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Sa dépouille
En 1665, un ami de Descartes, M. Dalibert, trésorier de France, ayant appris que son tombeau, établi au cimetière de Nord-Malmæ, tombait en ruines, il a écrit à l'ambassadeur de France en Suède, Hugues de Terlon, pour obtenir du roi Charles XI l'autorisation de transporter en France ses restes. Louis XIV appuie cette demande. L'autorisation est donnée le 1er mai 1666. Hugues de Terlon, accompagné de Simon Arnauld de Pomponne désigné pour le remplacer comme ambassadeur, se rendent dans le cimetière. Constatant lors de l'exhumation le 1er mai que le corps est en état de décomposition avancée, il transfère les restes dans une boîte de cuivre de 80 cm de longueur. Au passage, l'ambassadeur prélève, pour lui-même, l'index droit du philosophe qui « avait servi d'instrument aux écrits universels du défunt »35. Le cercueil arrive à Paris dans les premiers jours de janvier 1667. Il est d'abord déposé dans l'église Saint-Paul.
Le 24 juin 1667, en présence d'une foule nombreuse, le cercueil en cuivre de Descartes a été déposé en l'église de l'abbaye Sainte-Geneviève de Paris.
M. Dalibert a fait réaliser un monument de marbre mis en place en 1669, portant deux inscriptions, une en latin attribuée au Père Lallemant, l'autre en vers français composée par Gaspard III de Fieubet36.
Il tombe en ruines au fil des décennies. En 1790, l'Assemblée nationale constituante charge Alexandre Lenoir de choisir les tombeaux et sculptures qui méritent d'être conservés dans l'ancien couvent des Petits-Augustins. En 1792, l’abbé de Sainte-Geneviève lui demande de sauver les biens de son église. Le 2 octobre 1793, Joseph Chénier a proposé à la Convention nationale de transférer les restes de Descartes au Panthéon. Un décret est pris mais n'est pas exécuté. L'église Sainte-Geneviève étant transformée en atelier, les restes de Descartes en sont retirés. À part le crâne de Descartes qui manque, le Conservateur du Patrimoine récupère dans un « coffre de bois » les ossements attribuésn 11 à Descartes (fragment de tibia et de fémur, de radius et de cubitus, les autres os étant réduits en poussière) qui sont placés dans une urne antique en porphyre ayant appartenu au comte de Caylus et transférés dans l'ancien couvent, devenu dépôt des monuments ; au passage il récupère un os plat, afin d'en faire des bagues pour ses amis37. Sous la Restauration, les ossements sont conservés au couvent des Bernardins, puis réinhumés à l'église Saint-Germain-des-Prés où ils reposent depuis le 26 février 1819
Mais son crâne supposé a connu de nombreuses vicissitudes : a-t-il été volé par Isaac Planström, un officier des gardes de la ville de Stockholm chargé de son exhumation en 166639 ? A-t-il été racheté lors d'une vente aux enchères et ramené en France par le chimiste suédois Berzélius en 1821 ? Ce prétendu crâne de Descartes, sur lequel est gravé un poème en latinn 12 et le nom de ses neuf propriétaires successifs, est remis par Berzélius à Georges Cuvier qui le confie à la collection anatomique du Jardin des plantes, puis celle du Musée de l'Homme en 1931. Prétendu parce qu'il existe cinq autres crânes attribués au philosophe40.
Bien que la Convention nationale, en 1793, ait décrété le transfert de ses restes au Panthéon de Paris avec les honneurs dus aux grands hommes41, ses restes sont, deux siècles plus tard, toujours « coincés » entre deux autres pierres tombales — celles de Jean Mabillon et de Bernard de Montfaucon — dans une chapelle abbatiale de l'église Saint-Germain-des-Prés, à Paris. Les décrets de la Convention n'ont toujours pas été appliqués, pas plus que le projet défendu en 1996 par François Fillon de transférer le prétendu crâne au Collège royal de La Flèche où Descartes a été pensionnaire, ou celui du transfert de ce crâne au Panthéon en 201042, ce qui peut être expliqué par les doutes sur l'authenticité même des ossements et du crâne du philosophe43. En 1997 Philippe Comar illustre ce jeu de vanités dans un récit intitulé Mémoires de mon crâne, René Descartes qui en résume l'histoire des pérégrinations
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