Genomika asoslari

Praymerlar.
PZR spetsifikligi matritsa va praymerlar orasida komplementar komlekslar hosil bo’lishiga asoslangan. Praymerlar 18-30 ta nukleotidlardan iborat bo’lgan, sintetik oligonukleotidlar hisoblanadi. Praymerlar har biri, ikki zanjirli matritsaning bir zanjiriga va amplifikatsiya qxorgi uchiga nisbatan komplementar bo’ladi. Matritsaning prayme bilan gibridizatsiyasidan so’ng (kuydirish), ushbu matritsadan DNK polimeraza yordamida, komplemantar zanjir sintezi uchun boshlang’ich nuqta (zatravka) bo’lib xizmat qiladi. Praymerlar asosiy tasnifiga praymer-matritsaning erish harorati- T_m kiradi.
T_m — bu DNK-matritsalarining yarim qismi oligonukleotid praymerlar bilan birga kompleks hosil qilish harorati hisoblanadi.
Praymerlarni tanlashda qo’yidagi kriteriylarga e’tibor berish kerak:

• 
  GC-tarkib ~ 40—60 %;
  
• 
  Praymerlar T_m haroratining yaqinligi ( 5 °C dan farqlar oshmasligi kerak);
  
• 
  Maxsus bo’lmagan ikkilamchi strukturalarning bo’lmasligi- shpilkalar va dimerlar
  
• 
  3’ uchida guanine yoki sitozin bo’lishi kerak, chunki ular molekulyar matritsa bilan uchta vodorod bog’lari hosil qiladi va gibridizatsiya sharoitini kuchaytiradi.
  

Amplifikator
PZR raektsiyasi amplifkatorda o’tkaziladi. Amplifakator- bu probirkalarni ma’lum vaqt davomida 0,1 °C aniqlikda isitish va sovutishini ta’minlab beruvchi asbob hisoblanadi. Zamonaviy amplifikatorlar murakkab dasturlarga ega “issiq start”, Touchdown PZR va amplifikatsiyalangan molekulalarni 4 °C imkoniga ega. Real vaqtdagi PZR uchun flyuoressentli detektorga ega bo’lgan asboblar ishlab chiqilgan.