O’zbekiston respublikasi oliy va o’rta maxsus ta’lim vazirligi mirzo ulug’bek nomidagi o’zbekiston milliy universiteti biologiya fakulteti, biologiya yo’nalishi 405-guruh talabasi shukurbekov boburning bioinformatika fanidan

Ushbu bazalrga quyidagilar kiradi
o InterPro- oqsil oilalari, motivlari va domenlari,
o UniProt ma‘lumotlar bazasi- oqsillar to‘g‘risidagi ketma-ketlik va funktsional ma‘lumotlar
o Ensembl-genlar o‘zgaruvchanligi, funktsiyasi, boshqarish funksiyalari to‘g‘risidagi ma‘lumotlar bundan tashqari ikkilamchi xususiyatlarga ega. Masalan,
UniProt peptidlarni sekvenirlash tajribalarida olingan birlamchi ketma-ketlikni qabul qiladi. Shu bilan birga, UniProt peptidlar ketma-ketligini genom ma‘lumotidan TrEMBL va SwissProt ma‘lumotlar bazasidan oladi va tahlil qiladi. Tarmoqlarda maxsus ma‘lumotlar bazalari ham mavjud bo‘lib, ular ma‘lum tadqiqotlarga qiziqish uyg‘otadi. Masalan, Flybase, OIVning ketmaketliklari ma‘lumotlar bazasi va ribosomal ma‘lumotlar bazasi loyihasi ma‘lum bir organizmda yoki ma‘lum bir turdagi ma‘lumotlarga ixtisoslashgan ma‘lumotlar bazalari hisoblanadi. Ma’lumotlar bazalarining ahamiyati ilm fanning rivojlanishidagi o‘rni juda ham muhim.
o Ma‘lumotlar bazalari ma‘lumotlar ombori vazifasini bajaradi.
o Ma‘lumotlar bazasi ma‘lumotlarni saqlash va boshqarish uchun turli xil qidirish mezonlari orqali ma‘lumotni osongina olish va foydalanish imkonini beradi.
o Ikkilamchi ma‘lumotlar bazalari so‘nggi o‘n yil ichida biologiya sohalarining ma‘lumotlar kutubxonasiga aylandi va tadqiqotchilar tomonidan o‘rganilgan har qanday gen yoki gen mahsuloti to‘g‘risida juda ko‘p ma‘lumot olish imkonini beradi.
o Ko‘plab foydalanuvchilarning bir xil ma‘lumotlarda ishonchlilik darajasini oshirish va murakkab muammolar yechimini topishga yordam beradi.
o Ma‘lumotlarni indekslash, identifikatsiyalashga imkon beradi.
o Xilma-xil ma‘lumotlarning ko‘payishini oldini olishga yordam beradi.
Zamonaviy nukleotid ma’lumotlar bazalari
Nukleotidlar ketma-ketligi bazalari-turlari va ahamiyati. Biologiya sohasi tobora ma‘lumotlarga boy fanga aylanib borgan sari, katta ma‘lumotlar to‘plamlarini saqlash va ular bilan aloqa qilish zarurati tug‘iladi. Aniq misollarga - bu nukleotidlarning ketma-ketligi, oqsillar ketma-ketligi va rentgen kristallografiyasi, makromolekulyar NMR markazi tomonidan ishlab chiqarilgan oqsillarning 3D tarkibiy va tuzilish ma‘lumotlarini o‘z ichiga oladi. Nukleotidlar ketma-ketligidan tashkil topgan bunday ma‘lumotlar bazalari nuklein kislotalari ketma-ketligining bazalari deb nomlanadi.
Nuklein kislotalari ketma-ketligini saqlaydigan va ommaga taqdim etadigan uchta asosiy ma‘lumotlar bazasi mavjud: GenBank, NCBI, EMBL, DDBJ. Ular nukleotidlarning ketma-ketlik bazalari deb nomlanadi, chunki ular barcha nuklein kislotalari ketma-ketligining omboridir. Nukleotid ma‘lumotlar bazasi GenBank, RefSeq, TPA va PDB kabi bir nechta bazalar to‘plamidir. Genom, gen va transkripsiya ketma-ketligi ma‘lumotlari biotibbiy tadqiqotlar va kashfiyot uchun asos bo‘lib xizmat qiladi.
GenBank AQShda joylashgan bo‘lib, NCBI portali orqali malaka oshiruvchilar foydalanishi mumkin. EMBL -Yevropa molekulyar biologiya laboratoriyasi Buyuk Britaniyada va DDJB -Yaponiyaning DNK ma‘lumotlar bazasi, Yaponiyada joylashgan. Uchalasi ham nukleotidlar ketma-ketliklarini qabul qilishadi, so‘ngra ular orasidagi optimal sinxronizatsiyaga erishish uchun har kuni yangi va yangilangan ma‘lumotlarni almashadilar. Ushbu uchta ma‘lumotlar bazasi asl ketma-ketlik ma‘lumotiga ega bo‘lganligi uchun birlamchi ma‘lumotlar bazasiga birikadi -INSDC va ular Sequence Read Archive -SRA bilan hamkorlik qiladi, u yuqori o‘tkazuvchanlikdagi ketmaketliklaridan olingan ma‘lumotlarni arxivlaydi.
GenBankning ketma-ket ma‘lumotlar bazasi ochiq foydalanish, barcha ommaga ma‘lum bo‘lgan nukleotidlarning izohli to‘plami va ularning proteinli tarjimalaridan iborat. Ushbu ma‘lumotlar bazasi nukleotidlarning ketma-ketligi bo‘yicha xalqaro ma‘lumotlar bazasi -INSDC bilan hamkorlik qilish doirsida Milliy biotexnologiya ma‘lumotlari markazi -NCBI tomonidan ishlab chiqiladi va saqlanadi.
Dunyo bo‘ylab laboratoriyalarda 100000 dan ortiq alohida organizmlardan ishlab chiqariladigan ketma-ketliklarni jamlaydi. GenBank biologik sohalarda tadqiqotlar olib borish uchun muhim ma‘lumotlar bazasiga aylandi va so‘nggi 18 yilda har ikki oyda ikki baravar ko‘payib, geometrik progressiv o‘sdi. b. EMBL (Yevropa molekulyar biologiya laboratoriyasi). Yevropa molekulyar biologiya laboratoriyasi-EMBL. Nukleotidlarning ketma-ketligi to‘g‘risidagi ma‘lumotlar bazasi-Yevropa bioinformatika institutida-EBI saqlanadigan birlamchi nukleotidlarning ketma-ket to‘plamini saqlaydi.
Ma‘lumotlarni genomlarni sekvenirlash markazlaridan, alohida olimlardan va patent idoralaridan oladi. c. DDBJ-Yaponiya DNK ma’lumotlar banki. U Yaponiyaning Shizuoka prefekturasidagi Milliy Genetika Institutida -NIG joylashgan. Bu Osiyodagi yagona nukleotidlar ketma-ketligi ma‘lumotlar banki hisoblanadi. Garchi DDBJ o‘z ma‘lumotlarini asosan yapon tadqiqotchilaridan qabul qilsa-da, u har qanday boshqa mamlakatlarning tadqiqotchilaridan ma‘lumotlarni qabul qilishi va taqdim etishi mumkin.


3-rasm. Ketma-ket klasterlar

Ko‘pgina ikkilamchi ma‘lumotlar bazalari shunchaki GenBank yoki EMBL kabi birlamchi ma‘lumotlar bazalarining biridan yoki ikkinchisidan ajratib olingan kichik to‘plamdir. Boshqa ikkilamchi ma‘lumotlar bazalari ham mavjud bo‘lib, ular hech qanday ketma-ketlikni taqdim etmaydilar, ularda ketma-ketliklarning ma‘lumotlar bazalarida to‘plangan ma‘lumotlar mavjud. a. Omniome ma’lumotlar bazasi: Omniome ma‘lumotlar bazasi TIGR Genomik tadqiqotlar instituti tomonidan qo‘llab-quvvatlanadigan keng qamrovli mikrobial manbadir. U nafaqat har bir genom uchun o‘rganib chiqilgan ketmaketligi va izohiga ega, balki organizmlar, taksonlar DNK molekulalarining tuzilishi, tarkibi va DNK ketma-ketligidan bashorat qilingan boshqa protein tarkibi atributlari to‘g‘risidagi ma‘lumotlarga egadir.

