Proteomikaning asosiy rivojlanish yo'nalishlari. Proteomika yuqori texnologiyali baliq ovlash Proteomika

Oqsillarning bioinformatikasi
Ko'p sonli turli xil oqsillarning mavjudligi ular haqida ma'lum bo'lgan barcha ma'lumotlar kiritiladigan ma'lumotlar massivlarini - ma'lumotlar bazalarini (yoki banklarini) yaratish zaruratini keltirib chiqardi. Hozirgi vaqtda Internetda hamma uchun mavjud bo'lgan ko'plab umumiy va maxsus ma'lumotlar bazalari mavjud. Umumiy ma'lumotlar bazalari tirik organizmlarning barcha ma'lum oqsillari haqida ma'lumotni o'z ichiga oladi, ya'ni. barcha tirik mavjudotlarning global proteomi haqida. Bunday ma'lumotlar bazasiga SwissProt-TrEMBL (Shveytsariya-Germaniya) misol bo'la oladi, u bugungi kunda analitik usullar bilan aniqlangan 200 000 ga yaqin oqsillarning tuzilmalarini va nukleotidlar ketma-ketligidan tarjima qilish natijasida aniqlangan yana 2 millionga yaqin tuzilmalarni o'z ichiga oladi. Shaklda. 8 va 9 aminokislotalar qoldiqlarining har bir ma'lum soni uchun ma'lum bo'lgan mavjud oqsillar sonini ko'rsatadi. Ushbu uchastkalardagi abscissa o'qlari 2000 ta qoldiq bilan cheklangan, lekin yuqorida aytib o'tilganidek, tez-tez bo'lmasa-da, sezilarli darajada kattaroq molekulalar ham mavjud. Raqamlarda keltirilgan ma'lumotlardan ko'rinib turibdiki, eng ko'p miqdordagi oqsillar bir necha yuzlab aminokislotalar qoldiqlarini o'z ichiga oladi. Bularga fermentlar va boshqa juda harakatchan molekulalar kiradi. Kattaroq oqsillar orasida qo'llab-quvvatlovchi yoki himoya funktsiyalarini bajaradigan, biologik tuzilmalarni bir-biriga bog'lab turadigan va ularga kuch beradigan ko'plar bor.

Guruch. 8. Ma'lum (izolyatsiya qilingan) oqsillarni aminokislotalar qoldiqlari soniga ko'ra taqsimlanishi.

Guruch. 9. Tarjima qilingan aminokislotalar ketma-ketligini aminokislotalar qoldiqlari soni bo'yicha taqsimlash.

Guruch. 10. Ma'lum bo'lgan tabiiy oligopeptidlarning aminokislotalar qoldiqlari soniga ko'ra taqsimlanishi.
Global proteomada 50 dan ko'p bo'lmagan aminokislota qoldiqlarini o'z ichiga olgan kichik, juda harakatchan molekulalar alohida o'rin tutadi. maxsus spektr funktsional faoliyat. Ular oligopeptidlar yoki oddiygina peptidlar deb ataladi. Ular uchun, ya'ni. global peptidoma uchun EROP-Moskva deb nomlangan maxsus ma'lumotlar banki yaratilgan. Bu nom Endogen tartibga soluvchi oligopeptidlar (endogen tartibga soluvchi oligopeptidlar) atamasining qisqartmasi bo‘lib, bankning mamlakatimiz poytaxtida tashkil etilganligi va asos solinganligidan dalolat beradi. Bugungi kunga kelib, barcha tirik shohliklar vakillaridan ajratilgan deyarli 6000 oligopeptidning tuzilishi deşifrlangan. Katta oqsillar singari, ma'lum miqdordagi aminokislota qoldiqlariga ega bo'lgan oligopeptidlar soni grafik tarzda ifodalanishi mumkin (10-rasm). Grafikga ko'ra, taxminan 8-10 aminokislota qoldiqlarini o'z ichiga olgan oligopeptidlar eng keng tarqalgan. Ular orasida, asosan, asab tizimini tartibga solishda ishtirok etadigan molekulalar mavjud va shuning uchun ular neyropeptidlar deb ataladi. Shubhasiz, tirik organizmdagi eng tez jarayonlar asab tizimi ishtirokida amalga oshiriladi, shuning uchun peptid regulyatorlari harakatchan va shuning uchun kichik bo'lishi kerak. Ammo shuni ta'kidlash kerakki, oqsillar va peptidlarning ulkan tarkibiy va funktsional xilma-xilligi tufayli ular uchun hali ham qat'iy tasnif yaratilmagan.
Shunday qilib, bu holda bioinformatikaning vazifalari oqsillarning fizik-kimyoviy va biologik xususiyatlari haqida ma'lumot to'plash, ushbu ma'lumotlarni tahlil qilish, kataloglash va tayyorlashdan iborat. axborot bazasi va ularning ishlash mexanizmlarini aniqlash uchun hisoblash vositalari.