Кимёда компьютер моделлаштириш нима

1.1. GAMESS dasturi (Programma GAM


3.Хисоблашларнинг эмпирик усуллари.
Molekulyar mexanika nazariyalari o’tgan asrning 60-chi yillarida T. Xill va
A.I. Kitaygorodskiylar tomonidan yaratilgan. Molekulyar mexanika termini 1958
yilda L. Bartell tomonidan taklif qilingan. Birinchi molekulyar mexanika tipidagi
hisoblashlarni amalga oshiruvchi programma K.B. Viberg (K.B. Wiberg)
tomonidan 1965 yilda ishlab chiqilgan. 1976 yilda N.L. Ellinjer (N.L. Allinger)
MM1 usulini, 1977 yilda esa MM2 usulini taklif qildi.
Molekulyar mexanika (MM) usullarida atomlar kuch maydonlarida
joylashgan N’yuton zarrachalari deb qaraladi. Ularning o’zaro ta’siri potensial
energiya bilan ifodalanadi. Potensial energiya bog’ uzunliklari (r), bog’lar
orasidagi butchak (vb), ikki yonli (torsion) burchak va bog’lanmagan fragmentlar
orasidagi elektrostatik (k) hamda Van-der-vaals ta’sirlashuvlariga bog’liq. MM
yoki kuch maydonlari usullarida umumiy potensial energiya yuqorida keltirilgan
ta’sirlashuvlar energiyalarining yig’indisi sifatida topiladi:
MM usuli empirik usul –tajribada olingan geometrik va boshqa kattaliklar asosida
parametrlanadi. Ma’lum bo’lgan, alohida olingan har bitta kimyoviy bog’ uzunligi
ideal bog’ uzunligi (r0) sifatida kiritilgan. Masalan, sp3 gibridlangan C atomlari
orasidagi C-C bog’ uzunligi 1.508 A, sp2 gibridlangan C atomlari orasidagi C=C
bog’ uzunligi 1.333 A va sp gibridlangan C atomlari orasidagi C≡C bog’ uzunligi
1.200 A deb kiritilgan. Bog’ energiyasini topishda quyidagi ifoda yordamida
minimal energetik holat energiyasi olinadi:
Ma’lumki, kimyoviy bog’lar uzunligi
belgilangan masofagach uzayishi va qisqarishi mumkin. Yadrolar orasidagi masofa
oshishi bilan potensial energiya ham keskin oshadi (-rasm).
MM usulida kimyoviy bo’glar prujinadek tasaffur qilinadi.
MM usuli programmalari C atomlarini va boshqa atomlarni gibridlanish
holati va strukturasining o’ziga xos xususiyatlarini to’liq namoyon etishi uchun
parametrlash jarayonida qaytadan nomerlangan (-jadval). Masalan, har bir sinf
birikmalaridagi C atomining electron tuzilishlarini inobatga olgan holda C atomi
uchun 15 ta raqamlash kiritilgan. Alkenlardagi sp2-gibridlangan C atomi
karbonildagi sp2-gibridlangan C atomidan farq qilishi maktab kimyosidan ma’lum.
Kislorod atomi uchun 7 xil, N atomi uchun 10 xil raqamlash kiritilgan.