Partes similares et excrementa et morbi, ce dernier daté de 1631). Mais les dates de certains textes sont incertaines (pour certains jusqu'à 1648 peut-être).
Les lettres de cette période le montrent tout occupé de science ; on trouve néanmoins quelques remarques d'esthétique sur la musique. Elles nous renseignent également sur son caractère susceptible et exigeant, méprisant l'irrésolution. Dans sa lettre à Mersenne du 4 novembre 1630, Descartes dit songer à faire un traité de morale. L'infatigable père Mersenne se trouve au centre d'un réseau de mathématiciens et de scientifiques de nombreux pays. La biographie du religieux Mersenne montre qu'il est l'animateur incontournable de la vie scientifique à Paris et un des premiers vigoureux partisans de la pensée de Descartes en France, alors que ce dernier voyageur n'a publié aucun ouvrage phare.
Condamnation de Galilée
À la fin de 1633, Descartes quitte Deventer pour Amsterdam.
En novembre 1633, Descartes apprend que Galilée a été condamné. Il renonce par prudence à publier le Traité du monde et de la lumière qui ne paraîtra qu'en 166425.
Le 24 février 1616 le Saint-Office avait condamné la proposition : Sol est centrum mundi et omnino immobilis motun 10. Cependant en 1620, un décret de la Congrégation des cardinaux avait autorisé de supposer le mouvement de la Terre par hypothèse. Mais l'ouvrage de Galilée, Dialogo sopra i due massimi sistemi del mondo (le Dialogue sur les deux grands systèmes du monde), fut condamné le 22 juin 1633 : l'hypothèse du mouvement de la Terre selon le modèle copernicien (héliocentrisme) ne pouvait être prise en compte que s'il était clair que l’analyse était effectuée dans une perspective purement mathématique.
Descartes reçoit de Beeckman l'année suivante (1634) le livre de Galilée qui lui valut cette condamnation. Il décide alors de publier des fragments du Traité du Monde, accompagnés d'une préface, le fameux Discours de la méthode (en 1637).
En 1635, Descartes est à Utrecht. Il passe ensuite à Leyde (où il avait déjà été en 1630) et s'arrête à Santpoort en 1637.
Descartes et la reine Christine.
De 1637 à 1641, Descartes vit principalement à Santpoort. Période heureuse au cours de laquelle il publie en français — pour « que les femmes mêmes pussent entendre quelque chose, et cependant que les plus subtils trouvassent aussi assez de matière pour occuper leur attention »26 — le Discours de la méthode et polémique avec ses contradicteurs, Jean de Beaugrand, Pierre de Fermat, Gilles Personne de Roberval, Plempius et Jan Stampioen ; il fait venir auprès de lui Hélène Jans, une simple servante devenue compagne et amie. En août 1635, il a avec Hélène une fille baptisée Francine qu'il reconnaît. Mais la fillette meurt en septembre 1640 de fièvres éruptives, laissant un Descartes éploré, montrant sans fausse pudeur des larmes à ses amis. Un mois plus tard, il perd son père, âgé de soixante-dix-huit ans et doyen du Parlement de Bretagne. Ces disparitions rapprochées sont à l'origine du « plus grand regret qu'il eût jamais senti de sa vie ». Le 31 mars 1641, l'auteur reconnu s'installe dans le petit château d'Endegeest, agrémenté d'un beau jardin, de vergers et de prairies. C'est là qu'il reçoit l'abbé Picot, l'abbé de Touchelaye, le conseiller Jacques Vallée Desbarreaux et de nombreux amis. Vers 1640, d'après le De metallorum transmutatione de Daniel Morhof (1637), il fait quelques expériences d'alchimie (ou chimie) avec son ami Cornelis Van Hogelande27, mais il rejette la théorie des trois Substances (Soufre, Sel, Mercure) de Paracelse En 1641, Descartes publie les Méditations métaphysiques, déjà esquissées pendant les neuf premiers mois de son séjour en Hollande en 1629, et les Principes de la philosophie (1644). En 1641, il répond aux objections de Hobbes contre ses Méditations métaphysiques, publiées en latin, et il doit subir les premiers feux d'une longue controverse, dite querelle d'Utrecht, lancée par le prédicateur Voetius. Les partisans de Voetius, en particulier son élève et prête-nom Schoock, accusent publiquement Descartes et son correspondant d'Utrecht, Henricus Regius de soutenir Copernic, de nommer l'âme un « accident ». Ils l'accusent également d'athéisme29 et ils n'hésitent pas à pourfendre en chaire le philosophe, à réclamer qu'il subisse le sort réservé à Giulio Cesare Vanini, exécuté à Toulouse en 1619. Descartes fait alors intervenir l’université de Groningue et l’ambassadeur de France afin que cessent ces menaces.
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