Ushbu ma‘lumotlar bazasi ko‘p genomli izlanishlar va tahlillar ishlarini osonlashtiradi, masalan, turli xil genomlardagi oqsillar va genlarning joylashish holatini taqqoslash ishlarida qo‘llaniladi. b. FlyBase ma ’lumotlar bazasi: Konsorsium D. Melanogaster meva pashshasi misolida va uning barcha genomini yuqori to‘liqlik va sifatga ko‘ra ajratib beradi. c. ACEDB: Bu nafaqat ketma-ketlikni, balki genetik xaritalar, shuningdek, C. Elegans nematoda qurti haqidagi fenotipik ma‘lumotlarning ham omboridir.
DDBJ- ma’lumotlar bazasi-Yaponiya DNA Data Bank Japan- Yaponiya DNK ma‘lumotlar bazasi bo‘lib, turli genlar va organizmlar bilan bog‘liq nukleotid ketma-ketliklar haqida ma‘lumotga ega bo‘lgan elektron resurslar bazasidir. DDBJ markazi INSDC a‘zosi sifatida nukleotid natija ma‘lumotlarini to‘playdi. U quyidagi xizmatlarni taqdim etadi. 1980-yillarning boshidan boshlab DDBJ nukleotidlar ketma-ketligi ma‘lumotlar bazalaridan biri sifatida, shu jumladan Yevropada EMBL-Bank / EBI va AQShda GenBank / NCBI a‘zosi sifatida faoliyat ko‘rsatmoqda. 2005-yilda DDBJ, EMBL-Bank va GenBank o‘zaro hamkorlikni INSDC deb atashni kelishdilar.
DDBJ, EMBL va GenBank tomonidan birgalikda boshqariladigan xalqaro ketma-ketlik ma‘lumotlar bazalariga ma‘lumotlarni taqdim etgan shaxslar quyidagilarni bilishlari kerak: INSD o‘zlarining ma‘lumotlar bazalarida mavjud bo‘lgan barcha gen annotasiyalariga bepul va cheklovsiz kirishning yagona siyosatiga ega.
Dunyo miqyosidagi olimlar ushbu annotasiyalardan tajribalarni rejalashtirishda yoki tahlillarni nashr qilish uchun foydalanishlari mumkin. Ilmiy nashrlarni chop etishda ilmiy adabiyotlardan foydalangan holda, ilmiy izlanishlar asl nusINSD ma‘lumotlariga kirishni cheklaydigan, ushbu annotasiya ma‘lumotlardan foydalanishni cheklaydigan yoki ular asosida nashrlarning ayrim turlarini taqiqlangan annotasiyalarni o‘tkazib bo‘lmaydi. Xususan, foydalanish bo‘yicha cheklovlar yoki litsenziyalash talablari ketma-ketlik ma‘lumotlari annotasiyalarga kiritilmaydi va ma‘lumotlar bazasini qayta taqsimlash yoki undan foydalanishda cheklovlar yoki litsenziyalash to‘lovlari bo‘lmaydi. INSD-ga taqdim etilgan barcha ma‘lumotlar bazalari annotasiyalar ilmiy nashrlar bazasiga bog‘langan bo‘ladixasini keltirish lozim bo‘ladi.


4-rasm. DDBJ ma’lumotlar bazasi
Xatolarni tuzatish va mualliflar tomonidan annotasiyalarning yangilanishi qabul qilinadi va noto‘g‘ri annotasiyalar bazaning keyingi nashridan olib tashlanishi mumkin, ammo barchasi kirish raqami orqali doimiy ravishda saqlanib qoladi. Taqdim etuvchilarga INSD tomonidan qo‘llab-quvvatlanadigan veb-saytlarda aks ettirilgan ma‘lumotlar keng jamoatchilikka oshkor qilinishi tavsiya etiladi.
Ma‘lumotni topshirish huquqiga ega ekanliklarini aniqlash uchun yuboruvchilar javobgar hisoblanadi. Cheklangan tahririyat nazorati va ba‘zi ichki ekspert tekshiruvlaridan tashqari, masalan, INSD formatlaridan to‘g‘ri foydalanish va CDS yozuvlarida ko‘rsatilgan kodlash hududlarining tarjimasi tekshirish o‘tkaziladi, yozuvning sifati va aniqligi ma‘lumotlar bazasi emas, balki taqdim etuvchi muallifning zimmasiga yuklanadi. Ma‘lumotlar bazalari iloji boricha sifatli manbaga erishish uchun ma‘lumotlar bazasi taqdim etuvchilari va foydalanuvchilari bilan ishlaydi. DDBJ markazi rasman tadqiqotchilar tomonidan nukleotid ketmaketliklar to‘plash va ma‘lumotlar jamlash uchun tasdiqlangan halqaro baza hisoblanadi.
DDBJ markazi har kuni ENA/EBI va NCBI bilan chiqarilgan ma‘lumotlarni almashtirganligi sababli, uchta ma‘lumot markazi har qanday vaqtda deyarli bir xil ma‘lumotlarni o‘zaro almashadi. Deyarli yagona ma‘lumotlar bazasi INSD deb ataladi. DDBJ asosan yapon tadqiqotchilari tomonidan natija ma‘lumotlarni to‘playdi, Yapon tadqiqotchilarining INSD ma‘lumotlarining 99% DDBJ orqali taqdim etiladi. Patent arizalariga ko‘ra tegishli nukleotid va aminokislotalar ketma- ketligi ma‘lumotlarini taqdim etish: INSD Yaponiya, Koreya, Yevropa va AQShda Patent idoralari tomonidan to‘plangan patent- mualliflik ixtirolari ilovalar bilan bog‘liq nukleotid natija ma‘lumotlarni o‘z ichiga oladi. DDBJ markazi, shuningdek, Yaponiya va Koreyada patent idoralari tomonidan to‘plangan patent ilovalar bilan bog‘liq aminokislotalar natija ma‘lumotlarni beradi.
EMBL-tadqiqot markazi va ma’lumotlar bazasi-Yevropa EMBL-tadqiqot markazi va ma’lumotlar bazasi haqida umumiy ma’lumot. EMBL 1974 yilda tashkil topgan, tirik tabiat haqidagi fanlar bo‘yicha Yevropaning yetakchi laboratoriyalari-molekulyar biologiya spektrlarini qamrab oluvchi 80 dan ortiq mustaqil tadqiqot guruhlari bo‘lgan hukumatlararo tashkilot(31-rasm) hisoblanadi. EMBL-tadqiqot markazi va ma‘lumotlar bazasi oltita saytlar hamjihatligida ishlaydi: Heidelberg, Barselona, Gamburg, Grenobl, Rim va EMBL-EBI Xinxton. Yevropa molekulyar biologiya laboratoriyasi -EMBL dunyodagi yetakchi ilmiy-tadqiqot institutlari va Yevropaning tirik tabiat haqidagi ilm-fan laboratoriyalari jamlanmalaridan biridir. EMBL Yevropa bo‘ylab oltita markaz va uning saytlardan foydalanib ishlaydi:
1. Heidelberg, Germaniya - asosiy laboratoriya;
2. Xinxton, Buyuk Britaniya - Yevropa bioinformatika instituti (EMBLEBI);
3. Grenobl, Fransiya - struktur biologiya bo‘yicha tadqiqotlar va xizmatlar;
4. Gamburg, Germaniya - struktur biologiya bo‘yicha tadqiqotlar va xizmatlar;
5. Rim, Italiya - epigenetika va neyrobiologiya;
6. Barselona, Ispaniya - to‘qima biologiyasi va kasalliklarni modellashtirish.
EMBL boshqaruvi. EMBL - tirik tabiat bilan bog‘liq bolgan fanlar bo‘yicha fundamental tadqiqotlarga ixtisoslashgan hukumatlararo tashkilot bo‘lib, 20 dan ortiq a‘zo davlatlarning, shu jumladan, Yevropa va Isroilning, shuningdek, ikkita assotsiatsiyalashgan a‘zo bo‘lgan Argentina va Avstraliyaning jamoat tadqiqot markazlari tomonidan moliyalashtiriladi. EMBLni Bosh direktor, hozirda EMBL Kengashi tomonidan boshqaruvchiorgan tomonidan tayinlangan professor Edit Xard boshqaradi. Kengash tarkibiga barcha a‘zo va unga a‘zo bo‘lgan davlatlar vakillari kiradi. EMBL missiyasining asosiy funksiyalari quyidagilardan iborat:
- molekulyar biologiyada asosiy tadqiqotlarni o‘tkazish;
- o‘rgatish, barcha darajadagi olimlar, talabalar va yangi a‘zolarga, tirik tabiat
haqidagi bilimlarni o‘rgatish
- a‘zo davlatlar olimlariga xizmatlarni taklif qilish, tirik tabiat bilan bog‘liq
bo‘lgan hamma ma‘lumotlar yuzasidan xizmat ko‘rsatish
- yangi vositalar va usullarni ishlab chiqish;
- texnologiyalar transferida faol ishtirok etish;
- Yevropa ilmiy tadqiqotlarini birlashtirish, zamonaviy biologiya soxasidagi
hamma ilmiy tadqiqot ishlarini birlashtirish


