Сборник содержит материалы научной мультиконференции «Биотех- нология медицине будущего»

Новые 2'-дезоксиуридин-5-алкилкарбоксамид-5'-трифосфаты
для ферментативного синтеза ДНК с высокой степенью модификации
Василисков В.А.
1
, Лапа С.А.
1
, Кузнецова В.Е.
1
, Шершов В.Е.
1
, Чудинов А.В.
1,2
1
ФГУБН Институт молекулярной биологии им. В. А. Энгельгардта Российской 
академии наук, Москва, Россия 
2
ООО «ИБМХ-ЭкоБиоФарм», Москва, Россия
Химически-модифицированные 2'-дезоксинуклеозид-5'-трифосфаты представляют 
значительный интерес в качестве субстратов ДНК-полимераз при направленной се- 
лекции ДНК-аптамеров. Технология получения ДНК-аптамеров (SELEX) представляет 
собой последовательность процедур отбора кандидатов из комбинаторных библиотек 
олигонуклеотидов и последующей амплификации.
Нами осуществлен синтез новых производных 2'-дезоксинуклеозид-5'-трифосфата, 
связанных с 4-нитрофенилуксусной (N1), 4-нитрофенилпропионовой (N2), коричной 
(N3), 4-нитрокоричной (N4) и 4-имидазолакриловой (N5) кислотами через транс-алке-
новый (этиленовый) линкер. Исследована эффективность встраивания модифициро-
ванных нуклеотидов в ДНК с высокой степенью модификации в реакции достраивания 
праймера (primer extension) с Taq ДНК-полимеразой. Реакцию достраивания праймера 
проводили с использованием матрицы М и праймера P: (М): 5'-(A)20-TTG-TCA-CTC-
AGA-CCA-ACT-CCC-T-NH2-3'; (Р):5'-Су3-A-GGG-AGT-TGG-TCT-GAG-TGA-CAA-3'. 
Исходя из полученных электрофоретических данных, видно, что для всех испытанных 
нуклеотидов наблюдается смесь ДНК продуктов различной длины. C увеличением вре- 
мени инкубирования от 5 мин до 4 ч возрастает количество встроившихся нуклеотидов 
и соответственно максимальная длина достроившегося праймера. Каждый из исследо- 
ванных трифосфатов N1-N5 позволяет включать в синтезируемую ДНК подряд не ме- 
нее 7 модифицированных нуклеотидов при использовании Taq ДНК–полимеразы, 
что является вполне достаточным для получения аптамеров методом SELEX. Исполь-
зование модифицированных нуклеотидов N1-N5 вместо природного dTTP позволит 
повысить аффинность получаемых аптамеров.
Исследование было поддержано Федеральной целевой программой «Исследования и разра-
ботки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса 
России на 2014–2020 годы» (соглашение №14.576.21.0096, уникальный идентификатор 
проекта RFMEFI57617X0096).

---

Всероссийская мультиконференция с международным участием «Биотехнология – медицине будущего»
29 июня - 2 июля 2019 г., г. Новосибирск, Россия
223