Сборник содержит материалы научной мультиконференции «Биотех- нология медицине будущего»


Структурные основы субстратной специфичности апуриновой/



Download 4,53 Mb.
Pdf ko'rish
bet107/236
Sana06.07.2022
Hajmi4,53 Mb.
#750084
TuriСборник
1   ...   103   104   105   106   107   108   109   110   ...   236
Bog'liq
BMF-2019 final compressed

Структурные основы субстратной специфичности апуриновой/ 
апиримидиновой эндонуклеазы человека APE1 в процессе 
инцизионной репарации нуклеотидов
Кузнецова А.А.
1
, Матвеева А.Г.
2,3
, Милов А.Д.
2
, Воробьев Ю.Н.
1
, Дзюба С.А.
2,3

Федорова О.С.
1,3
, Кузнецов Н.А.
1,3
1
Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН,
Новосибирск, Россия 
2
Институт химической кинетики и горения СО РАН, Новосибирск, Россия 
3
Новосибирский государственный университет, Новосибирск, Россия
Основной биологической функцией апуриновой/апиримидиновой эндонуклеазы 
человека APE1 является гидролиз фосфодиэфирной связи с 5ʹ-стороны от АР-сайтов 
в процессе эксцизионной репарации оснований ДНК. Однако в ряде работ было 
показано, что фермент способен узнавать в качестве субстратов не только АР-сайты, 
но и некоторые поврежденные нуклеотиды, например 5,6-дигидроуридин, альфа-ано- 
мер аденозина, 1,N6-этеноаденозин и другие. Кроме того, фермент APE1 обладает 
3ʹ-фосфодиэстеразной, 3ʹ-5ʹ-экзонуклеазной, 3ʹ-фосфатазной и эндорибонуклеазной 
активностями. Несмотря на интенсивное изучение функциональных особенностей 
фермента APE1 в настоящее время остается неизвестно, каким образом активный центр 
фермента способен узнавать значительно отличающиеся по своей природе и структуре 
поврежденные 2ʹ-дезоксирибонуклеотиды и неповрежденные рибонуклеотиды.
В рамках данной работы для определения механизма широкой субстратной специ-
фичности APE1 использовали метод двойного электрон-электронного резонанса, кото- 
рый позволяет рассчитать расстояние между двумя спиновыми метками в составе 
модельных ДНК-дуплексов. Анализ конформационных превращений фермент-
субстратных комплексов в процессе узнавания поврежденного нуклеотида также был 
проведен в режиме реального времени с помощью метода остановленного потока.
Полученные данные свидетельствуют о том, что образование фермент-субстратного 
комплекса приводит к заметному изгибу дуплекса ДНК и угол изгиба зависит от типа 
поврежденного нуклеотида. С помощью молекулярно-динамического моделирования 
было показано, что в фермент-субстратном комплексе поврежденный нуклеотид, 
вывернутый из спирали ДНК, располагается в полости фермента, образованной 
остатками Asn-174, Asn-212, Asn-229, Ala-230, Phe-266 и Trp-280. При этом данные 
аминокислотные остатки не образуют специфических контактов с поврежденными 
нуклеотидами.
Таким образом, можно заключить, что способность поврежденного нуклеотида вы- 
ворачиваться из двойной спирали и располагаться в данной полости фермента в ответ 
на образование неспецифических контактов в ДНК-связывающем центре, может быть 
ключевым фактором, обеспечивающим субстратную специфичность APE1.
Работа поддержана грантом Президента Российской Федерации для государственной 
поддержки молодых российских ученых - докторов наук МД-3775.2019.4. Предстационар-
ный кинетический анализ выполнен при поддержке гранта РНФ № 18-14-00135.


Всероссийская мультиконференция с международным участием «Биотехнология – медицине будущего»
29 июня - 2 июля 2019 г., г. Новосибирск, Россия
126

Download 4,53 Mb.

Do'stlaringiz bilan baham:
1   ...   103   104   105   106   107   108   109   110   ...   236




Ma'lumotlar bazasi mualliflik huquqi bilan himoyalangan ©hozir.org 2024
ma'muriyatiga murojaat qiling

kiriting | ro'yxatdan o'tish
    Bosh sahifa
юртда тантана
Боғда битган
Бугун юртда
Эшитганлар жилманглар
Эшитмадим деманглар
битган бодомлар
Yangiariq tumani
qitish marakazi
Raqamli texnologiyalar
ilishida muhokamadan
tasdiqqa tavsiya
tavsiya etilgan
iqtisodiyot kafedrasi
steiermarkischen landesregierung
asarlaringizni yuboring
o'zingizning asarlaringizni
Iltimos faqat
faqat o'zingizning
steierm rkischen
landesregierung fachabteilung
rkischen landesregierung
hamshira loyihasi
loyihasi mavsum
faolyatining oqibatlari
asosiy adabiyotlar
fakulteti ahborot
ahborot havfsizligi
havfsizligi kafedrasi
fanidan bo’yicha
fakulteti iqtisodiyot
boshqaruv fakulteti
chiqarishda boshqaruv
ishlab chiqarishda
iqtisodiyot fakultet
multiservis tarmoqlari
fanidan asosiy
Uzbek fanidan
mavzulari potok
asosidagi multiservis
'aliyyil a'ziym
billahil 'aliyyil
illaa billahil
quvvata illaa
falah' deganida
Kompyuter savodxonligi
bo’yicha mustaqil
'alal falah'
Hayya 'alal
'alas soloh
Hayya 'alas
mavsum boyicha


yuklab olish