Viruslar genomining tasnifi. λ Fagi (Kolifag) ya’ni lyambda va bosh qismlarida oqsillar fag genomi tomonidan kodlanadi va infeksiyalangan E.coli hujayralarda sintezlanadi. λ fagi mo`tadil fag hisoblanadi va sharoitiga qarab hujayrada mitoz bilan yoki lizogen yo`l bilan rivojlanadi. Fagning yetilgan viruslarida DNK ikki zanjirli chiziqli ravishda joylashadi. O`lchami 48502 nukleotid qatoriga teng. Genomning to`liq nukleotid qatori aniqlangan va 60 dan ziyod genlarning xaritalanishi o`tkazilgan.
Fagning ichki qismdagi DNK chiziqli shaklga ega har 5 uchi SOSL yoki SOSR sifatida belgilangan. O`zaro komplementar bo`lgan 12 ta nukleotid uzunlikga ega bo`lgan GC - ga boy yopishqoq uchlar bakteriya hujayrasiga tushgandan so`ng DNK halqa shaklga o`tib funksional holatga ega bo`ladi. Bakteriyaning DNK ligazasi yordamida kovalent bog`langan GOCL va GOCR qismlari GOC saytlar deb ataladi. ƛ fagining DNK si bakterial xromosoma DNK tarkibida gol va, bio saytlari orasiga ingtegrirlanadi va profag holatida bo`ladi. Bu fagning mezagen tipdagi rivojlanish sxemasi hisoblanadi. Litik rivojlanish yo`lida hujayralar lizisi ro`y beradi va infeksiyalangan fag qismlari hosil bo`ladi.
λ fagining genom xaritasida uch xil qismlarini ajratish mumkin chap qismida N saytidan J saytigacha hamma genlarni o`z ichiga oladi. Ular fagning hujayrada litik yo`l bilan rivojlanishiga ta’sir eta olmaydi. Lekin fagning umumiy rekombinatsiya jarayonlarini GC saytlarida kesadi va yopishqoq uchlarga ega bo`lgan bir zanjirli fag qismlarini hosil qiladi. O`z navbatida fag genomlarini qadoqlaydi. R va S gen mahsulotlari hujayra devorining mezisini amalga oshiradi va yangi fag avlodlarini muhitga chiqishini ta’minlaydi.
1. X 174 fagi (fi -10 174 1978-yilda F. Senjer hammualliflari bilan birga Kembrij unversiteti molekulyar biologiya laboratoriyasida X147 fag genomining bir zanjirli DNK si nukleotid ketma-ketligini fag sekvensini amalga oshirdi. Fag DNK si o`lchami 5384 nukleotid qatoridan iborat. Ushbu ilmiy kashfiyot molekulyar genetika tarixida katta rol o`ynaydi va genomika erasining rivojlanishiga turtki bo`lib xizmat qiladi. Ushbu fag genomi 9 xil genlardan ya’ni A dan J gacha iborat. Solishtirma tahlil natijalari ko`rsatishicha oqsillar tarkibidagi aminokislotalar qoldig`i soni DNK nukleotidlar sonidan ko`p ekanligini ko`rsatgan ushbu hodisa molekulyar genetikada muhim kashfiyot genlari ichida genlar kashf etilishiga sabab bo`ldi. Genom xaritasida ko`rsatganidek V – geni A geni ichida joylashgan e geni esa D geni ichiga joylashgan.
Bakterial xromosomaga fag DNK si saytspefirik intragenriyachida (intgeni) va profagning xromosomadan chiqib ketishiga (XIS geni) fag DNK sining (O va R) genlari replikatsiyasi uchun zarur hujayrani mezisi uchun (S va R) genlarini nazorat yetuvchi elementlar hammasi kiradi.
Genomning quyidagi saytlari ahamiyatlidir. Litik genlar bilan rivojlanuvchi genlar transkripsiya parametrlari bunda transkripsiya parametridan chapga N geni orqali Rr parametridan esa o`ngga scho geni orqali amalga oshadi.
T2 Tr1 va Tr2 terminatsiyalari.
N geni mahsuloti hujayraning RNK polimerazali fermenti bilan o`zaro ta’sir xususiyatiga ega.
Fag hujayrasi DNK ga tushganda halqa hosil qiladi. Transkripsiya esa parametrdan genlari orqali amalga oshadi. Hujayrada fag DNK si ko`p marotaba replikatsiyasi amalga oshgandan so`ng molekulaga aylanadi. Unda bir nechta fag genomlari joylashgan bo`ladi. N2 va A genlari oqsillari fag DNK ko`pgina holatlarda bitta gen start kodini boshqa gen terminator kodiga ko`chirilishi mumkin. Bu esa hisoblash ramkalarining sonini oshishiga oldib keladi va oxir oqibat fag DNK siga yetishmaydigan nukleotid qatorlarni konpensatsiyalaydi. Genomda DNK miqdorining chegaralangan soni oqsillarni kodlashda ularning iqtisodiy tejash zarurligini belgilaydi
3. E.colining M13 Fagi
M 13 fagi ipsimon faglar guruhiga mansub (ƒd va ƒl) faglar kapsidi shaklan probirka trubkasiga o`xshaydi. 2700 ta asosiy qobiq RV 3 nusxalarida va R3, R4, R7 va R8 qobiq oqsillarining kapsidlari uchun 900 nm ingichka 7 nm va cho`ziluvchanligi fag virionlari halqali bir zanjirli DNK M13 6407 nukleotiddan tashkil topgan.
Ipsimon faglar ingichka ipsimon strukturalar absorbsiyalanadi va faqatgina erkak (F+) bakteriyalar hujayralarini zararlaydi. (+) zanjirga ega bo`lgan bir zanjirli DNK hujayra sitoplazmasiga kirgandan so`ng bakterial polimeraza yordamida ikkinchi (-) zanjirini sintezlaydi. Fag genomining replikativ shakli hosil bo`ladi. Genomning 1R oralig`ida (-) ori va (+) ori qismlari joylashgan.
Replikativ shakllarda molekulalarida fag genlarining keyingi transkripsiyasi va translyatsiyasi sodir bo`ladi.
