Suède et fin de vie
Il rencontre Élisabeth de Bohême, fille de l'électeur Palatin détrôné en exil en Hollande, en 1643, et commence une abondante correspondance avec la jeune femme, traitant notamment d'éthique.
En 1646, alors que se poursuit la querelle d'Utrecht, il se fâche avec son correspondant, Henricus Regius, qui offre une alternative matérialiste à la métaphysique et à l'épistémologie cartésienne. Il charge un de ses élèves, Tobias Andreæ, de développer ses arguments contre Regius. Deux ans plus tard, il publie contre Regius Notes sur une certaine affiche.
Le no 14 de la rue Rollin où Descartes habita lors de ses trois séjours parisiens de 1644, 1647 et 1648.
L'intérêt et les incessantes interrogations pertinentes de la princesse Élisabeth stimulent le penseur qui s'attelle à la rédaction du Traité des Passions (1649). Faisant trois séjours en France (1644, 1647 et 1648), il rencontre au cours du second, Pascal, et prétendra lui avoir inspiré ses expériences du Puy-de-Dôme sur le vide. En septembre 1649, il accepte sur son invitation, de devenir le précepteur de la reine Christine à Stockholm, résidant chez l'ambassadeur de France, Pierre Chanut. Dès cette époque naît la rumeur qu'elle a une liaison avec le philosophe, même si cette liaison est peu crédible30. La rigueur du climat et l'horaire matinal de ses entretiens avec la reine avant 5 heures du matin sont inhabituels au penseur et auraient eu raison, selon la version officielle31, de sa santé. Il n'a hâte que de partir au retour du printemps, mais serait mort le 11 février 165032.
Toute une mythologie sur les circonstances de sa mort voit le jour dès son décès. L'hypothèse la plus notamment évoquée dès cette époque est celle d'un empoisonnement à l'arsenic. Cette thèse est à nouveau développée par Eike Pies dans son livre Der Mordfall Descartes (« L'Affaire Descartes »), paru en 1996 puis dans La Mort mystérieuse de René Descartes (« Der rätselhafte Tod des René Descartes », désormais traduit en français-2012) de Theodor Ebert. Selon cette version, il aurait été empoisonné par une hostie, contenant une dose mortelle d'arsenic, donnée par l'aumônier François Viogué (père catholique et missionnaire apostolique de la Propaganda Fide, attaché à l'ambassade de France à Stockholm), qui aurait craint que l'influence cartésienne — notamment son refus (comme Luther et Calvin) du dogme catholique de la transsubstantiation — ne dissuade la reine Christine luthérienne de se convertir au catholicisme : Christine de Suède envoie au chevet du philosophe le médecin Van Wullen qui note les symptômes suivants dans son compte rendu : coliques, frissons, vomissements, sang dans l'urine. Descartes se fait préparer comme antidote, un émétique à base de vin et de tabac, ce qui laisse penser qu'il suspectait lui-même l'empoisonnement33.
Le médecin légiste Philippe Charlier procède en 2020 à une enquête sur les restes des ossements retrouvés à l'église Saint-Germain-des-prés qui exclut la thèse de l'empoisonnement34. En cette occasion, il fait reconstituer le visage de Descartes à partir du crâne conservé au musée de l'Homme, à Paris, et qui en confirme la certitude
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