O‘simlik viruslari klassifikasiya qilish ularning morfologiyasi aniqlanmasdan oldin mavjud edi. Fitovirusologiyaning tarixiga nazar soladigan bo‘lsak, 1927 yilda D. Djonson tomonidan birinchi sistematika qilindi. Uni taklifi bo‘yicha viruslarni belgilash uchun xo‘jayin o‘simlikka “virus” so‘zini qo‘shish va mazkur o‘simlikda aniqlanishining tartib raqami qo‘yildi. Masalan, D.Djonson bo‘yicha tamaki mazaikasi virusi “ tamaki virusi 1” belgilandi. Tamakida keyingi aniqlangan virus “tamaki virusi 2” va hakozo. Ammo sistematikaga bunday yondoshishda bir guruhga ko‘pincha bir-biri bilan hech qanday umumiylikka ega bo‘lmagan viruslar kirib qolishi aniqlandi. Keyinchalik o‘simlik viruslarni klassifikatsiya qilish uchun hasharot-tashuvchilariga asoslanib ham klassifikatsiya qilindi. Ammo bir virusni ko‘p tashuvchilari, xar-xil viruslarni birdan-bir tashuvchiga ega ekanlagi aniqlangandan so‘ng bu tartibda klassifikatsiya qilish ham keng qo‘llanilmadi. Undan keyingi urinishda o‘simliklarda hosil bo‘lgan simptomlarning o‘xshashligiga asoslanib klassifikatsiya qilindi. Lekin keyinchalik aniqlanishicha har-xil viruslar o‘simlikni kasalantirganida ham o‘xshash simptomlar hosil bo‘lar ekan. 1935 yili viruslarni Stenli tomonidan kristal holatida olindi va shu asosida sistemalarga solindi (Kristallobiote va Plazmobiote). 1937 yili K.Smit D.Djonson sistematikasini birmuncha o‘zgartirib viruslarni o‘simlikni avlodi nomi bilan belgiladi va unga “virus” so‘zini va unga avval berilgan tartib raqamini qo‘yishni taklif qildi. M., tamaki mozaikasi virusini Nicotiana virus 1 deb nomlandi.. Viruslarni shtammlarini belgilash uchun virus nomiga harflar qo‘shib atashni taklif qildi M., Nicotiana virus 1 A va h.
1939, 1948 yillarda F. Xolms viruslarni binominal nomenklatura bo‘yicha nomlashni taklif qildi. U hamma viruslarni bir xil prinsip asosida klassifikatsiya qildi va barcha viruslarni Virales tartibiga birlashtirdi va ularni uchta tartibga ajratdi: Phagineae (bakteriofaglar), Phitophagineae (o‘simlik viruslari) va Zoophagineae (hayvon viruslari). Ammo bu klassifikatsiya ham viruslarni barcha xususiyatlarini o‘z ichiga olaolmadi.
1966 yili A.E.Protsenko viruslarni tuzilishi va virus zarrasi xususi imkoniyani berishi mumkinligini ko‘rsatdi. U fitopatogen viruslarni Ribonukleoproteinales sinfiga birlashtiradi. Oila, avlod va turlarga ajratadi. M., tamaki mozaikasi virusini Bacilliaformae oilasiga, Virotrix avlodiga kiritadi va uni quyidagicha nomlaydi Virotrix ivanowskii Ryzkov. Viruslarni Vira olamiga ajratib ularni esa ikkita olamchalarga: Dexyvira va Ribovira larga bo‘ladi.
YAngi ma’lumotlarni paydo bo‘lishiga qarab klassifikatsiya ham boyib, o‘zgarib bordi. 1971 yili B.D.Xarrison va boshqalar klassifikatsiyasida 50 ta belgini ishlatishni taklif qilishdi. Fitoviruslar xususiyatlarinini qiyosiy o‘rganib, ularni MKTV talablariga asoslanib 26 ta guruhga bo‘linadi.
Dunyo fitovirusologlari “viruslar guruhi” degan tushunchani ishlataboshladilar. Har bir guruhda tipik vakilini asosiy xususiyatlari yoziladi va uni qarindoshlari ko‘rsatiladi. Guruhni nomi tipik vakilni nomi bilan ingliz tilida ataladi. M., tamaki mozaikasi virusi guruhi tobamoviruslar guruhi deyiladi (tobamovirus – tobacco mosaic virus).
Ma’lumki fitoviruslarni Gibbs va Xarrison birqancha guruhlarga bo‘ladi, unda u har bir virusni guruhi va hususiyatlarini kriptogrammalar orqali belgilaydi.