Gen tuzoqlari ketma-ketligini genomik lokalizatsiya qilish usullarini taqqoslash

Usullari
Ketma-ketliklar
Ushbu tadqiqotda to'liq uzunlikdagi genlarning lokalizatsiyasi ma'lum bo'lgan ketma-ketlik teglari to'plami ishlatilgan. Ketma-ket teglar IGTC a'zolari tomonidan o'tkazilgan nokaut tajribalaridan olingan. Dastlab, GenBankning ortiqcha bo'lmagan ma'lumotlar bazasini qidirish uchun BLAST yordamida 34,138 ketma-ketlik teglari izohlangan [ 24 ]] mos gen transkriptlari uchun. Faqat ketma-ketlik tegi uzunligining kamida 90% boʻlgan qoʻshni hududda kamida 95% identifikatsiyaga ega bitta transkriptga mos keladigan yoki ketma-ketlik tegining 3' oxiridagi kamida 60 ta qoʻshni asosga mos keladigan ketma-ketlik teglari koʻrib chiqildi. bizning tahlilimizda. Bu eng qisqa ketma-ketlik teglarini, bir nechta genlar yoki bir nechta transkripsiyaga ega genlar bilan mos keladiganlarni, GenBankning ortiqcha bo'lmagan ma'lumotlar bazasida hali mavjud bo'lmagan genlarga mos keladiganlarni, genga mos kelmaydiganlarni va tuzoqqa tushirish natijasida hosil qilingan barcha ketma-ketlik teglarini yo'q qildi. ekzonlarni emas, balki intronlarni qo'lga kiritish uchun mo'ljallangan jarayonlar. Bundan tashqari, ketma-ketlik teglari ular bilan bog'liq gen transkriptlari sichqonchaning asosiy genom brauzerlarining har birida, ya'ni Ensembl, NCBI va UCSCda bo'lishini talab qilish orqali filtrlangan. Filtrdan so'ng jami 7 ta,2 va 3 ]. Lokalizatsiyalarning yarmi barcha genom brauzerlari o'rtasida mos kelmadi va 1659 gen bilan bog'liq bo'lgan 3369 ketma-ketlik teglari to'plamini qoldirib, ularning barchasi sichqon genomida bir xil koordinatalarni tayinladi. Tartib belgilari uzunligi 32 dan 1023 nukleotidgacha (o'rtacha 255, o'rtacha 202) va genlar uzunligi 290 dan 64,931 nukleotidgacha (o'rtacha 3611, o'rtacha 2485) o'zgarib turadi.
Ketma-ket teglar va ularning kognat to'liq uzunlikdagi genlari NCBI Mouse Genome Build 34 da mahalliylashtirildi, sichqoncha uchun to'rtinchi asosiy genom qurilishi [ 19 ]. Build 34 - bu yuqori sifatli yuqori o'tkazuvchanlik genomlari ketma-ketligi va butun genomli ov miltig'i ketma-ketligidan iborat. Lokalizatsiyalar genomning maskalanmagan versiyasi va RepBase yangilanishi 9.11 [ 25 ] dan foydalanadigan 20050112 [ 17 ] RepeatMasker maʼlumotlar bazasi versiyasi tomonidan olib tashlangan takroriy va past murakkab hududlarga ega versiya bilan amalga oshirildi . Belgilangan holatlar bundan mustasno, quyida tavsiflangan natijalar odatiy amaliyot bo'lgan genomning niqoblangan versiyasini qidirish orqali olingan.