5-rasm. EMBL ma’lumot bazasi
EMBL-dagi mavjud tadqiqotlar. EMBL-da olib borilgan tadqiqotlar biologik tashkilotlarning ko‘p darajalarida, molekuladan organizmgacha, shuningdek, hisoblash biologiyasi, bioinformatika va tizimlar biologiyasida eksperimental tahliliga urg‘u beradi. Tadqiqotlar molekulyar biologiya spektrini qamrab oluvchi 80 dan ortiq mustaqil guruhlar tomonidan olib borilmoqda. EMBL xalqaro, innovatsion va fanlararo o‘zaro hamkorlikni tashkil qilgan. Uning ko‘pgina mamlakatlardan kelgan 1700 dan ortiq xodimlari bioinformatika, genomika, biologiya, fizika, kimyo va informatika fanlarini o‘z ichiga oladi. Ilmiy xizmatlar haqida. EMBL tomonidan taqdim etiladigan xizmatlar quyidagilardan iborat:
* biomolekulyar ma‘lumotlar bazalari va bioinformatika vositalari, xususan EMBL-EBI;
* Gamburg va Grenoblda struktura biologiyasi uchun texnologik jihozlar va yuqori o‘tkazuvchanlik texnologiyalari bilan ta‘minlash;
* o‘rnatish yoki saqlash uchun qimmatga tushadigan yoki katta xarajatlarni talab qiladigan usullar va texnologiyalardan tejamkor va samarali usullardan foydalanishni ta‘minlash.
Protein ma‘lumotlar bazalari turli xil gen bazalaridan DNK ketma-ketligini translyatsiya qilish orqali tuziladi va protein tarkibiy ma‘lumotlarini o‘z ichiga oladi. Ular muhim manba hisobanadi, chunki oqsillar ko'p biologik funktsiyalarni bajaradi.
Protein ma’lumotlar bazalarining ahamiyati: Protein tuzilmalari, funktsiyalari va ayniqsa ketma-ketligi to‘g‘risida juda ko‘p ma‘lumotlar olinmoqda. Ma‘lumotlar bazalarini qidirish ko‘pincha yangi oqsilni o‘rganishda katta ahamiyatga egadir.
Protein ma ‘lumotlar bazalari quyidagi maqsadlarda foydalanadi:
1. Proteinlar va oqsillar oilalari o‘rtasidagi taqqoslash genom tarkibidagi yoki turli xil turlardagi oqsillar o‘rtasidagi munosabatlar haqida ma‘lumot beradi va shu sababli faqat ajratib olingan oqsilni o‘rganish orqali olinadigan ko‘proq ma‘lumotni taqdim etadi.
2. Eksperimental bazalardan olingan ikkilamchi ma‘lumotlar bazalari ham keng tarqalgan. Ushbu ma‘lumotlar bazalari ma‘lumotlarni qayta tashkil qiladi va izohlaydi yoki bashorat qiladi.
3. Ko‘pgina ma‘lumotlar bazalaridan foydalanish ko‘pincha tadqiqotchilarga oqsilning tuzilishi va funktsiyasini tushunishga yordam beradi.
Protein ma’lumotlar birlamchi bazalari: a. PRIMARY - ma‘lumotlar bazalarida eksperimental tadqiqotlar natijasida aniqlangan oqsillar ketma-ketligi mavjud, ular nukleotidlar ketma-ketligining kontseptual translyasiyasidan hosil qilingan. Konseptual translyasiya, albatta, eksperimental ravishda olingan ma‘lumotlarga kirmaydi, shunning uchun nukleotidlar ketma-ketligi ma‘lumotlarini talqin qilinishi natijasida paydo bo‘lgan noto‘g‘ri ma‘lumotlarga ega bo‘lishi mumkin.
Protein ketma-ketligi bo‘yicha bir qator boshlang‘ich ma‘lumotlar bazalari mavjud va ularning har biri alohida e‘tibor talab qiladi. b. Protein ma’lumot manbasi (PIR) - oqsillar ketma-ketligi bo’yicha ma’lumotlar bazasi (PIR-PSD):PIR-PSD PIR, MIPS (Protein Sequences uchun Myunxen axborot markazi, Germaniya) va JIPID (Yaponiya xalqaro oqsil ma‘lumotlari bazasi, Yaponiya) o‘rtasidagi hamkorlikdagi ma‘lumot bazasidir. PIR-PSD ning o‘ziga xos xususiyati shundaki, u super-oila tushunchasi asosida oqsillar ketma-ketligini tasniflaydi. PIR-PSD-da ketma-ketlik gomologiya domeni va ketma-ketliklar bo‘yicha ham tasniflanadi. Gomologiya domenlari evolyutsion shajara bloklariga to‘g‘ri kelishi mumkin, ketma-ketliklar funktsional joylarni yoki saqlanib qolgan hududlarni anglatadi. Bunday tasniflash yondoshuvi funktsional- struktura munosabatlari ketma-ketligini to‘liqroq tushunishga imkon beradi. c. SWISS-PROT: Taniqli va keng ishlatiladigan proteinlar bazasi bu SWISS- PROT hisoblanadi. PIR-PSD singari, bu saralangan oqsillar ketmaketligi bazasi hamda annotasiyalarning yuqori darajasini ta‘minlaydi.
Har bir tahrirdagi ma‘lumotlarni alohida ma‘lumotlar va annotasiyalar sifatida ko‘rib chiqish mumkin. Asosiy ma‘lumotlar umumiy bitta harfli aminokislotalar kodiga kiritilgan ketma-ketliklar va tegishli ma‘lumot va bibliografiyadan iborat. Tahrirda oqsilning tuzilishi yoki funktsiyalari, fosforillanish, asetilatsiya va boshqalar kabi post- translatsional o‘zgarishlar, tarkibiy sohalar, saytlar, kaltsiyni bog‘laydigan hududlar, ATP-ulanish joylari, ruh barmoqlari va boshqalar to‘g‘risida ma‘lumotlar mavjud. d. TrEMBL (tarjima qilingan EMBL uchun) - bu SWISS-PROTga qo‘shimcha sifatida chiqarilgan dasturga kiritilgan oqsillar ketma-ketligi ma‘lumotlar bazasi hisoblanadi. Unda EMBL nukleotid ma‘lumotlar bazasida to‘liq tahrirlanmagan kodlash ketma-ketliklarining tarjimasi mavjud.
Shunday qilib, ushbu ma‘lumot bazasida hech qachon tahrirlanmagan va organizmda aniqlanmagan oqsillar ketma- ketligini o‘z ichiga olishi mumkin. e. Protein ma’lumotlar banki (PDB): PDB-oqsil tuzilishi to‘g‘risidagi asosiy ma‘lumotlar bazasi hisoblanadi. Ma‘lumot bazasida yuqori molekulyar oqsillar biologik molekulalarning uch o‘lchamli tuzilishi to‘g‘risida kristallografik ma‘lumotlar bazasi. PDB nafaqat oqsillarning, balki nuklein kislotalar bo‘laklari, RNK molekulalari, antibiotik gramitsidin kabi yirik peptidlar, oqsil va nuklein kislotalar komplekslarining uch o‘lchamli tuzilishini ham arxivlaydi. Ma‘lumotlar bazasida asosan uchta manbadan olingan ma‘lumotlar mavjud: rentgen kristallografiyasi, tadqiqotchilar tajribalari va molekulyar modellashtirish.
Protein ma’lumotlar ikkilamchi bazalari: ularda birlamchi ma‘lumotlar bazalarida joylashgan ketma-ketlikni chuqur tahlil qilish natijalarini ham o‘z ichiga oladi. Ko‘pgina oqsillarning ikkinchi darajali ma‘lumotlar bazalari turli xil oqsillarga tegishli xususiyatlarni izlash natijasidir.


