Самостоятельная

В период правления Караханидов в Мавераннахре жили и творили такие известные впоследствии учёные и поэты как Махмуд ал-Кашгари, Юсуф Баласагуни и другие.
В XII — начале XIII века территория современного Узбекистана вошла в состав государства Хорезмшахов, завоёванное в 1219—1221 годах монголами Чингисхана, после чего территория Узбекистана вошла в состав улусов его сыновей — Джучи и Чагатая.
В XIV веке правил Тамерлан (Амир Тимур) (1336—1405). В своих военных походах Тамерлан значительно расширил территорию своего государства и завоевал множество сопредельных территорий в том числе Персию, Малую Азию, Северную Индию, Закавказье, восточный Дешт-и-Кипчак и другие. Столицей государства Тамерлана был Самарканд. В эпоху Тимуридов происходит расцвет науки и культуры региона. В это время жили астроном Мирзо Улугбек, поэты Абдурахман Джами и Алишер Навои.
В 1499 году со степей Дешт-и-Кипчака на территории современного Узбекистана вторглись войска Шейбани ханa — узбекского хана, основателя Бухарского ханства^[29]. Шейбаниды в 1500—1501 годах завоевали столицу Тимуридов Самарканд, чем ускорили падение тимуридского государства и основали узбекское Бухарское ханство, также известно как государство Шейбанидов. Сам Шейбани-хан и его племянник Убадайдулла-хан были поэтами, писавшими на тюркском языке.
Государственное образование Шейбанидов со временем разделилось надвое: на Хивинское ханство и Бухарское ханство. В Хорезме на престол взошли родственники Шейбанидов Арабшахиды происходящие от Араб-шах-ибн-Пилада, потомка Шибана в девятом поколении. В Бухарском ханстве правящей династей оставались Шейбаниды (1500—1599), позже уступившие власть Аштарханидам (1599—1756). После Аштарханидов на престол взошла последняя династия из узбекского^[30] племени Мангытов (1756—1920), правившая Бухарой, ставшим к тому моменту эмиратом до самого его упразднения в 1920 году.