Сборник содержит материалы научной мультиконференции «Биотех- нология медицине будущего»

Оптимизация подготовки фрагментных библиотек
для транскриптомного анализа 
Mycobacterium tuberculosis
Кострюкова Е.С., Климина К.М., Беспятых Ю.А., Шитиков Е.А.
ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России, Москва, Россия
Транскриптомный анализ посредством высокопроизводительного параллельного 
секвенирования (RNA-seq) в настоящий момент является наиболее информативным 
подходом для изучения экспрессии генов любых живых организмов, как прокариоти-
ческих, так и эукариотических. При этом одной из проблем, возникающих перед иссле-
дователями, является необходимость удаления из анализируемого образца молекул 
рибосомальных РНК (рРНК) с максимально возможной сохранностью представлен-
ности остальных типов транскриптов, присутствующих в малых по сравнению с рРНК 
количествах.
Очень часто для решения этой задачи применительно к образцам эукариотической 
ДНК используют подход получения полиА-фракции, таким образом эффективно из- 
бавляясь от рРНК, но теряя некодирующие транскрипты, которые в настоящий момент 
наравне с кодирующими привлекают самое пристальное внимание исследователей. В слу- 
чае прокариотических организмов такой возможности нет, и удаление рРНК произ-
водят либо путем нормировки готовых библиотек, либо с использованием систем 
RiboMinus.
В данной работе осуществлена адаптация протокола ScriptSeq Complete Gold Kit 
(Epidemiology) depletes rRNA from human/mouse/rat and bacteria (Illumina) для подго-
товки транскриптомных библиотек РНК Mycobacterium tuberculosis для последующего 
высокопроизводительного секвенирования с использованием секвенаторв линейки 
Illumina (США). Оптимизация этапов выделения РНК, обработки ДНКазой и элюции 
на этапах очистки позволила получить библиотеки, обеспечивающие последующее 
репрезентативное секвенирование не только образцов РНК, полученных собственно 
из бактериальной культуры, но и обнаружить транскрипты бактериальной природы
в образцах тканей легкого мышей, зараженных данным возбудителем. 
Исследование было поддержано грантом РНФ № 17-15-01412.

---

Всероссийская мультиконференция с международным участием «Биотехнология – медицине будущего»
29 июня - 2 июля 2019 г., г. Новосибирск, Россия
180