Ma’lumotlarni

Biologik ma’lumotlarni qayta ishlash vositalari
Biologik ma’lumotlarni qayta ishlovchi vositalar xazinasi yetarlicha. Bu yerga nukleotid va aminokislota ketma –ketliklarini solishtiruvchi, juft va ko‘plab tenglashtiruvchi dasturlar, oqsillarning ikkilamchi va uchlamchi strukturalarini taxmin qiluvchi va yana boshqa ko‘plab dasturlarni kiritish mumkin.
Komersion ma’lumot bazalaridan eng sifatlilari foydalanuvchilarga ma’lumotlarni to‘liq qayta ishlash imkonini beruvchi vositalar tarmog‘ini (GCG, DNAS1S va boshqalar.) taklif etib, yirik biologic markazlar va laboratoriyalarda qaysidir darajada qo‘llanib kelinadi, bunday dasturiy vositalarni narxi tahminan bir necha ming dollarni tashkil etadi.
Bioinformatikada ko‘plab masalalarni hal etishda bepul dasturiy vositalar ham mavjud bo‘lib, ularni internet tarmog‘i olib yuklab olib, lokal kompyuterga joylashtirish mumkin. Biologik ma’lumotlarni intensif va uzluksiz ravishda qayta ishlaganda esa tarmoqga bog‘liq bo‘lmagan dasturlarni o‘rnatish maqsadga muvofiq xisoblanadi. Biologlar uchun olish mumkin bo‘lgan dasturiy vositalar haqidagi axborotni BioCatalog (EBI) orqali topish mumkin.
Ma’lumotlarni qayta ishlashda on-line vositalar alohida etiborga molik xisoblanib, ular biror ishni amalga oshirish uchun qo‘shimcha dastur yuklash ishlarini talab qilmaydi. Shuning uchun qadar murakkab bo‘lmagan masalalarni xal etuvchi biologik laboratoriyalar uchun masalarni xal etishda internet tarmog‘ining mavjudligining o‘zi kifoyadir.
Genomi to‘liq tahlil etilgan turlar. Bu mavzuda tirik organizmlar genom tadqiqotlarini birlashtiruvchi internet resurslari xaqida so‘z yuritiladi. Genomi tahlil etilgan birinchi eukariot organizmlar hamirturush achitqisi Sacharamyces sereviciae (1996) va yumaloq chuvalchang Cayenorhabditis elegans (1998) bo‘lgan. 2000 yilda Drosophila melanogaster meva pashshasi to‘liq tahlil etilgan va FlyBase (http://flybase.bio.indiana.edu/) ma’lumotlar bazasi shu pashsha genomining struktur –funksional axborotlari va fenotipiga bag‘ishlangan. Bu drozofila pashshasining birinchi murakkab tuzilgan ko‘p hujayrali organism va genetikaning klassik ob’ekti bo‘lganligi bilan aloqador. Shu bilan bir qatorda aynan drozofilaning alohida genlari, gen guruhlari, xromasoma tuzilishi va vazifalarni amalga oshirishi bo‘yicha katta miqdorda ma’lumotlar to‘plangan. Yuqoridagilarga asoslangan holda aynan FlyBase genom ma’lumotlar tizim shakllanishida namuna etib olingan. Biror genom haqida so‘z yuritilganda uning to‘liq nomini atash joiz ekanligini ham unutmaslik kerak. Misol uchun drozofilaning “melanogaster” turidan tashqari Drosophila pseudoobssura turning ham genom ketma –ketligi to‘liq sekvenirlangan.
FlyBase ma’lumotlar bazasinig asosiy oynasi orqali alohida genlar tavsifiga bag‘ishlangan bo‘limga o‘tib, ushbu genlarning genomda joylashgan o‘rni, strukturasi, turli allellarning fenotipda namoyon bo‘lishi haqida ma’lumotga ega bo‘lsa bo‘ladi. Har bir gen varaqasida o‘sha genga doir bo‘lgan nukleotid ketma –ketliklari bo‘yicha ma’lumotlar bazadiga yo‘naltirgichlar jamlangan. Bundan tashqari o‘sha varaqalarga mos keluvchi aminokislota ketma –ketliklari ma’lumotlar bazasiga, pashsha rivojlanish bosqichlari, tashqi va ichki tuzilishiga doir rasmlarga, genlarning xromasomada joylashgan o‘rni to‘g‘risida tushuncha xosil qilish imkonini beruvchi grafik ilovalarga va yana bir qator boshqa kataloglarga ham yo‘naltirgichlar bor.
Drosophila melanogaster genomining sekvenirlanishi va annotatsiyalanishiga bag‘ishlangan loyixa saytini bilan to‘liqroq tanishib chiqamiz Yaqin yillargacha ushbu loyixa genom ketma –ketligini taxlil etuvchi va ushbu taxlil natijalarini vizuallashtiruvchi dasturlarni ishlab chiqish bo‘yisha etakchi hisoblanar edi. 1999 yilda ushbu loyixaning tashabbusi bilan ketma –ketligi o‘rganilmagan genomlarni taxlil etish, ya’ni ularning annotatsiyasi, aniqlangan oqsil ketma –ketliklari bo‘yicha o‘hshash tomonlarini namoyon etuvchi usullarini ishlab chiqarish bilan shug‘ullanuvchi 12 dan ortiq tadqiqot guruxlari o‘rtasida GASP (Genome Annotation Assessment in Drosophila melanogaster) bellashuvi o‘tkaziladi. Ushbu solishtirma tahlil natijalariga asoslangan holda genlar qidiruvi va istalgan organism genomini struktur –funksional annotatsiyasi uchun mezonlar bo‘yicha nisbatan sezgirligi yuqori va spetsifik bo‘lgan dasturlar ishlab chiqarilgan.
Vizuallashtirish vositalaridan biri - Drosophila melanogaster genomining tavsifi bo‘lib, ma’lumotlarni xromasoma bir yelkasidan boshlab olish mumkin bo‘ladi. Avval biror bir xromasoma tanlanadi, so‘ngra uni lokuslarini yanada aniqlashtirish orqali sharoit yoki biror bir gen tuzilishini o‘rganish mumkin bo‘ladi. Shu bilan bir qatorda BAC-vektorda klonlashtirilgan alohida ketma –ketliklarni ko‘rib chiqish orqali kontig (ya’ni uzunligi butun xromasoma uzunligiga teng bo‘lgan, qayta tiklangan nukleotid ketma -ketligi) qanday yo‘l bilan xosil qilinganligini kuzatish va qayta tiklash sifatiga ishonch hosil qilish mumkin bo‘ladi.
Genom struktur komponentlarini vizuallashtirish vositalaridan biri – FlyBase Genome Browser (http://www.fruitfly.org/sgi-bin/annot/browse). U interaktiv holatda qandaydir bir genning tuzilishi, BAC-klonlarni, transpozon elementlarini joylashishi o‘rganish imkonini beradi. Qoidaga ko‘ra bunday vizuallashtirgichlar tadqiqotning talabi va chiqarilayotgan grafik axborotlarning vaziyatga bog‘liq ravishda moslanishiga ko‘ra genom elementlari menyusi bilan ta’minlanadi. Bugungi kunda bu kabi menyular istalgan genom ma’lumotlar bazasi uchun asosiy qism hisoblanmoqda.