Penetration of Chitosan into the Single Walled Armchair Carbon Nanotubes: Atomic Scale Insight

2. Materials and Methods

2.1. Molecular Dynamics Simulations

The non-reactive MD simulations were performed by means of GROMACS-5.1 (devel-

oped by University of Groningen, Royal Institute of Technology and Uppsala University)

program package [

32

]. The armchair nanotubes 3D structures was created with nanotube

builder which is one of the options of VMD software (version 1.9.2, University of Illinois at

Urbana-Champaign, Champaign, IL, USA) (see Figure

1

a,b) [

33

]. The three types of CNTs

were created with the following parameters: CNT1(9:9), CNT2(11:11) and CNT3(13:13). In

our simulations, we used three different model systems MOD1, MOD2 and MOD3, which

contains CNT1, CNT2 and CNT3, respectively. The length of the all CNT’s is the same, i.e.,

3.26 nm, and the radii of the latter differs one to another. The hydrogen atoms were added

to the terminal ends of the CNT using a Jmol software [

34

].

---

Crystals