Filogenetik Daraxt Tuzish Algoritmlari Umumiy Klasterlash Algoritmlari

Filogenetik daraxt qurish algoritmlari umumiy klasterlash algoritmlaridan farq qiladimi? - Biologiya
Kirish
Garchi ko'plab biologlar gibridizatsiya, gorizontal gen o'tkazish, rekombinatsiya va reassortment kabi retikulyar hodisalar evolyutsiyada muhim rol o'ynaydi, deb hisoblashsa-da, ko'pchilik nashr etilgan tadqiqotlar o'rganilayotgan turlar to'plamining evolyutsiya tarixini aks ettirish uchun daraxtlardan foydalanadi. Buning sabablaridan biri, daraxt bo'lmagan tarixlar yoki filogenetik tarmoqlarni aniqlashning ishonchli va qabul qilingan usullarining yo'qligi. So‘nggi yillarda ushbu muammoni bartaraf etish bo‘yicha ko‘plab ishlar amalga oshirildi. Bizning bu sohadagi ishimiz dastlab ildizsiz filogenetik tarmoqlarni aniqlash usullarini ishlab chiqishga qaratilgan edi va bizning kompyuter dasturimiz SplitsTree hozirda filogenetik tarmoqlarni qurishda eng ko'p ishlatiladigan dastur hisoblanadi. Yaqinda biz ildiz otgan filogenetik tarmoqlar uchun usullarni ishlab chiqishga e'tibor qaratdik, ularni daraxt va tarmoq chizish dasturimiz Dendroscope orqali taqdim etamiz.
Filogenetik tarmoqlar 2007 yilda Kembrij universitetining Nyuton institutida Filogenetika bo'yicha to'rt oylik tadqiqot dasturining asosiy mavzularidan biri bo'ldi. U erda biz filogenetik tarmoqlar sohasi shu darajaga yetgan, degan taassurot paydo bo'ldiki, buning uchun yetarli materiallar mavjud edi. bu sohaga kirishni va turli savollar va yondashuvlarni yagona tarzda taqdim etishga harakat qiladigan kitob. Bizning maqsadimiz bioinformatika, usullar va algoritmlarga qiziquvchi biologlar va evolyutsiyaga qiziquvchi kompyuter olimlari uchun ochiq uslubda ushbu sohani qamrab oladigan kitob yozish edi. Bu kitob SplitsTree4 va Dendroskop dasturlarining ideal hamrohi.
Xulosa
"Daraxtlar emas, balki tarmoqlar - tez evolyutsiya murakkabligini va genom ma'lumotlarida ziddiyatli signallarni tushunishning asosiy vositasiga aylanmoqda. Filogenetik tarmoqlar tarmoqqa asoslangan usullar, ulardan foydalanish mumkin bo'lgan va amaliy dasturiy ta'minot bo'yicha batafsil ma'lumotni uzoq vaqtdan beri taqdim etadi. Tarmoqlarning ko'p turlarini batafsil va birlashtirilgan ko'rib chiqish asosiy nazariyaning aniq konspekti bilan to'ldiriladi. Ko'p sonli misollar va rasmlar matnni bajarishni osonlashtiradi. Bu kitob biologlarning evolyutsiyani o'rganish uchun genom ma'lumotlaridan foydalanish usulini yanada o'zgartiradi. Tubingen guruhi filogenetik tarmoq algoritmlarini ishlab chiqishga rahbarlik qildi va bu kitobda so'nggi usullarning ko'pligidan hayratga tushgan biologlar, shuningdek, bu sohani yanada rivojlantirishni maqsad qilgan bioinformatistlar uchun aniq ko'rsatma berilgan. Genomik ma'lumotlarning "hayot to'rini" ifodalash va o'rganish uchun qanday ishlatilishini tushunishni istagan har bir olim yoki talaba uchun bu o'qish juda muhim. " Mayk Stil, Kenterberi universiteti.
“Bu soha yetakchilaridan biri (Daniel Huson) va uning hammualliflari tomonidan tayyorlangan ushbu darslik hisoblash biologiyasining eng qiziqarli va goʻzal tadqiqot yoʻnalishlaridan biri: filogenetik tarmoqlarga matematik jihatdan jiddiy kirishni taqdim etadi. Matn aniq va barcha zarur biologik ma'lumotlarga ega bo'lib, u matematika, informatika yoki statistikaning aspirantlari (yoki yuqori kurs talabalari) uchun ochiq bo'lishi kerak. Tandi Varnov, Texas universiteti.
"Bu ajoyib kitob-filogenetik tarmoqlarni davolashning eng puxta va dolzarb kitobidir. Tabiatdagi ko'plab evolyutsion jarayonlar filogenetik daraxtlarning oddiy modeliga mos kelmaydi, masalan, duragaylar, simbiozlar va genlarning lateral o'tkazilishi. Tabiatni genomika bilan qanchalik ko'p o'rgansak, bu misollar shunchalik ahamiyatli va ko'p bo'ladi, shuning uchun filogenetikada tarmoqlardan foydalanishga haqiqiy ehtiyoj bor. Bu jild filogenetik tarmoqlar bilan ishlaydigan tadqiqotchilar uchun majburiydir. Bu ilg'or kollej auditoriyasi uchun. Chiroyli tashkil etilgan va aniq yozilgan, bu bo'shliqni to'ldiradi. Bill Martin, Dyusseldorf universiteti.
Foydalanilgan manbalar.
Internet saytlari:
WWW.ziyonet.uz
www.referat.uz
www.arxiv.uz
www.ncbi.com