6-rasm. PDB ma’lumotlar bazasi
Ba‘zi bir ishlatiladigan ketma- ketlik va tuzilishning ikkinchi darajali ma‘lumotlar bazalari quyidagilar kiradi: a. MHCPep:MHCPep - bu 13000 dan ortiq peptid ketma-ketligidan tashkil topgan ma‘lumotlar bazasi, bu immunitet tizimining asosiy gistomansublik kompleksito‘g‘risidagi ma‘lumotlarni saqlaydi. b. PROSIT: Bu birinchi ishlab chiqilgan ikkinchi ma‘lumotlar bazasi. Undan foydalanib, yangi ketma-ketlik qidirilganda oqsillar oilasini osongina topishimiz mumkin. Shunday qilib, PROSIT tarkibida proteinlar domenlari, oilalar va funktsional joylarni tavsiflovchi hujjatlar yozuvlari, shuningdek ularni aniqlash uchun bog‘langan monomer va profillar mavjud. c.Profillar. Profil ma‘lumotlar bazasi ketma-ketlikni moslashtirishda muhim saqlanib qolgan hududlarni aniqlash uchun ishlatiladi.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool – asosiy lokal tekislanishni izlash vositasi) bu kompyuter dasturlaridan biri bo’lib, u oqsil yoki nuklein kislotalar gomologlarini mavjud bazadan izlab topishga xizmat qiladi. Sodda qilib tushuntirilganda sizda oqsil yoki nuklein kislotalarning ma’lum bir ketma-ketligi bor. BLAST sizga mana shu qo’lingizdagi nukleotidlar ketma-ketligi qaysi turga tegishli ekanligini aniqlashga yordam beradi. Albatta bazada mavjud bo’lgan millionlab namunalarga solishtirish asosida sizga kerakli natijani chiqarib beradi.
BLAST dasturini 1990-yilda AQSH lik bir guruh tadqiqotchilar ishlab chiqqanlar.Men ayni vaqtda O’zbekiston baliqlarining DNK barkodingi va filogenetikasi ustida shug’ullanmoqdaman. Ayrim baliq turlarini tashqi ko’rinishidan, morfologik belgilaridan juda osongina ajrata olaman, ayrimlarini maxsus aniqlagich kitoblaridan foydalangan holda aniqlayman. Ba’zi suv havzalaridan baliq namunalarini yig’ishda faqatgina juda mayda baliq chavoqlari yoki aniqlagich bilan ham qaysi tur ekanligini aniqlab bo’lmaydigan turlar uchrab turadi. Laboratoriya sharoitida baliq namunasining to’qimasidan mitoxondriya DNK sini ajratib olib, mitoxondriyadagi COI genini PZR mashinasida amplifikatsiya qilinadi.
Elektroforez jarayoni ushbu genni to’g’ri ajratib olinganini ko’rsatdi. Blast dasturida o’sha noma’lum baliq namunasidan olingan COI genidagi nukleotidlar ketma-ketligi o’qiladi. Bu tasvirda DNK ikkala zanjirining ma’lum bir fragmenti va undagi nukleotidlarning spektrlari tasvirlangan. DNK ning shu holatini ko’rish uchun “Contig Express Project” bioinformatsion dasturidan foydalaniladi. Ushbu rasmda DNK ning 5’-3’ (1) va 3’-5’ (2) zanjirlarini ko’rishingiz mumkin. COI geni o’rtacha 700 ta nukleotiddan iborat bo’ladi. Biz DNK zanjirlarining holatini tekshirib ulardan umumiy holatda quyidagi nukleotidlar ketma-ketligini qo’lga kiritamiz.
Mana bizda 723 ta nukleotidlardan tashkil topgan DNK ning bitta zanjiri fragmentining nukleotidlari turibdi. Ana endi uni BLAST yordamida nimaga tegishli ekanligini topib olamiz.
BLAST ga qanday kiriladi?
Buning uchun kompyuterda internetni yoqib AQSHning Biotexnologik ma’lumotlar milliy markazi (NCBI) saytiga kiramiz. U yerdan BLAST bo’limi tanlaymiz. Bizda quyidagi oyna ochiladi. Biz nukleotidlar ketma-ketligini tekshirmoqchi bo’lganimiz uchun chap tomonda turgan Nucleotide BLAST tugmasini bosamiz. Kompyuter ekranida quyidagi oyna ochiladi.

7-rasm. BLAST dasturiga kirish
Nukleotidlarimizni birinchi yuqoridagi qizil ko’rsatgichda ko’rsatilgan joyga ko’chirib olib qo’yamiz (Ctrl+C va Ctrl+V). Shundan so’ng ikkinchi ko’rsatkich ko’rsatayotgan joy belgilanganligini tekshiramiz. Bu nuqta siz yuklagan nukleotidlarni qaysi ma’lumotlar ba’zasi bilan solishtirish kerakligini aniqlashtirish uchun kerak. U yerda ayni vaqtda Human genomic + transcript – odam genomi va Mouse genomic + transcript – sichqon genomi ma’lumotlar bazasi ko’rsatilmoqda. Biz Others – boshqalar degan bo’limini tanladik. Oxirgi ko’rsatkich Highly similar sequences – ‘juda ham o’xshash ketma-ketlik’ degan tugma tanlanganligini ko’rsatmoqda. Bu bizga biz tekshirayotgan nukleotidlar ketma-ketligiga eng yaqin natijani ko’rsatib berishi uchun kerak. Shulardan keyin pastda chap tomonda turgan BLAST tugmasini bir marotaba bosamiz. Dastur bizga NCBI ma’lumotlar bazasidagi barcha nukleotidlar ketma-ketligi bilan bizning namunamizni solishtirib, biznikiga o’xshash bo’lgan natijalarni ko’rsatib beradi.
BLAST natijalari: Oynaning yuqori qismida BLAST amalga oshirilgan operatsiya haqida qisqacha ma’lumot va bizning nukleotidlar solishtirilishidan qo’lgan kiritilgan dastlabki 100 ta eng o’xshash natijalarning diagramma holatidagi tasviri ko’rsatiladi. Agar tekshirilayotgan nukleotidlar ketma-ketligidagi 200 tadan ortiq nukleotidlar o’zaro o’xshash chiqsa natijalar qizil rangda tasvirlanadi. Yuqoridagi rasmda 1 dan 700 tagacha bo’lgan moviy tasvir bu bizning nukleotidlar, pastdagilari esa biznikiga mos tushgan natijalarning ko’rinishi. Oynaning pastrog’iga tushsak, natijalarning barcha ko’rsatkichlarini ko’rishimiz mumkin bo’ladi. Oynaning yana bir pastrog’iga tushsak, mana shu har bir natija ko’rsatkichi bilan bizdagi ko’rsatkich qanday solishtirilgani ko’rsatiladi.

