Кимёда компьютер моделлаштириш нима?

6. Нима учун эмпирик ҳисоблаш усулларида атомлар қайта рақамланган
MM usuli programmalarining ayrimlarida (MMFF94 va MMFF94s usullarida) C atomlari va boshqa atomlarning gibridlanish holati hamda strukturasining o‘ziga xos xususiyatlarini to‘liq namoyon etishi uchun parametrlash jarayonida qaytadan raqamlangan (2.1-jadval). Masalan, har bir sinf birikmalaridagi C atomining elektron tuzilishlarini inobatga olgan holda C atomi uchun 15 ta raqamlash kiritilgan. Alkenlardagi sp2-gibridlangan C atomi karbonildagi sp2-gibridlangan C atomidan farq qilishi maktab kimyosidan ma’lum. Kislorod atomi uchun 7 xil, N atomi uchun 10 xil raqamlash kiritilgan.
Boshqa bir guruh MM usullarida yuqoridagi farqlashlar ramzlar (simvollar) bilan belgilangan. Masalan, CVFF (Consistent valence force field) usulida H atomlari h (C, Si atomi bilan bog‘langan H), hc (C atomi bilan bog‘langan H), hi (imidazol halqasidagi H), hn (N atomi bilan bog‘langan H), ho (O atomi bilan bog‘langan H), hp (P atomiga bog‘langan H), hs (S atomiga bog‘langan H), hw (suv molekulasidagi H) va h+ (kationlardagi H atomi) simvollari bilan belgilangan. CVFF usulida C atomi 27 xil, N atomi 25 xil va O atomi 10 xil simvollar bilan farqlangan.


7-dan 10-gacha C, N, O, H raqamlash
MM usuli programmalarining ayrimlarida (MMFF94 va MMFF94s usullarida) C atomlari va boshqa atomlarning gibridlanish holati hamda strukturasining o‘ziga xos xususiyatlarini to‘liq namoyon etishi uchun parametrlash jarayonida qaytadan raqamlangan (2.1-jadval). Masalan, har bir sinf birikmalaridagi C atomining elektron tuzilishlarini inobatga olgan holda C atomi uchun 15 ta raqamlash kiritilgan. Alkenlardagi sp2-gibridlangan C atomi karbonildagi sp2-gibridlangan C atomidan farq qilishi maktab kimyosidan ma’lum. Kislorod atomi uchun 7 xil, N atomi uchun 10 xil raqamlash kiritilgan.
Boshqa bir guruh MM usullarida yuqoridagi farqlashlar ramzlar (simvollar) bilan belgilangan. Masalan, CVFF (Consistent valence force field) usulida H atomlari h (C, Si atomi bilan bog‘langan H), hc (C atomi bilan bog‘langan H), hi (imidazol halqasidagi H), hn (N atomi bilan bog‘langan H), ho (O atomi bilan bog‘langan H), hp (P atomiga bog‘langan H), hs (S atomiga bog‘langan H), hw (suv molekulasidagi H) va h+ (kationlardagi H atomi) simvollari bilan belgilangan. CVFF usulida C atomi 27 xil, N atomi 25 xil va O atomi 10 xil simvollar bilan farqlangan.
MM hisoblash dasturlarida geometriyalarni tayyorlash jarayonida AB tizimning (molekulaning) A va B atomlari orasidagi masofa 10 Å qilib ko‘rsatilsa ham dastur hisoblash natijasida ular orasidagi masofani ideal bog‘ (r0) uzunligiga yaqin m
asofaga juda qisqa fursatda olib keladi.