Практикум по молекулярной генетике учебно-методическое пособие

разделяют 
отрицательно 
заряженные 
макромолекулы, а эндосмос направлен в противоположную сторону и ухудшает 
разделение. Поэтому агарозу подвергают специальной очистке, и содержание 
иона сульфата в продажных препаратах не превышает 0.5%.
Типы агарозы, отличающиеся слабо выраженным эндосмосом, содержат 
менее 0.3% сульфата. Наличие заряженных сульфогрупп иногда обусловливает 
еще и не специфическую сорбцию белков на агарозе, в результате чего полосы 
расплываются с образованием «хвостов». Степень эндосмоса количественно 
оценивают с помощью коэффициента относительной миграции (-mr) – 
представляющего собой отношение скоростей миграции незаряженного 
полимера (за счет только эндосмоса) и сходного с ним по структуре полианиона 
при электрофорезе в агарозе данного типа. 
Некоторые типы агарозы по номенклатуре фирмы «Miles»: 
тип LE – малая степень эндосмоса -mr =0.1-0.15; 

---

18 
тип HE – сильно выраженный эндосмос -mr =0.23-0.26. 
Агароза с повышенными температурами плавления и гелеобразования 
(тип HGT) имеет -mr <0,1, именно она чаще всего используется для обычного 
электрофореза. 
Специальная 
технологическая 
обработка 
(введение 
оксиэтильных групп) позволяет получать агарозу с малой степенью эндосмоса и 
пониженными температурами плавления и затвердевания, например тип LGT, 
1%-ный раствор такой агарозы остается жидким при физиологической 
температуре (37 ºС); кроме того плавление геля можно осуществить при 
температуре более низкой, чем температура денатурации ДНК.Такую агарозу 
используют для дальнейшей экстракции ДНК из геля после его плавления. 
Агароза 
для 
электрофореза 
выпускается 
обычно 
в 
виде 
лиофилизированного 
порошка. 
Для 
приготовления 
геля 
выбранной 
концентрации навеску порошка растворяют в соответствующем буфере и 
нагревают до 90-95 ºС. Перед заливкой в форму раствор агарозы охлаждают 
до 50 ºС. Выбор концентрации агарозы, т.е. пористости ее геля, диктуется 
размерами фракционируемых макромолекул. Средний размер пор 2%-ного геля 
агарозы приблизительно соответствует диаметру сферически упакованной 
молекулы биополимера с массой 50 млн. дальтон. Гели с более высоким 
содержанием агарозы используют для гель -фильтрации. При электрофорезе 
поры геля должны быть легко проницаемы для молекул биополимеров, чтобы 
лишь тормозить их миграцию в электрическом поле за счет трения, поэтому для 
электрофореза применяют агарозные гели с концентрацией 0.4-2%. Ниже 
представлены примерные концентрации гелей агарозы в % для некоторых 
распространенных объектов фракционирования: 
Таблица 1 – Выбор концентрации геля в зависимости от длины