8-rasm. BLAST da tanlab olingan organizmning nukleotid ketma-ketligi
Birinchi qatorda bizning nukleotidlar (qizil ko’rsatkich) ikkinchi qatorda bazadagi organizm nukleotidlari (ko’k ko’rsatkich) o’zaro birma-bir solishtirib ko’rsatilgan. Yuqoridagi qizil to’rtburchak ichida 691/704 (98%) deb yozib qo’yilibdi. Bu degani solishtirilgan 704 ta nukleotiddan 691 tasi aynan bir xil va tekshirilayotgan organizm aynan mana shu tur ekanligining ehtimoli 98% degan ma’noni bildiradi.
Yuqorida biz COI genini teshirayotganimizni aytib o’tgan edik. COI geniga xos bo’lgan xususiyatlardan biri shuki, barcha organizmlarda ushbu gen tarkibida bo’shliqlar (gap) mavjud bo’lmaydi. Ya’ni DNK ning biror qismi nukleotidsiz bo’lmaydi. Qizil yumaloq aylanada esa 704 ta solishtirilgan nukleotidlar ichida bitta mana shunday gap mavjud deyilmoqda. O’sha bo’shliq (gap) pastda ko’rsatilgan. Deyarli yuqori ehtimollik bilan biz DNK zanjirini noto’g’ri o’qish natijasida uni qo’shib olgan bo’lib chiqamiz. Chunki bazadagi ma’lumotlarda bunday kamchiliklar bo’lmaydi. Demak xulosa sifatida biz tekshirayotgan organizm Pseudorasbora parva ekanligini bilib oldik. Ushbu baliqni to’g’ri aniqlaganimizni fishbase.org sayti orqali tekshirib ko’ramiz. U yerdagi bizga quyidagi baliqning ma’lumotlari ko’rsatilmoqda. Men tutgan kichik baliq ham taxminan ayni rasmdagidek edi. Ma’lumotni yanada aniqlashtirish uchun ushbu baliq tarqalgan mamlakatlar ro’yxati tekshiriladi. BLAST da aniqlik darajasi 98-99 % ni tashkil etadi.
Nukleotidlarni tadqiq etish uchun mo‘ljallangan guruh o‘rganilayotgan nukleotidlar ketma – ketliklarini ma'lumotlar bazasidagi mavjud boshqa nukleotidlar ketma – ketliklari va ularning uchastkalari bilan taqqoslaydi va quyidagi dasturlarni o‘z ichiga oladi:
megablast — yuqori o‘xshashlikka ega ketma-ketliklarni tez solishtirishga mo‘ljallangan
dmegablast — bir – biriga uncha o‘xshash bo‘lmagan ketma – ketliklarni solishtirishga mo‘ljallangan
blastn — barcha o‘xshash ketma – ketliklarni aniqlash asosida sekin taqqoslashga mo‘ljallangan
Oqsillarni tadqiq etuvchi guruh o‘rganilayotgan oqsilning aminokislotalar ketma – ketliklarini ma'lumotlar bazasida mavjud bo‘lgan boshqa oqsillarning aminokislota ketma – ketliklari va ularning uchastkalari bilan taqqoslashni amalga oshiradi va quyidagi dasturlarni o‘z ichiga oladi:
blastp — barcha o‘xshash ketma –ketliklarni izlash maqsadidagi sekin solishtirish
cdart — domen arxitekturasiga binoan o‘xshash bo‘lgan gomologik oqsillarni izlashga mo‘ljallangan
rpsblast — konservativ domenlar ma'lumotlar bazalari ma'lumotlari bilan solishtirish
Translyasiyalovchi dasturlar yordamida nukleotidlar ketma – ketliklari ko‘rinishida berilgan axborotni aminokislotalar ketma – ketliklari ko‘rinishiga o‘tkazish va ularni boshqa ketma –ketliklar bilan taqqoslash uchun qo‘llaniladi va quyidagi dasturlarni o‘z ichiga oladi:
blastx — o‘rganilayotgan nukleotidlar ketma – ketligini kodlovchi aminokislotalar ko‘rinishiga o‘tkazadi, keyin ma'lumotlar bazasida mavjud oqsillarning aminokislotalar ketma – ketliklari bilan taqqoslaydi.
tblastn — o‘rganilayotgan aminokislotalar ketma – ketliklari ma'lumotlar bazasidagi translyasiyalangan nuklein kislotalar ketma – ketliklari bilan solishtiriladi.
tblastx — o‘rganilayotgan nukleotidlar ketma – ketliklarini aminokislotalar ko‘rinishiga o‘tkazadi va uni ma'lumotlar bazasidagi sekvinirlangan nuklein kislotalarning translyasiyalangan ketma – ketliklari bilan solishtiradi.
Genomlar uchun mo‘ljallangan dasturlar o‘rganilayotgan nukleotidlar ketma – ketliklarini ma'lumotlar bazasidagi mavjud sekvinirlangan biror organiz genomi bilan taqqoslaydi (odam, sichqon va boshqalar).
BLAST ni qo‘llovchi boshqa maxsus amaliy dasturlar:
bl2seq — ikki xil ketma – ketliklarning lokal taqqoslash prinsipi bo‘yicha solishtirilishi
VecScreen — nuklein kislotalar tarkibidagi vektorli kelib chiqish xarakteriga ega nukleotidlar ketma – ketliklarining segmentlarini aniqlashni amalga oshiradi.
BLAST programmasi tadqiqotchiga kutubxonadagi yoki ma'lumotlar bazasi bilan o‘zi so‘ragan ketma-ketliklarni solishtirishiga va ma'lumotlar bazasidagi ketma-ketlik bilan so‘ralgan ketma-ketlik orasidagi o‘xshashliklarni aniqlashiga imkon beradi. BLAST programmasi Milliy Sog‘liq Institutida Eugene Mers, Stephen Alschul, Warren Gish, David J. Lipman, va Webb Miller tomonidan yaratilgan bo‘lib, 1990-yilda Molekulyar Biologiya Jurnalida chop etilgan.
BLAST bioinformatik programmalar orasida eng keng foydalaniladiganlaridan biridir, chunki u fundamental muammolarni hal qiladi va algoritm sezuvchanlik ustidan tezlikni ta'minlaydi. Tezlikni ta'minlash ulkan genom ma'lumotlar bazasida amaliy algoritm tuzishda juda muhim hisoblanadi.
Tezkor algoritmlar, ya'ni BLAST yoki FASTA ni yaratilishidan oldin, oqsil yoki nukleotid ketma-ketliklarini aniqlashda Smit-Vatermen metodiga o‘xshash to‘liq taqqoslash jarayonidan foydalanish ancha vaqt talab qilar edi. Xaqiqatan ham, Smit-Vatermandan ko‘ra tezroqdir, ammo BLAST Smit-Vaterman “aniqlik va eng takomil natijalar ijrosini ta'minlash” kabi “so‘ralgan va ma'lumotlar bazasidagi ketma-ketliklarni optimal taqqoslashga kafolat” bera olmaydi.
BLAST gomolog ketma-ketliklarni topadi, u nafaqat ketma-ketliklarni to‘laligicha solishtiradi, balki ikki berilgan ketma-ketliklarda joylashish bo‘yicha uchrovchi kalta o‘xshashliklarni ham topadi. Boshlang‘ich so‘zlarni topuvchi bu jarayon ekish deb ataladi. BLAST lokal taqqoslashlarni yaratishni boshlashi birinchi o‘xshashlik bo‘ladi.
Ketma-ketliklar ichidan gomologlarni qidirishga harakat boshlanganda, oddiy harflarni to‘plami – so‘zlar juda ham muhimdir. Masalan, ketma-ketlik quyidagi tartibsiz harflar yig‘indisidan iborat deylik: GLKFA. Agar BLASTp (BLASToqsil) tartibsiz holatlar ostida boshqarilib turgan bo‘lsa, unda so‘zning hajmi 3 ta harfdan iborat bo‘lishi lozim. Ushbu holatda, berilgan uzun harflardan foydalanib, qidiraloytgan so‘zlar quyidagicha bo‘ladi: GLK, LKF, KFA. BLAST ning heuristic algoritm programmasi aniqlanishi kerak bo‘lgan oddiy uch-harfli so‘zlar bilan ma'lumotlar bazasidagi aniqlangan ketma-ketliklar o‘rtasida joylashgan. Bu natijalar keyinchalik taqqoslashni yaratish uchun foydalaniladi. Qidirilayotgan ketma-ketlikni so‘zlarini tuzib olinganidan keyin, yondosh so‘zlar ham jamlanadi.
Ma'lumotlarni qidirish. BLASTda ishlash uchun, avvalo, qidirilishi kerak bo‘lgan so‘rovni va unga monand ketma-ketlikni yozish kerak bo‘ladi yoki ma'lumotlar bazasidagi ketma-ketliklar soni ko‘p bo‘lishi mumkin. BLAST ma'lumotlar bazasidan so‘ralgan ketma-ketliklarga o‘xshash bo‘lgan ketma-ketliklarni qidiradi. Oddiy holatlarda, so‘ralgan ketma-ketlik ma'lumotlar bazasidagi ketma-ketliklardan anchagina kichik bo‘ladi, masalan, so‘ralgan ketma-ketlikda nukleotidlar soni 1000 ni tashkil qilsa, ma'lumotlar bazasida ushbu ketma-ketlikka oid nukleotidlar soni bir necha milliard bo‘lishi mumkin.
BLAST ning asosiy g‘oyasi shundaki statistikaviy muhim taqqoslashlarda ko‘p hollarda yuqori-hisoblovchi segment juftlari (HSP) to‘planadi. BLAST so‘ralgan ketma-ketlik bilan ma'lumotlar bazasidagi ketma-ketliklar orasidan heuristic algortimdan foydalanib xuddi Smit-Votermen algoritmi darajasiga yetadigan yuqori hisoblovchi taqqoslashlar uchun qidiradi. Smit-Vaterman mukammal yo‘li GenBank singari katta genom ma'lumotlar bazasini qidirishda juda sekin ishlaydi.

Clustal dasturi va unda ishlash tartibi

Ko‘p miqdordagi ketma – ketliklarni taqqoslash uchun Clustal dasturi keng qo‘llaniladi. Clustal tipidagi birinchi dastur seriyasi 1988-yilda D.Xiggins tomonidan ishlab chiqilgan. Keyinchalik D.Feng, R.Dullitl va V.Teylorlar tomonidan takomillashtirilgan. 1992-yilda Clustal dasturining ikkinchi avlodi Clustal V paydo bo‘ldi va 1994-yilda ishlab chiqilgan uchinchi avlod Clustal W dasturi takomillashtirilgan algoritmlarning hisobiga juda ham qulay ishlash interfeysiga ega bo‘ldi. Aytish lozimki, bu avlod dasturining qulayligi taqqoslanuvi ketma – ketliklarning FASTA formati ko‘rinishida berilishi bilan belgilanadi.
Clustal dasturining uchinchi avlodi ko‘plab serverlar orqali (www.pbil.ibcp.fr, http://www.ebi.ac.uk) ikki xil ko‘rinishda, interfaol va pochta tartibida beriladi. Interfaol ko‘rinishda foydalanuvchi natijalarni kutish orqali qabul qiladi. Pochta tartibida ishlanganda esa natijalar foydalanuvchining elektron manziliga (ketma – ketliklar soni ko‘p miqdorda bo‘lganda) jo‘natiladi. Clustal dasturida ishlash uchun birinchi navbatda o‘rganilayotgan aminokislotalar yoki nukleotidlarning ketma – ketliklarini mumkin bo‘lgan mavjud 7 ta serverlarning biridan (NBRF/PIR, EMBL/SWISS-PROT, Pearson/FASTA, Clustal(*aln), GCG/MSF(Pileup), GCG9/RSF, GDE) olish kerak. Bu holatlarda ko‘proq FASTA formatidan foydalaniladi. Kiritilayotgan ketma –ketliklarning umumiy uzunligi www uchun 40000, e-mail serverlari uchun esa 60000 dan ortmasligi talab etiladi. Juftlik taqqoslanishlarida o‘rganilayotgan ketma – ketliklarning barcha juftliklari taqqoslanadi. Bundan tashqari Clustal dasturi taqqoslanayotgan ketma – ketliklarning filogenetik munosabatlarini ko‘rsatuvchi dendrogrammalarni tuzish uchun ham qo‘llaniladi.

