«Кимёда замонавий компьютер моделлаштириш усуллари» фанидан оралиқ назорат саволлари

 
14. ММ усулларидан олинадиган параметрлар 
15. Берилган бирикма учун энергия ҳисобланадиган қисмларини кўрсатинг.(1,1- ва 1,2-дихлорэтан мисолида) 
Avogadro дастури эмпирик ҳисоблаш усуллари моҳиятини тушунишда муҳим аҳамият касб қилади. Эмпирик усуллар 
жуда тезкор ҳисоблаш усули ҳисобланади. Шу туфайли бирикмаларнинг фазовий тузилишлари ҳақида тезкор 
маълумотлар олиш мумкин. Avogadro дастури бирикмалар қаторида умумий энергия қиймати ва унинг таркибий 
қисмлари ўзгаришини кузатиш имконини беради. Шунингдек, боғланмаган атомлар орасидаги (масалан, 1,2-
дихлорэтандаги хлор атомлари орасидаги) таъсирлашувларни баҳолаш имконини беради. Таутомерлар, 
конформерлар, цис- ва транс-конфигурациялар энергияларини таққослаш орқали оптимал структураларни топиш 
мумкин. 

---

Бажариш тартиби: Avogadro дастурида циклогексаннинг кресло ва ванна конформерлари (алоҳида ишчи ойнада) 
ҳосил қилиниб, уларнинг умумий энергияси ҳисобланади. Топшириқ жадвал кўринишида бажарилади. Бешта устундан 
иборат жадвал тузилади. Avogadro дастурида Draw tool (қалам) белгилаб олиниб, Draw settings менюсидан С атоми 
танланади. Дастур дарчасида сичқонча чап томонини босган ҳолда циклогексаннинг кресло таутомер формаси 
чизилади. Build қисмидан Add Hydrogens орқали Н атомлари қўйилади. Ҳосил қилинган геометрия менюдаги 
Extentions қисмидаги Optimize Geometry ёрдамида оптимал ҳолатга келтирилади. Бирикма умумий энергияси 
Calculate Energy (Extentions → Molecular Mechanics → Calculate Energy) орқали аниқланади. Avogadro дарчаси пастки 
қисмидаги Messages сичқонча ёрдамида танланади. Протоколдан умумий энергия ва унинг таркибий қисмлари 
жадвалга ёзилади.
Жадвал. 
Энергия таркибий қисмлари 
1,2-дихлорэтан
1,1- дихлорэтан