Геномни секвенслаш

RNK va DNKning roli

• Hujayra RNKning "loyihalarini tayyorlash" uchun hayotiy DNKning "bosh rejasini" qo'llaydi”.
• DNK molekulasi yadrodagi xavfsiz joyda qoladi, RNK molekulalari esa sitoplazmadagi oqsil qurilishi joylariga (ribosomalarga) ketadi.

Genning oddiy tuzilishi

Regulyatory sites
Promoter (RNA polymerase binding site)
Start transcription
DNA strand
Stop transcription
Section 12-5

Геномнинг ДНК даражасидаги таҳлили

Аниқлаш

Аниқлаш

• Генетик материаллар (ДНК ва РНК)да қандай нуклеотидлар борлигини ва тартибини аниқлаш.

Асосий муаммо

• Геномлар жуда катта ҳажмга эга (одатда миллион ёки миллиард асос жуфтлигига тенг).
• Ҳозирги технология фақатгина юз асос жуфтлигига тенг қисқа бўлакларни ўқий олади.

Эритма элементлари

• Автоматлаш туфайли ўтган ўн йил ичида нуклеотидларни ўқишда қўл меҳнатидан фойдаланиш сезиларли ва барқарор даражада камайди.
• Ўқилган нуклеотидлар кетма-кетликларининг алгоритми ва ҳисоблаш ишлари қийинчилик туғдиради.

Ассамблия:

Секвенс қилинган ДНК фрагментларини уларнинг хромосомасига тўғри қўйиш

Бактериал сунъий хромосома - BAC
BAC: бактерия ДНКси киритилган ўртача катталикдаги геном фрагментлари (100-300 кб) амплификация қилинади ва секвенсланади.
Ўзаро чегарадошлик
Хромосома кетма-кетликлари қисмлари тартибига мувофиқ тузилган ДНКнинг ўзаро чегарадош кетма-кетлиги (табиий ёки сунъий).
Космид
Бактерия вируси ДНКси киритилган кичик геном фрагментлари (45кб камроқ) амплификация қилинади ва секвенсланади.
Замбуруғ сунъий хромосомаси (YAC)
Замбуруғ сунъий хромосомаси: Замбуруғ ҳужайрасини амплификация ва секвенс қилиш учун унинг ДНКси геномнинг катта фрагменти билан бириккан (1 Мб дан катта).

Плазмида

Плазмида