Бобурнинг Шайбонийга қарши кураши. Шайбонийхон 1500 йил Самарқандни эгаллагач, Бобур унга қаши юриш бошлади. Шайбонийхон бу пайтда Самарқанддан ташқарида эди. Бобур Шайбоний қолдирган 600 та аскарни қириб ташлади ва Самарқанд тахтини иккинчи марта эгаллади. Шайбонийхон чекинди ва бўлажак ҳал қилувчи жанга тайёргарлик кўрди.
Зарафшон бўйида 1501 йил апрелда бўлган оғир жангда Бобур енгилиб Самарқандга чекинади. Самарқандни қамал қилган Шайбонийхон Бобурга таклиф қилган ҳақоратли сулҳга биноан Бобур Самарқандни тарк этиб, ўзга юртларга кетишга мажбур бўлди. Бобур Кобулга бориб 1504 йил ҳокимиятни қўлга киритди.
Шайбонийхон 1510 йил ҳалок бўлгач, Бобур шоҳ Исмоил ёрдамида Мовароуннаҳрни шайбонийлардан қайтариб олиш учун кураш бошлади ва 1511 йил кузида Самарқандни учинчи марта қўлга киритди. Бобур Самарқандни эгаллагач ноилож исломнинг шиаъ йўналишига эътиқод қилувчи шоҳ Исмоилни олий ҳукмдор деб эълон қилди, бу Самарқанд халқининг Бобурдан юз ўгиришига сабаб бўлди. Чунки, Мовароуннаҳр аҳолиси, Бобур ва Шайбонийлар ҳам исломнинг суннийлик йўналишига эътиқод қилганлар.
1512 йил апрел ва ноябрда Шайбонийхоннинг укаси Маҳмуд Султоннинг ўғли Убайдулла Султон билан бўлган ҳар икки жангда Бобур мағлуб бўлди. Шоҳ Исмоилнинг Бобурга ёрдам бериш учун юборган қўшинини ҳам Шайбонийлар ноябрда бўлган жангда мағлуб этди. Бобур энди Мовароуннаҳрдан тамоман умидини узиб яна Кобулга қайтиб 1526 йилгача идора қилди, сўнг Кобулни иккинчи ўғли Комронга қолдириб, ўзи Ҳиндистонга юриш бошлади.
2. Бухоро хонлиги ташкил топиши ва бошқаруви
Хонликнинг ташкил топиши. Шайбонийлар урф-одатига кўра тахтга ёши каттаси ўтқазилган. Шайбонийхон ҳалок бўлгач тахтга амакиси Кўчкинчи Султон ўтқазилган, бу урф-одатига XVI аср 40-йилларидан сўнг риоя этилмай қўйилган. Кўчкинчихондан сўнг ўғли Абу Саид (1530-1533) тахтга ўтирди. Ундан кейин Шайбонийхоннинг укаси Маҳмуд Султоннинг ўғли Убайдуллахон (1533-1540) ҳукмронлик қилди.
Убайдуллахон пойтахтни Самарқанддан Бухорога кўчирди. У Бухорога отамерос мулк деб қарар эди, чунки Шайбонийхон Бухоро ҳокимлигини Убайдуллахоннинг отаси Маҳмуд Султонга берган эди. Шайбонийларнинг Мовароуннаҳрда ташкил этган давлати (Убайдуллахон даврида) энди расмий равишда Бухоро хонлиги деб аталадиган бўлди.
Убайдуллахон Исмоил Сафавийнинг ҳужумини бартараф этиб Мовароуннаҳрни ҳарбий-сиёсий тазйиқдан сақлаб қолди, бу даврда Бухоронинг марказ сифатидаги нуфузи ошди. Убайдуллахон Бухоро давлатининг чегараларини Шайбонийхон давридаги сарҳадларда қайта тиклашга ҳаракат қилди, у Ҳиротни ишғол этган Эрон қўшинини бир неча марта мағлубиятга учратган эди, мамлакат ичкарисидаги ўзаро кураш ва тарқоқликка барҳам берди.
Убайдуллахон вафот этгач ички зиддиятлар яна кучайиб, ҳокимият учун кураш бошланди. Шайбонийхон авлодларининг ҳар бири ўз ота мерос бўлган ҳудудда мустақилликка интилар, тахтга даъвогар эди. Кўчкинчихоннинг ўғли Абдуллахон I нинг қисқа ҳукмронлигидан сўнг қўш ҳокимиятчилик вужудга келиб, бир давлатда икки ҳукмдор пайдо бўлди: 1) Бухорода Убайдуллахоннинг ўғли Абдулазизхон. 2) Самарқандда Кўчкинчихоннинг ўғли Абдулатифхон ҳукумдорлик қила бошлади.