Материалы конференции «Современные проблемы генетики, геномики и биотехнологии», 18 мая 2016г.
49
подходы для изучения генетической гетрогенности, видовой и
внутривидовой идентификации микроорганизмов (
1).
Цель данной работы – молекулярное типирование выделенных изолятов
из клубеньков бобовых растений (
Rhizobium Esparseta
и
Bradyrhizobium
japonicum
) методами
REP PCR (ERIC
и
BOX
). На первом этапе исследований
проводили таксономический анализ выделенных изолятов клубеньковых
бактерий с
помощью
16s rDNA,
далее осуществляли отработку параметров
PCR
для молекулярного типирования отобранных штаммов
Rhizobium
(Sinorhizobium
и
Bradyrhizobium
).
PCR
проводили, применяя праймеры
BOX
A1R, ERIC 1R, ERIC 2, REP 1R, REP 2I
при температуре отжига 50 – 52 - 55
0
С.
Результаты электрофоретического
анализа продуктов
PCR
показали, что
наиболее воспроизводимые и легко идентифицируемые
ERIC
фингерпринты
получены при 50
0
С. Оптимизированные параметры
ERIC
-
PCR
и
BOX
-
PCR
использовали в дальнейшей работе для молекулярного типирования
изучаемых штаммов клубеньковых бактерий. При проведении
ERIC
-
PCR
для
анализируемых отобранных культур клубеньковых бактерий рода
Rhizobium
получены штаммоспецифичные фингерпринты, содержащие от 1-3
фрагментов размером 100-900 п.н. В
BOX
-
PCR
фингерпринтах
анализируемых штаммов присутствовали 2-15 фрагментов размером 100-
1000 п.н. Для других анализируемых
штаммов получены уникальные
фингерпринты, содержащие набор отличающих продуктов
PCR
и
отражающие генетическую гетрогенность культур. Полученные результаты
согласуются с литературными данными о высокой степени сходства
геномных фингерпринтов разных штаммов
клубеньковых бактерий
Rhizobium
, что свидетельствует об их тесном филогенетическом родстве (
1).
Наблюдаемый феномен открывает возможности применения данного
подхода для видовой идентификации этих микроорганизмов.
Полученные результаты подтверждают перспективность использования
методов
REP PCR (ERIC
и
BOX)
– для видовой идентификации и выявления
внутривидовой идентификации и выявления внутривидового генетического
Материалы конференции «Современные проблемы генетики, геномики и биотехнологии», 18 мая 2016г.
50
полиморфизма клубеньковых бактерий с целью
мониторинга и контроля
бактериальной инокуляции сельскохозяйственных культур.
Список использованной литературы
1.
Versalovic J et al.,. Nucleic Acids Res. 1991 Dec 25; 19(24): 6823–6831.
Do'stlaringiz bilan baham: