Laboratoriya ishi. Mavzu: Bioinformatikadagi matn usullari. Ishdan maqsad

12 - 13 - Laboratoriya ishi.


Mavzu: Bioinformatikadagi matn usullari.


Ishdan maqsad: Bioinformatikadagi matn usullarini o’rganish.
Nazariy qism

Intel Math Kernel Kutubxona (Intel MKL) ilm-fan, muhandislik va moliyaviy ilovalar uchun optimallashtirilgan matematik kutubxona jamlanmasi. Core matematika vazifalari Blas, LAPACK, ScaLAPACK, tez Fourier ishlash va vektor matematikani o'z ichiga oladi

Intel Math Kernel Library Windows, Linux va OS X operatsion tizimlari qo'llab-quvvatlaydi.
Tarixi.
2003 yil 9 may Math Kernel kutubxonasi yaratilgan. Loyiha ishlab chiqish guruhlari Rossiya va Qo'shma Shtatlarda joylashgan. MKL Intel Parallel Studio XE, Intel Klaster Studio XE, Intel C ++, Fortran Studio XE mahsulotlari, shuningdek, shift bilan birga qo’llaniladi. Mustaqil versiyalari yangi mijozlarga yil davomida sotilgan, lekin bepul Community litsenziyalash dasturi orqali mavjud emas.

1-rasm. Intel paketlarini kompyuterdagi holatini tekshirish.

Funksional kategoriyalari:

Intel MKL quyidagi funksional kategoriyasi bor:
Chiziqli algebra: Blas tartiblarini vector-vektor bo'ladi (1-bosqich), matrix-vektor (2-bosqich) va matris Matrix (Daraja 3) real va kompleks bir va ikki kishilik aniq ma'lumotlar uchun operatsiyalar. LAPACK sozlangan LU, Cholesky va QR factorizations, özdeğerler va eng kichkina kvadratchalar hal qiluvchi iborat.
MKL Blas va LAPACK, qayta bog`lash MKL kutubxonalar tomonidan Intel va mos protsessor ustida yanada yaxshiroq ishlash olishingiz mumkin boshqa dasturlar foydalanadi qo'llash uchun standart interfeysi foydalanadi beri.
MKL o'zboshimchalik uzunligi real o'zgarishlar kompleks haqiqiy va real murakkab uchun ko'p qirrali, kompleks 1D dan Fast Fourier ishlashga (FFTs), turli xil o'z ichiga oladi. Ochiq manba FFTW bilan yozilgan Ilovalar oson migratsiya uchun mkl bir qismi sifatida taqdim interfeysi jild kutubxonalar bilan bog'lovchi tomonidan mkl oson portlu bo'lishi mumkin.
Mkl qismi turkum yagona tugun umumiylik tashqari MPI umumiylik foyda olish uchun LAPACK va FFTs of Klaster versiyalari ham mavjud.
Vektorli matematika vazifalari bir va ikki kishilik aniq real va kompleks ma'lumotlar turlari uchun hisoblash zich yadro matematik operatsiyalarni o'z ichiga oladi. Bu kompilyator kutubxona vazifalarini libm lekin yaxshi ish faoliyatini ta'minlash uchun Vektorli o'rniga Skaler faoliyat o'xshash. Muolajalarni amalni moslash uchun tashish aniqligini, xato holati va denormalized sonini belgilash uchun turli elementlari bor.
Statistika vazifalari tasodifiy soni generator va ehtimollik tarqatish o'z ichiga oladi. Multicore processors uchun optimallashtirilgan, asosiy statistik hisoblash uchun va tashqari yadro muolajalarni boshqalar bog'liqliklar baholash hisoblash talab bor kiritilgan.
Data uydirma vazifalari spline (lineer, kvadrat, kub, nazar yuqoriga, bosqichma-bosqich doimiy) ma'lumotlar tahlil, geometrik modellashtirish va sirt hamjihatlikni ilovalar bilan foydalanish mumkin: 1-o'lchovli interpolyatsiya qilish uchun o'z ichiga oladi.
Bu dastur ham Microsoft visual studioda ishlash mumkin.

2-rasm. Microsoft visual studiodagi ko’rinishi.