Ma’lumotlar bazalarini yaratish

Ma'lumotlar bazalari bilan tanishish uchun ularni to'liq tushunish, shuningdek ushbu qo'llanmaning keyingi bo'limlarida batafsil tushuntirilgan narsalarni tushunish kerak.
Access bilan ma'lumotlar bazasini yarating
Microsoft Access bu unumdorlik to'plamiga ma'lumotlar bazasini boshqarish echimi sifatida kiritilgan vositadir idora tugmachalar va derazalar yordamida ma'lumotlar bazalarini yaratish va boshqarish imkonini beradigan va SQL singari ma'lum tillarda uzoq va murakkab buyruqlarni yodlashga hojat qoldirmaydigan (word va excell bilan birgalikda). Sozlash tugallangandan so'ng Access-ni quyidagidan boshlang Boshlash menyusi Windows (ekranning pastki chap burchagida joylashgan bayroq belgisini bosish orqali kirish mumkin) yoki papkadan ilovalar del Macbelgini bosing Bo'sh stol, ma'lumotlar bazasiga tayinlanadigan nomni berilgan maydonchaga kiriting va tugmani bosing hosil qiladi. Ushbu nuqtada, Access, sukut bo'yicha, bitta maydonchaga ega bitta jadvalni o'z ichiga olgan ma'lumotlar bazasini yaratadi identifikatsiya qilish va tashkil a asosiy kalit : agar xohlasangiz, elementni tanlab sichqonchaning o'ng tugmachasini bosib nomini o'zgartirishingiz mumkin.
Maydonni qayta nomlash taklif qilingan menyu Siz tanlashingiz mumkin ma'lumotlar turi tanlangan maydonga bosish va yorliqni tanlash orqali tayinlanishi mumkin sudlar Office ekranining yuqori qismidan. Har doim bitta bo'limda, siz tanlagan maydonga boshqa atributlarni belgilashingiz mumkin ( majburiy, noyob o indekslangan ), unga standart qiymat, ifoda berish (yoki boshqa sohalarda hisoblash) va hk. Jadvalga maydonlar qo'shish uchun elementni bosing Qo'shish uchun bosing Access jadvali ichida joylashgan va har bir maydonga shunchaki sichqoncha yordamida tanlab va ichkariga kerakli tarkibni yozib, qiymat beradi.
Ma'lumotlar bazasiga jadval qo'shish uchun ishga tushiring va saqlang so'rovlar y Qimmatroq, siz kartadan foydalanishingiz mumkin hosil qiladi Office ekranining yuqori qismida joylashgan; agar buning o'rniga siz belgilashingiz kerak bo'lsa munosabatlar jadvallar o'rtasida, majburlash qo'shadi ob'ektlar o'rtasida, bo'shlik tahlilini va boshqa aniq operatsiyalarni bajarishda, siz bo'limdan foydalanishingiz mumkin Ma'lumotlar bazasi vositalari.

