Kimyo fakulteti

II.3.3. Matematik madellash dasturlari yordamida Vitasteroidlarning biologik faolligini o’rganish bosqichlari .

Entering molecules in a training set

Molekulalarni majmuaga kiritish

Ma’lumotlar yig’ish

1.Ilmiy jurnallar

2.Internet manbalari

Yig’ilgan malekulalar bilan biologic faollik Excelga 2ta ustun Name va faollik grafa ko’rinishida saqlanadi

Yig’ilgan ma’lumotlar asosida malekulalarni chizish.

1.ChemDraw ver.18.0 dasturi orqali

1. 
   InChI orqali bog’lab malekulani hosil qilish
   
2. 
   ChemDraw dasturini o’zida chizib olish
   

Ikkala holat ham o’ziga hos qulaylikga ega ,lekin bizning ma’lumotlar bazamizdagi malekulalar InChI tilida saqlangan holatda bo’lsa shundan foydalanish tavsiya etiladi. InChI tilida malekulani to’liq fazoviy holati aks ettirgan bo’ladi. a) va b) holatlarda chizilgandan keyin (mol) fayl farmatda saqlab olamiz.

2.Hyperchem Dasturi orqali (mol) fayl ochiladi .

1. 
   Vodorod atomlari bilan to’yinganligi tekshiriladi va MM+ optimizatsiya qilinadi
   
2. 
   MM+ optimizatsiya qilingan malekula energiyasi Excel jadvalga kiritiladi
   
3. 
   Yarim emperik usul RM₁optimizatsiya qilamiz va energiya qiymatini Excel jadvaliga kiritamiz
   
4. 
   HIN fayl farmatda saqlab qo’yamiz
   

2.1 Hyperchemda deskriptorlar qiymati olish

1. 
   RM₁ optimizatsiya qilingan malekulani (Compute) qismidan (single point) qismi tanlanadi
   
2. 
   Compute qismdan QSAR Properties tanlanadi
   
3. 
   Quydagi deskriptorlar qiymati yoziladi
   
4. 
   Surface Area (Approx)
   
5. 
   Surface Area (Grid)
   
6. 
   Volume
   
7. 
   Hydration Energy
   
8. 
   Log P
   
9. 
   Refractivity
   
10. 
    Polarizability
    
11. 
    Mass
    

2.3 Hyperchem dasturida HOMO va LUMO orbital energetik deskriptorlarini olish

1. 
   Compute qismidan Orbitals tanlanadi
   
2. 
   HOMO energiya
   
3. 
   LUMO energiya qiymatlari olinib Excel jadvalga joylanadi
   

1 .Ma’lumot yig’ish 2.Excel jadvalga kiritish 3.Mol fayl olish

4.HIN fayl olish

MM+

RM₁ Deskriptorlarni olish

Excelga joylash