Kurs ishi mavzu: genom bazalari

O‘ZBEKISTON RESPUBLIKASI OLIY TA’LIM VAZIRLIGI





Urganch Davlat Universiteti
Tabiiy fanlar fakulteti biologiya yo’nalishi
181-guruh talabasi Madrahimova Reymajanning
Bioinformatika fanidan

KURS ISHI

Mavzu: GENOM BAZALARI.


Bajardi: Madrahimova Reymajan
Tekshirdi:
Urganch 2022


REJA:
I bob. Kirish.
II bob. Asosiy qism.
2.1. Genom ma'lumotlar bazalari.
2.2. Genom bazalari turlari.
2.3. Mavjud genom ma'lumotlar bazalari.
III bob. Xulosa.
Foydalanilgan adabiyotlar.


Kirish.
Genomik ma'lumotlar bazalarini qidirishning eng kuchli va moslashuvchan yondashuvi , lekin dasturlash tajribasini talab qiladi, bu maxsus skriptlarni o'z ichiga olgan maxsus skriptlar orqali Internetga asoslangan ma'lumotlar bazalarini API yordamida so'raydi va moslashtirilgan analitik quvurlarni yaratishga imkon beradi.
Operatsiyalarni bajarish uchun ochiq manbali tartiblar to‘plami, jumladan, genomik ma’lumotlar bazasini qidirish bioinformatikada qo‘llaniladigan barcha asosiy dasturlash tillari, jumladan, BioPerl, Biopython, BioRuby va BioJava uchun ishlab chiqilgan; Bular birgalikda Bio∗ asboblar to'plami sifatida tanilgan.
Ensemblning asosiy API-si Perl-ga asoslangan. API-lar, shuningdek, vakillik holatini uzatish (REST) ​​uslubini qabul qiladigan taqdim etiladi; ushbu "RESTful" API buyruqlari barcha asosiy dasturlash tillari yordamida genomik ma'lumotlar bazasini so'rashga imkon beradi.
Kent manba daraxti sifatida tanilgan UCSC-GB yordam dasturlari C tiliga asoslangan va 300 ga yaqin Linux/UNIX buyruqlar qatorini o'z ichiga oladi. Genomik ma'lumotlarning MySQL ma'lumotlar bazasi MySQL buyruqlari orqali so'rovlar o'tkazishga ham imkon beradi.
NCBI ma'lumotlar bazalariga kirish Entrez Programming Utilities ( E-Utilities ) deb nomlangan to'qqizta dastur to'plami orqali amalga oshiriladi. Buyruqlar HTTP-ni qo'llab-quvvatlaydigan har qanday tildan bajariladi va ularni tahlil qilish liniyasini yaratish uchun ulash mumkin. Buni to'ldiruvchi Entrez Direct ( EDirect ) UNIX buyruq qatori argumentlari yordamida NCBI ma'lumotlar bazalariga kirish imkonini beradi.

Bioconductor loyihasi statistik tilda maʼlumotlarni tahlil qilish resurslarining boyligini taʼminlaydi. U paketlar deb nomlanuvchi yuzlab tartiblarni, jumladan, genomik maʼlumotlar bazalarini qidirishni oʻz ichiga oladi.
Genomik ma'lumotlar bazalari ma'lumotlarni tadqiqot ishlari bo'yicha, ma'lumotlar turlari bo'yicha, shaxslar va organizmlar bo'ylab saqlash, almashish va taqqoslash imkonini beradi. Bular yangi ixtiro emas – zamonaviy internet ommalashishidan oldin ham, Escherichia coli va Saccharomyces cerevisiae kabi asosiy organizmlar haqidagi ma'lumotlarni almashish uchun "onlayn" ma'lumotlar bazalari mavjud edi. Ma'lumot almashish texnologiyasi va genomlarni ketma-ketlashtirish texnologiyasidagi so'nggi yutuqlar, tarixan bo'lgani kabi, ma'lum organizmlar atrofida, shuningdek, transkripsiya ma'lumotlari yoki qisqa o'qilgan ketma-ketlik ma'lumotlari kabi ma'lum ma'lumotlar turlari atrofidagi ma'lumotlar bazalarining portlashini yaratdi. Ushbu bo'limda genom ma'lumotlar bazalarining bir qator asosiy sinflari, ya'ni NCBI Genome va Ensembl Genome kabi organizmlararo keng ma'lumotlar bazalari, o'ziga xos organizm ma'lumotlar bazalari va GMOD loyihasi oilasi va inson genomini tadqiq qilish uchun mavjud bo'lgan keng turdagi ma'lumotlar bazalari muhokama qilinadi.