Excel bilan ma'lumotlar bazasini yarating

Sizningcha, Access ma'lumotlar bazasini boshqarish uchun zo'r echim, ammo sizning ehtiyojlaringiz uchun biroz murakkabmi? Siz shunchaki ma'lumotlarni saralash va maxsus qidirish qobiliyatiga ega bo'lgan yaxshi ma'lumotlarni boshqarish uchun kerakmisiz? Agar shunday bo'lsa, siz undan foydalanishingiz mumkin Microsoft Excel, Office paketiga kiritilgan ish varaqlariga bag'ishlangan dastur: agar siz uni hali o'rnatmagan bo'lsangiz, avvalgi bo'limda aytib o'tgan ko'rsatmalarga rioya qilib davom ettirishingiz mumkin.
Suite-ni sozlash tugallangandan so'ng, boshlang Zo'r dan Boshlash menyusi Windows (bayroq belgisi ekranning pastki chap burchagida joylashgan) yoki papkadan ilovalar de MacOS tugmasini bosing Bo'sh kitob.
Ushbu nuqtada, foydalaning 1-qator sozlash uchun ish varag'ida maydon sarlavhalari (masalan, familiya uchun A1 katakcha, familiya uchun B1, soliq kodi uchun C1 va hokazo) va turli xil chiziqlarni yaratish uchun quyidagi qatorlardan foydalaning. ro'yxatga olish ma'lumotlar bazasidan. Agar, masalan, siz men bilan bog'liq yozuv yaratmoqchi bo'lsangiz, uni kiritishingiz kerak A2 ichidagi matn B2 en C2 mening soliq kodim va boshqalar.
Ishchi varaqni kerakli ma'lumotlar bilan to'ldirgandan so'ng, uni ma'lumotlar bazasidagi jadval kabi muomala qilishni boshlashingiz mumkin: oddiy mezonlar bo'yicha tartiblash uchun katakka bosing A2 (chunki 1-satr maydon nomlariga "bag'ishlangan") va uni pastki o'ngdagi oxirgi katakka torting, so'ngra bajaring o'ng tugmasini bosing en ustun Siz saralashni xohlagan narsangizga asoslanib (masalan, A ustun), element ustiga suring buyurtma tavsiya etilgan kontekst menyusida va sizga mos keladigan mezonlarni tanlang. Agar so'ralsa, element yordamida mezonlarni sozlashingiz mumkin Maxsus tasnif ....
Operatsiyalarni bajarish uchun qidiruv so'rovi (jarangli qidiruv so'rovi ), buning o'rniga siz "filtrlar" deb nomlanishingiz kerak: buni amalga oshirish uchun men hozir tushuntirib berganimdek butun varaqni tanlang, bajaring o'ng tugmasini bosing Belgilangan nuqtada sichqonchani element ustiga qo'ying filtri yangi kontekst menyusiga joylashtiring va sizning holatingiz uchun eng mos elementni tanlang (masalan. Tanlangan katakning qiymatiga qarab filtrlang.
Shu tarzda, jadvalning faqat birinchi qatori ko'rinadi va har bir katakka mos keladigan shaklidagi kichik piktogrammalar o'q o filtri : Shaklidagi belgini bosing filtri va kattalashtirish oynasi bilan ko'rsatilgan oynani qidirish uchun foydalaning.
SQL ma'lumotlar bazasini yarating
Agar siz biron bir dasturdan foydalanishni niyat qilmasangiz va buning o'rniga sichqoncha va klaviatura yordamida ma'lumotlar bazasini loyihalashni o'rganishni istasangiz, lekin "parda ortida" nima sodir bo'lishini batafsil tushunish imkoniyati mavjud bo'lsa, men shunga o'xshash echimni izlashni taklif qilaman XAMPP.
XAMPP sizning shaxsiy kompyuteringizni a-ga aylantirishga imkon beradi SQL-server, shunchaki o'rnatilgan brauzer yordamida oddiy yoki murakkab ma'lumotlar bazalarini yaratishingiz va boshqarishingiz mumkin. Aslida, hatto yuqorida ko'rib chiqilgan dasturlarda ham SQL variantlari ishlatiladi, ammo ular tilni iloji boricha "yashirish" va foydalanuvchiga derazalar, tugmalar va menyular orqali ishlashga imkon berish uchun tuzilgan.
XAMPP-dan foydalangan holda, o'z navbatida veb-dastur yordamida jadval va ma'lumotlar bazasining barcha tuzilishini, phpMyAdmin, grafik jihatdan hozircha ko'rsatilgandan ko'ra ko'proq "spartan", ammo nihoyatda batafsilroq: shu tarzda siz matn qutilari, menyular va tugmachalardan foydalanishingiz mumkin, shu bilan birga "parda ortida" nima sodir bo'lishini bir vaqtning o'zida ko'rishingiz mumkin, agar kerak bo'lsa. , shuningdek, qo'lda boshqarish. Xavotir olmang, ushbu vositalarni ishlatish unchalik qiyin emas: XAMPP-ni bir necha oddiy qadamda o'rnatish va sozlash mumkin, ikkalasida ham Windows kabi macOS.
Birinchidan, XAMPP veb-saytiga ulangan va agar sizda bo'lsa Windows kompyuteritugmasini bosing Windows uchun XAMPP maqolada joylashtirilgan download. Yuklab olish tugagach, hozirgina yuklab olingan faylni ikki marta bosing, tugmasini bosing hatugmasini bosing Keyingibuyumlar yonida tasdiq belgilari borligiga ishonch hosil qiling Servidor, apache, MySQL, Dastur tillari, PHP y phpMyAdmin va tugmachani bosing Keyingi ketma-ket ikki marta Nihoyat, qutidan tasdiq belgisini olib tashlang XAMPP uchun Bitnami haqida ko'proq bilib oling tugmachani yana ikki marta bosing Keyingi. Jarayon davomida Windows xavfsizlik devori Apache uchun istisno qo'shishingizni so'rashi mumkin: dialog oynasi paydo bo'lganda tugmachani bosing Kirishga ruxsat bering.
Sozlash tugagach, katakchani belgilang Endi Boshqarish panelini ishga tushirmoqchimisiz?, tugmasini bosing tugatish XAMPP boshqaruv panelini darhol ishga tushirish uchun uning ostiga tasdiq belgisini qo'ying Amerika Qo'shma Shtatlari bayrog'i (chapda) yoki pastda Germaniya bayrog'i o'zingizning qiziqishingiz tilini tanlash uchun va tugmachalarni bosing Saqlash y yaxshi. Bu amalga oshirilgandan so'ng, tugmachani bosing uy, xizmatning to'g'ri boshlanishini kuting, modul uchun operatsiyani takrorlang MySQL va kerak bo'lsa tugmani bosing Kirishga ruxsat bering ogohlantirish ekrani paydo bo'lganda Windows xavfsizlik devoir. Ha, boshqa tomondan, sizda a Mactugmachani bosing Uchun XAMPP OS X dasturiy ta'minot veb-saytining bosh sahifasida taqdim eting va yuklab olishni kuting, so'ng uni oching to'plami DMG XAMPP-ni papkaga yuklab oldingiz ilovalar macOS-ni tanlang va oxirgisini oching, so'ng dasturiy ta'minot belgisini o'ng tugmasini bosing va elementni tanlang ochiq Sertifikatlanmagan dastur ishlab chiqaruvchisi dasturlari uchun MacOS cheklovlarini chetlab o'tish bilan boshlash (faqat birinchi ishga tushirishda kerak). Endi XAMPP boshqaruv panelining asosiy ekranida tugmachani bosing boshlash va a ko'rinishini kuting yashil nuqta kiraverishda DAVLAT. Keyin kartani tanlang xizmat va variantlarga ishonch hosil qiling apache y MySQL faol, aks holda ularni bosing va tugmasini bosing boshlash. Keyin Tarmoq yorlig'ini tanlang, variantni tanlang mahalliy manzil: 8080 tugmasini bosing ruxsat berish.
Barcha xizmatlar to'g'ri ishga tushgandan so'ng, Internetda odatda foydalanadigan brauzerni oching, manzilni kiriting http://localhost/phpmyadmin manzil satrida va Enter tugmachasini bosing klaviatura: kelajakda sizning ma'lumotlar bazangizni boshqarish uchun ushbu sahifaga kirishingiz kerak bo'ladi, shuning uchun uni brauzeringizning sevimlilariga qo'shishni maslahat beraman.
Yangi ma'lumotlar bazasini yaratish uchun yozuvni bosing nuevo chap tomonda mavjud va maydonga ma'lumotlar bazasiga tayinlanadigan nomni kiriting Ma'lumotlar bazasi nomi., keyin elementni tanlang utf8_general_ci ochiladigan menyudan Belgilarni kodlash tugmasini bosing hosil qiladi : Bir necha soniyadan so'ng yangi bo'sh ma'lumotlar bazasi yaratiladi (unga har doim chap tomon panelidan kirish mumkin). Ushbu operatsiyani bajargandan so'ng, ma'lumotlar bazasida uning nomini matn maydoniga yozib, birinchi jadvalni yaratishingiz mumkin nombre, belgilash maydonlar soni tegishli oynada va tugmachani bosib yugurish.
Ko'rsatilgan yangi ekranda jadvaldagi maydonlarning tuzilishini belgilashingiz mumkin. Keyin yozing nombre chapdagi birinchi katakchada maydonni belgilang ma'lumotlar turi va berilgan maydonlarda uning maksimal uzunligi (yoki qiymatlar oralig'i) uchun har bir qiymatni belgilang (agar xohlasangiz) nuqson Tegishli maydonchada belgilar kodlash rejimini to'liq qoldiring (asosiy jadvaldan meros qilib olingan) va quyidagi jadvallarni jadvalingiz uchun eng mos keladigan qiymatlar bilan to'ldiring.
Asosiy parametrlarni sozlaganingizdan so'ng tugmani bosing Saqlash va keyin kartada tuzilishiyuqori qismida joylashgan: u erdan siz jadval maydonlarining, shu jumladan konfiguratsiyaning, tafsilotlarini aniqlashingiz mumkin asosiy kalit y s, yangi maydonlar qo'shish, ularni o'zingiz xohlaganingizcha olib tashlash va o'zgartirish imkoniyati bilan.
Yaxshi tuzilgan ma’lumotlar bazasi:
Ortiqcha (takrorlanuvchi) ma’lumotlarni bartaraf qilish orqali xotirani tejaydi. Ma’lumotlarning aniqligi va yaxlitligini saqlaydi. Ma’lumotlarga turli usullar bilan murojaat qilishni ta’minlaydi. Samarali va foydali MBni loyihalashtirish quyidagi jarayonlarni o’z ichiga oladi:
*Talablarni tahlil qilish yoki ma’lumotlar bazasining maqsadini aniqlash
*Ma’lumotlarni jadvallarga ajratish
*Asosiy kalitlarni (primary key) ko’rsatish va munosabatlarni tahlil qilish
*Jadvallarni standartlashtirish uchun normallashtirish

Xulosa
Ilmiy hamjamiyatni oqsil ketma-ketligi va funktsional ma'lumotlar uchun yagona, markazlashtirilgan, vakolatli resurs bilan ta'minlash uchun Swiss-Prot, TrEMBL va PIR oqsil ma'lumotlar bazasi faoliyati Universal Protein Knowledge Base (UniProt) konsorsiumini tashkil qilish uchun birlashdi. Bizning vazifamiz - keng qamrovli, to'liq tasniflangan, boy va to'g'ri izohlangan oqsil ketma-ketligi bo'yicha ma'lumotlar bazasini, keng ko'lamli o'zaro havolalar va so'rovlar interfeysi bilan ta'minlash. Markaziy ma'lumotlar bazasida tanish bo'lgan Swiss-Prot (to'liq qo'lda tayyorlangan yozuvlar) va TrEMBL (avtomatlashtirilgan tasnif, izohlar va keng ko'lamli o'zaro havolalar bilan boyitilgan) mos keladigan ikkita bo'lim bo'ladi.

