Оқсилларнинг тузилиши ва биологик функциялари

Пептид боғи ва унинг фазовий тузилиши
Оқсилларнинг асосий тузилиши бирлиги пептид боғи ҳисобланади:
-СО-NH-
Оқсиллардаги пептид боғлари ҳозирги тасаввурларга асосан амалий жиҳатдан ясси бўлади:

Оддий шароитда ясси системадан бироз оғиш кузатилади холос (5-10%). Пептид боғи одатда оддий С-N боғидан тахминан 10% га қисқароқ а «қисман иккиламчи» боғ -С=N- характерига эга.
С-О боғининг узунлиги 1,24 Å
С-N боғининг узунлиги (бирламчи аминларда)1,47 Å
С-N боғининг узунлиги (пептидларда)1,32 Å
С=N боғининг узунлиги 1,25 Å
Бу муаммони ўрганишда Полинг ва Корилар рентген тузилиш анализи методи бўйича қатор моделли ди- ва трипептидларни анализ қилишиб, 1948-1955 йилларда С-N боғини алоҳида табиатини тушунтириб пептид боғининг икки формаси «а» ва «б» орасидаги резонанс кўриниш деб таклиф қилдилар.

Яъни, оқсилларда ва пептидларда С-N боғи азот атомининг тақсимланмаган жуфт электронларини карбонил гурухининг -электрон системаси билан ўзаро таъсирлашуви бўйича қисман қисқа (иккиламчи) бўлади «в» ва бу С-N боғи атрофида қийин айланишга олиб келади. Айланиш тўсиғининг энергияси 63-84 кДжмоль ни ташкил қилади.
Одатда, пептид боғи транс конфигуруцияга эга, яъни транспланардир. Оқсилларда пептид боғи амалий жиҳатдан ҳар доим транс-конфигурацияга эга. Пептид боғининг ясси формада эканлиги кўпгина амалий натижалар орқали исботланган.
Анча содда ҳолдаги пептидларда, яъни ди- ва трипептидларда, водород боғлари йўналишини тажриба усулларидан ташқари назарий ёндошиш йўли билан ҳам аниқлаш мумкин бўлади. Масалан, жуда содда тузилишга эга бўлган пептидлар Гли-Гли ва Гли-Ала лар С-С_ ва N-С_ боғлари атрофида эркин айланишда ҳосил бўлиши мумкин бўлган конформерлар учун мос келадиган конформацион ҳолатларнинг тўлиққатори ҳисоблаб чиқилган. Олинган ҳисоб натижалари одатда конфармацион карталар деб аталувчи диаграмма кўринишида (3-расм) акс эттирилади. Бундай карталарда боғларнинг бурилиш бурчаклари ҳисобга олинади ва энг эътиборли конформациялар чегараланган майдон сифатида тасвирланади.

Ф(С-С)

(N-С)

3-расм. Глицилаланин учун конфармацион пептид картаси