Naychaga to‘ldirilgan gel va erituvchi orasida to‘g‘ri munosabatini aniq bo‘lishi uchun gel qatlamining nisbiy hajmini bilish maqsadga muvofiq. Gel ustunining umumiy hajmi (Vt) uning uch xil hajmiy o‘lchamlar yig‘indisidan iborat:
sirtqi hajm (Vc ), ya’ni gel zarrachalari oraliq hajmi; gel g‘ovaklari ichki hajmi (Vq); quruq gel zarrachalarining o‘z hajmi (matritsa hajmi) Vm
Vt=Vs+Vq +Vm
Gel eruvchanlik hajmini aniqlash uchun tortib olingan, aniq miqdordagi gel ustiniga qo‘llanilishi zarur bo‘lgan erituvchidan quyib gelga shimdiriladi. Ortiqcha erituvchi sentrifugalab ajratib olinadi va erituvchi bilan to‘yingan gel qayta tortiladi. Massalar farqi gelning shimgan hajmini belgilab beradi. Bu gel ichki hajmidir:
Vq= g .Sr/ R
(Vq) – gel g‘ovaklar ichki hajmi g - quruq gel massasi
Quruq geldagi zarrachalarning hajmini (Vm) aniqlash uchun avval gel uchun foydalanilgan polimerning nisbiy hajmini bilish kerak. Bu qiymatni xar doim aniqlash mumkin emas. Shuning uchun Vm qiymatni gelni bo‘kkan zichlik qiymatidan foydalanib quyidagi tenglama asosida xisoblanadi.
Rasmda gel xromatografiyasida ikkita moddaning xromatogrammasi tasvirlangan.
Ve – tashqi hajm (sirtqi); Vq - ichki hajm; Vt - umumiy hajm; Vchiq -chiqish hajmi
VS – bo‘linish hajmi; Kraxmal (K) va glyukozani (G) sefadeksdagi gel xromatogrammasi.
Gel xromatografiyasida jarayonni effektivligi moddalarni zonalarda yuvilishi va bu bilan bog‘liq xolda teoritik tarelkalar effektivligi ortadi. Gel xromatografiyasining sezilarli birinchi faktori, bu usulda xromatografik jarayonda kam hajmdagi gel ishtirok etadi va moddalarning gel qatlami bo‘ylab xarakatlanishiga modda va gel orasidagi o‘zaro ta’sir deyarli sezilmaydi. Natijada gel xromatografiyasining kalonka effiktivligi ortadi.
Ikkinchi faktor, yuvilish jarayonida diffuzion tenglik juda sekin o‘rnatiladi. Bu ta’sirlarni kamaytirish uchun mayda zarrachali gellar va yuvilish tezligini kamaytirish talab qilinadi.
Agarda turli o‘lchamdagi molekulyar massali turli dori moddalarni gel xromatografiyasida bir-biridan ajratilganda yaxshi natijalarga erishiladi. Bunda ayrim moddalar uchun ichki hajm to‘g‘ri kelib, qolgan tarkibdagi moddalarni ajralishiga o‘liq erishilmaydi. SHuni inobatga olib Lorent T.S., Killander J., tomonidan molekulalarni ajralishidagi jarayonni aniqlash uchun quyidagi formula tavsiya etiladi: