонлар томонидан бошқариладиган бўлди.
Қорахонийлар Мовароуннаҳрни босиб олгач бу ердаги ижтимоий-сиѐсий ҳаѐтда катта ўзгаришлар содир бўлганлиги боис, Қорахонийлар ўз давлатларини вилоятларга бўлиб ташлайдилар. Мовароуннаҳр вилоятининг пойтахти Самарқанд, Фарғонаниқи эса Ўзганд шаҳри эди. Бу вилоятлар бошлиқлари элекхонлар бўлиб улар Қашғардаги тамғачхонларга расман тобе эдилар. Қорахонийлар даврида Самарқанд элекхони анча кучайиб кетган эди. Самарқанд элекхони саройида Сомонийлар давлатида бўлгани каби вазир, соҳиби-борид, муставфий, ҳожиб, раис-мухтасиб каби амалдорлар бўлган. Таъкидлаш жоизки, Қорахоний ҳукмдорлари мусулмон уламолари билан қалин алоқа ўрнатганлар ва имомлар, сайидлар, шайхлар, садрларни қўллаб-қувватлаганлар.
Қорахонийлар давлати бошлиғи лавозими, хоқоннинг тахти меросий саналган. Маъмурий идоралар иккига: