Omânia Ministerul Educaţiei, Cercetării, Tineretului şi Sportului

5. Activitatea de cercetare în ultimii 5 ani (2008-2013)

Proteomica serului/plasmei - expresia proteinelor serice / plasmatice in diagnosticarea cancerului de prostata (gel-based). Proteomica LCR - disfunctie cognitiva postoperatorie (gel-based). Proteomica microbiologie (gel-based). Proteomica lapte (gel-based). Proteomica carne (gel-based). Proteomica matrici vegetale (gel-based). Proteine alergene (matrici alimentare) (gel-based). Descoperire si validare in silico candidati biomarkeri din baze date publice (arrayexpress, geo, cibex). Integrarea datelor omice. Cerc proteomică (open lab pentru comunicatatea stiintifica Clujeana USAMV, UBB, UMF, IOCN). Culturi celulare. Design in vitro si in silico medicamente si alimente functionale. Producere, purificare, izolare, caracterizare structural si functionala peptide bioactive. Descoperidere şi validare in silico de biomarkeri.

6. Infrastructura de cercetare

Nr. crt.	Echipament	Activitatea la care se utilizează	Anul achiziţiei
	Centrifuga Hettich, Micro 22 R	5.1-5.12	2007
	Incubator Sanyo cu CO2, MCO-17AI	5.1-5.12	2007
	Agitator magnetic Ika, Mini MR standard	5.1-5.12	2007
	Freezer Sanyo, MDF-U5186S	5.1-5.12	2007
	Baie de apa cu termostatare Raypa, Digibath-2 BAD-6	5.1-5.12	2007
	Autoclav Raypa, AES-75 vertical, clasa II, modul A1	5.1-5.12	2007
	Microscop cu inversie Motic, AE30/31	5.1-5.12	2007
	Balanta analitica Kern, ABJ 120-4M	5.1-5.12	2007
	Calculator ATV Promo	5.1-5.12	2007
	Calibrating Imaging Densitometer, GS-800	5.1-5.12	2007
	PowerPac HC Power Supply	5.1-5.12	2007
	Mini-Protean 3 Cell	5.1-5.12	2007
	Hota microbiologica cu flux laminar, HF safe-1200	5.1-5.12	2008
	MicroRotofor Liquid-Pahse IEF Cell	5.1-5.12	2008
	Power Pac HV Power Supply	5.1-5.12	2008
	Celula PROTEAN IEF	5.1-5.12	2008
	Mini-Protean 3 Dodeca Cell	5.1-5.12	2008
	Mini Trans-Blot Electrophoretic Transfer Cell	5.1-5.12	2008
	Mini Rocker-Shaker Biosan, MR-1	5.1-5.12	2012
	Vortex Biosan, model V-1 plus	5.1-5.12	2012
	Frigider Arctic, model AK366 NFS+	5.1-5.12	2012
	Mini-Protean 3 Multi-Casting Chamber	5.1-5.12	2008
	Camera foto Motic, 480	5.1-5.12	2007

7. Proiecte de cercetare reprezentative

Nr. crt.	Titlul proiectului şi programul de finanţare	Director/Responsabil proiect	Perioada de derulare
1	Dezvoltarea unui Sistem Biologic pentru Inţelegerea Modelelor Moleculare Implicate în Cancerul de Prostată – MOLPAT; VIASAN, Contract nr. 180/2006	Sef lucr. dr. Ramona Suharoschi	2006-2008
2	Descoperirea in silico de potentiali biomarkeri; Grant USAMV-CN, 1215/6/06.02.2012	Sef lucr. dr. Ramona Suharoschi	2012
3	Profilul proteomic al bacteriilor Escherichia coli,Salmonella grup c, d şi Staphylococcus aureus implicate in contaminarea alimentelor; Grant USAMV-CN, 1215/15/2012	Sef lucr. dr. Ancuţa Mihaela Rotar	2012
4	Identificarea prin reacţia microarray a unor biomarkeri tumorali cu valoare de predicţie noninvaziva în cancerul de prostată; PN II, IDEI, Nr. 314/2007	Ovidiu Bălăcescu (IOCN)	2007-2010
5	Cercetare exploratorie analitică şi proteomică în plasma şi lichidul cefalorahidian la pacienţii vârstnici cu disfuncţie cognitivă postoperatorie; PN II, IDEI, Nr. 2631/2009	Constantin Bodolea (UMF Cluj-Napoca)	2009-2011

8. Realizări reprezentative (în ultimii 5 ani)

Nr. articole publicate - 17 Nr.produse – 1 (BioGenProtOMICS – (prototip) platforma software pentru integrare date omice cu servicii de cautare pentru descoperire si validare de biomarkeri- aplicatii cloud, grid computing, Globus Toolkit, Globus Online) (colaborare cu Advanced Computing Application Lab- ACAL, UTCN) Nr.tehnologii – 5 extractie proteine diferentiat (proteine membranare, proteine citoplasmatice/nucleare, proteine semnalizatoare, proteine solubile/insolubile); fractionare (gel based/gel free), electroforeza (sds-page, urea-page, native-page: BN-page, CN-page, QPNC-page, tris-tricina electroforeza)- izolare proteine metalice acide, alkaline, si neutre, determinarea activitatii enzimatice, izolare isoforme, proteine native, proteine cu greutati moleculare mici (LMW), proteine cu greutati moleculare mari (HMW), proteine mai putin abundente (LAP) IEF (gel-based; gel-free faza lichidă), 2D-GE (profil proteine, PTM, functiile proteinelor, localizare celulara, expresie, PPI) microarray (transcriptomică, proteomică) WB (imunodiagnostic clinic) jurnale nutriţionale pentru nutriţie personalizată Nr.servicii - 4 Nr. analize efectuate pentru terţi – 60 Nr. teze de doctorat finalizate – 1

9. Principalele articole științifice publicate în reviste ISI (în ultimii 5 ani)

NORMALIZATION FOR CDNA MICROARRAY DATA OF GENE EXPRESSION PROFILES FROM THE HUMAN PROSTATE CANCER CELL LINES (PC3) BY PRE-PROCESSING TWO-COLOR DATA, Bratfalean Dorina, Suharoschi Ramona, Muresan Crina, Agachi S. P., Cristea M. V., Cormos Ana-Maria, Gomez Garrido Alex., Hernandez Sanchez Miguel, 2009, COMPUTER-AIDED CHEMICAL ENGINEERING, Volume: 26, Pages: 1033-1038.

10. Vizibilitatea naţională şi internaţională

Membri în Comitetul editorial ştiinţific al unor reviste ştiinţifice de profil: Ramona Suharoschi - Membru comitet editorial Buletin UASVM, 2012. Participare la conferinte internationale: FEBS Congress 2008: Artificial neural networks to discover new differentially expressed genes into cDNA microarrays of genistein treated prostate cancer PC3 cells; Genistein promotes apoptosis and cell cycle arrest via mitochondrial pathways and Akt signaling pathways through nuclear receptor family in prostate cancer cells PC3. -12-17 July 2008 International Congress of Genetics - Genistein modulation of intricate signaling pathways underlying PC3 cells treatment. IEEE 12th International Conference on BioInformatics and BioEngineering, November 11-13, Larnaca, Cyprus, 2012. 1st FCUB ERA Workshop, Belgrad 2011, Proteomics analysis and protein structure identification of Escherichia coli, SDS-PAGE analysis of whey proteins from different heat-treated commercial bovine milk. SRBBM 2010 - The Annual International Conference of Romanian Society of Biochemistry and Molecular Proteomics in development of a system biology to understand genistein-based inhibition of prostate cancer, Profile of apoptosis, ageing, and inflamation proteins in postoperative cognitive syndrome. OECI Pathobiology Workshop: Structure and Genetics, the new Paradigm, , OECI (Organisation of European Cancer Institute) – European Economic Interest Grouping. International Congress for Anticancer Treatment (ICACT) Paris, 5-8 February 2008;. A good correlation between DD3PCA, hTERT, GDF15 and PSME gene expression for prostate cancer diagnosis. Participare la Simpozioane nationale: Simpozion National VIASAN: VIASAN CEEX National Symposium (Modul I), QRT-PCR Application in molecular diagnosis of prostate cancer, sept. 2008, Bucuresti. Sesiuni comunicări ştiinţifice studenţeşti: 2010 SCSS Alma Mater Sibiu: RF Petrut - Premiul I (Profil proteomic E coli). C.I. Bartalici - Premiul II (Expresia proteinelor mai putin abundente din lapte de vaca tratat termic diferit, utilizand metode electroforetice). M. D.Bors - Premiul III (Efectele Benefice ale Fenolilor din sortimente de uleiuri vegetale).

11. Oferta de cercetare și servicii pentru mediul economic

Gel electroforeza bidimensionala; SDS-PGE, native-PAGE. Imunodiagnostic (WB, ELISA array). Microarray (transcriptomică: array expresie genică, array ARN de interferenţă, array microARN; proteomică: protein array, peptide array, antibody array, ELISA array, RP array). Evaluarea nutritiei personalizate. Design de medicamente/nutraceutice/alimente functionale inovatoare in vitro si in silico. Screening in vitro a proprietatlor bioactive ale peptidelor alimentare (antitumorale, antimicrobiene, antioxidant, imunomodulatoare, antihipertensiv, antitrombotic, etc.) Studii omice in vitro asupra producerii şi metabolismului peptidelor alimentare. Producerea, purificarea şi carcaterizare structurală şi funcţională a peptidelor bioactive din alimente şi deşeuri alimentare (sȃnge, organe interne, cartilaje articulare, coajă banane, coajă nuca, coajă seminţe floarea soarelui etc.) Dezvoltare kit-uri diagnostice. BDV (integrare date omice). Evaluari in silico, in vitro (nutri[prote]omică, toxico[gen]omică, food-omică).

Infrastructura de cercetare – Facultatea de Ştiinţa şi Tehnologia Alimentelor

Centre și Laboratoare de Cercetare

Bioreactor Electrolab 360		Microscop cu fluorescenţă, cu reversie
Centrul de Cercetare în Biochimie şi Biotehnologie Agroalimentară
Spectrometru Raman – Bruker GmbH		Instalaţie de microîncapsulare
Centrul de Cercetare în Biochimie şi Biotehnologie Agroalimentară
Gaz cromatograf cu detecţie în spectrometrie de masa (GC-MS)		Multianalizor Biotek ( UV-Vis, fluorescenţă, chemiluminescenţă)
Centrul de Cercetare în Biochimie şi Biotehnologie Agroalimentară
Cromatograf de lichide de înaltă performanţă cu detectie DAD si MS ( LC-MS) Agilent 1200	Cromatograf de lichide HPLC cu detector UV şi fluorescenţă
Centrul de Cercetare în Biochimie şi Biotehnologie Agroalimentară
Gaz-cromatograf cuplat cu spetrometru de masa şi Sistem Head Space Combi Pal	Fotodensitometru Camag TLC cu Scanner 3
Centrul de Cercetare privind Calitatea şi Siguranţa Alimentului
Axonmicrorray (Genepixpro 4200 A) şi densitometru	Sistem de Electroforeaza (celulă de izoelectrofocusare) şi electroforeză bidimensională
Laborator de cercetare Nutriţie Moleculară şi Proteomică