Qulay ketma-ketliklarni qidirish uchun UniProt shuningdek, bir nechta ortiqcha bo'lmagan ketma-ketlik ma'lumotlar bazalarini taqdim etadi. UniProt NREF (UniRef) ma'lumotlar bazalari samarali qidiruv uchun mos bo'lgan ma'lumotlar bazasining vakili quyi to'plamlarini taqdim etadi. Keng qamrovli UniProt arxivi (UniParc) har kuni ko'plab ommaviy manba ma'lumotlar bazalaridan yangilanadi. UniProt ma'lumotlar bazalariga onlayn kirish mumkin (http://www.uniprot.org ) yoki bir nechta formatlarda yuklab olingan (ftp://ftp.uniprot.org/pub). Ilmiy hamjamiyat UniProt-ga qo'shish uchun ma'lumotlarni taqdim etishga da'vat etiladi.
Universal Protein Resurs (UniProt) ilmiy hamjamiyatni oqsil ketma-ketligi va funktsional ma'lumotlar uchun yagona, markazlashtirilgan, vakolatli resurs bilan ta'minlaydi. Swiss-Prot, TrEMBL va PIR protein ma'lumotlar bazasi faoliyatini birlashtirish orqali tashkil etilgan UniProt konsortsiumi oqsil ketma-ketligi ma'lumotlar bazalarining uchta qatlamini ishlab chiqaradi: UniProt Arxivi (UniParc), UniProt ma'lumotlar bazasi (UniProt) va UniProt Reference (UniRef) ma'lumotlar bazalari. UniProt ma'lumotlar bazasi keng qamrovli, to'liq tasniflangan, boy va to'g'ri izohlangan proteinlar ketma-ketligi bo'yicha keng ko'lamli o'zaro havolalarga ega ma'lumotlar bazasidir. Ushbu markaziy qism ikki qismdan iborat: UniProt/Swiss-Prot, to'liq, qo'lda tanlangan yozuvlar bilan; va UniProt/TrEMBL, avtomatlashtirilgan tasnif va izohlar bilan boyitilgan. 2004 yil davomida o'n minglab ma'lumotlar bazasi yozuvlari qo'lda izohlangan yoki yangilangan; biz yangi sharhlar qatori mavzusini kiritdik: toksinning o'tkir toksikligi to'g'risidagi ma'lumotlarni saqlash uchun TAXIC DOZA; UniProt kalit so'zlar ro'yxati qo'shimcha kalit so'zlar bilan to'ldirildi; biz kalit so'zlarning hujjatlarini takomillashtirdik va translatsiyadan keyingi o'zgartirishlar annotatsiyasini doimiy ravishda qayta ko'rib chiqamiz va standartlashtiramiz. Bundan tashqari, biz shtammlar va ularning sinonimlarining yangi hujjat faylini taqdim etdik. Ko'plab yangi ma'lumotlar bazasi o'zaro bog'liqliklari joriy etildi va biz Raqamli ob'ekt identifikatorlaridan foydalanishni boshladik. Shuningdek, biz EBIdagi Makromolekulyar tuzilma maʼlumotlar bazasi guruhi bilan hamkorlikda Protein maʼlumotlar banki yozuvlaridagi ketma-ketliklarni tegishli UniProt yozuvlariga qoldiq darajasini xaritalash orqali tizimli maʼlumotlar bazalari bilan yaxshilangan integratsiyaga erishdik. Qulay ketma-ketliklarni qidirish uchun biz UniRef ortiqcha bo'lmagan ketma-ketlik ma'lumotlar bazalarini taqdim etamiz. Keng qamrovli UniParc ma'lumotlar bazasi ommaviy mavjud bo'lgan protein ketma-ketligi ma'lumotlarining to'liq qismini saqlaydi. UniProt ma'lumotlar bazalariga onlayn kirish mumkin (http://www.uniprot.org ) yoki bir nechta formatlarda yuklab olingan ( ftp://ftp.uniprot.org/pub ). Yangi nashrlar har ikki haftada chop etiladi.
Ilgari, Swiss-Prot + TrEMBL ( 1 ) va PIR-PSD ( 2 ) turli xil ketma-ketlik qamrovi va izoh ustuvorliklari bilan protein ma'lumotlar bazalari sifatida birga mavjud edi. 2002-yilda SIB (Shveytsariya bioinformatika instituti) va EBI (Yevropa bioinformatika instituti)dagi Swiss-Prot + TrEMBL guruhlari hamda Jorjtaun universiteti tibbiyot markazi va Milliy biotibbiyot tadqiqot fondi qoshidagi PIR (oqsil axborot resursi) guruhi UniProt sifatida birlashdilar. konsorsium ( 3 ).
UniProt konsorsiumi uchta ma'lumotlar bazasi qatlamini saqlaydi:
UniProt arxivi (UniParc) umumiy foydalanish mumkin bo'lgan oqsil ketma-ketligi ma'lumotlarining to'liq qismini saqlash orqali barqaror, keng qamrovli, ortiqcha bo'lmagan ketma-ketlik to'plamini taqdim etadi.
UniProt ma'lumotlar bazasi (UniProt) oqsil ketma-ketliklarining markaziy ma'lumotlar bazasini aniq, izchil va boy ketma-ketlik va funktsional izoh bilan ta'minlaydi.
UniProt Reference (UniRef) ma'lumotlar bazalari bir nechta rezolyutsiyalarda ketma-ketlik maydonini to'liq qamrab olish uchun UniProt ma'lumotlar bazasi va UniParc asosida ortiqcha bo'lmagan ma'lumotlar to'plamini taqdim etadi.
Ko'pgina oqsil ketma-ketligi ma'lumotlari DDBJ/EMBL/GenBank ( 4 ) ketma-ketliklarining tarjimasidan olingan bo'lsa-da, birlamchi oqsil ketma-ketligi ma'lumotlari to'g'ridan-to'g'ri UniProt-ga yuboriladi yoki patent talabnomalarida yoki Protein ma'lumotlar banki (PDB) yozuvlarida ko'rinadi ( 5 ) . UniParc ( 6 ) barcha mavjud proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlarini olish uchun mo'ljallangan - nafaqat yuqorida aytib o'tilgan ma'lumotlar bazalaridan, balki Ensembl ( 7 ), Xalqaro Protein indeksi (IPI) ( 8 ), RefSeq ( 9 ), FlyBase kabi manbalardan ham. ( 10 ) va WormBase ( 11). Manbalarning ushbu birikmasi UniParc-ni hamma uchun ochiq bo'lgan, ortiqcha bo'lmagan proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasiga aylantiradi.
UniParc har bir protein ketma-ketligini bir marta va faqat bir marta ifodalaydi va unga noyob UniParc identifikatorini tayinlaydi. 2004 yil sentyabr oyidan boshlab UniParc 2.6 versiyasi 11 978 094 asl manba yozuvlaridan 4 375 775 ta noyob ketma-ketlikni o'z ichiga olgan. UniParc dastlabki manba maʼlumotlar bazasidagi yozuv holatini koʻrsatish uchun bayroqlardan foydalangan holda manba maʼlumotlar bazalarining kirish raqamlariga oʻzaro havola qiladi, “faol” yozuv hali ham manba maʼlumotlar bazasida mavjudligini bildiradi va “eskirgan”. manba ma'lumotlar bazasida endi mavjud emas.
UniParc ketma-ketligi versiyasi har safar asosiy ketma-ketlik o'zgarganda oshiriladi, bu esa barcha manba ma'lumotlar bazalarida ketma-ketlik o'zgarishlarini kuzatish imkonini beradi. UniParc hisobotining namunasini http://www.uniprot.org/entry/UPI0000000C37 manzilida topish mumkin.. UniParc yozuvlari hech qanday izohga ega emas, lekin bu ma'lumotni UniProt ma'lumotlar bazasida yoki boshqa asosiy ma'lumotlar bazalarida topish mumkin.

Foydalanilgan adabiyotlar ro’yhati

1.^ Shklarchik D; Francheschini A; Kun M; va boshq. (2011 yil yanvar). "2011 yildagi STRING ma'lumotlar bazasi: global miqyosda birlashtirilgan va to'plangan oqsillarning funktsional ta'sir o'tkazish tarmoqlari". Nuklein kislotalari rez. 39 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D561-8. doi:10.1093 / nar / gkq973. PMC 3013807. PMID 21045058.
2.^ Altman RB (2004 yil mart). "Muvaffaqiyatli biologik ma'lumotlar bazalarini yaratish". Qisqacha. Bioinformatika. 5 (1): 4–5. doi:10.1093 / bib / 5.1.4. PMID 15153301.
3.^ Bourne P (avgust 2005). "Biologik ma'lumotlar bazasi biologik jurnaldan farq qiladimi?". PLOS hisoblash. Biol. 1 (3): 179–81. Bibcode:2005 PLSCB ... 1 ... 34B. doi:10.1371 / journal.pcbi.0010034. PMC 1193993. PMID 16158097.
4.^ Galperin MY; Fernandes-Suares XM (2012 yil yanvar). "2012 yildagi Nuklein kislotalari tadqiqotlari bazasi va onlayn molekulyar biologiya ma'lumotlar bazasi to'plami". Nuklein kislotalari rez. 40 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D1-8. doi:10.1093 / nar / gkr1196. PMC 3245068. PMID 22144685.Entsiklopediya site:uz.wikisvo.ru
5.Neidhardt F.C., Curtiss,R.,III, Ingraham,J.L., Lin,E.C.C., Low,K.B., Magasanik,B., Reznikoff,W.S., Riley,M., Schaechter,M. and Umbarger,H.E. (eds) (1996) Escherichia coli and Salmonella. Cellular and Molecular Biology, 2nd Edn. ASM Press, Washington, DC.
6. Koonin E.V. (1997) Curr. Biol., 7, R656–R659. [PubMed] [Google Scholar]
7. Koonin E.V., Mushegian,A.R., Galperin,M.Y. and Walker,D.R. (1997) Mol. Microbiol., 25, 619–637. [PubMed] [Google Scholar]
8. Fitch W.M. (1970) System. Zool., 19, 99–106. [PubMed] [Google Scholar]
9. Fitch W.M. (1995) Phil. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci., 349, 93–102. [PubMed] [Google Scholar]
10. Henikoff S., Greene,E.A., Pietrokovski,S., Bork,P., Attwood,T.K. and Hood,L. (1997) Science, 278, 609–614. [PubMed] [Google Scholar]
11. Tatusov R.L., Koonin,E.V. and Lipman,D.J. (1997) Science, 278, 631–637. [PubMed] [Google Scholar]
12. Koonin E.V., Tatusov,R.L. and Galperin,M.Y. (1998) Curr. Opin. Struct. Biol., 8, 355–363. [PubMed] [Google Scholar]