Илова - 2 BLACT DASTURIDA AMINOKISLOTALAR KETMA KETLIGINI TAQQOSLASH.VATRANSLYANTLARNING OLINISHI. REJA 1. BLAST dasturlarining tasnifi 2. BLAST dan foydalanadigan maxsus - amaliy dasturlar: 3.BLAST nukleotidlarining ketma-ketligi dasturi
BLAST (Berkeley Lazy Abstraction Software Verification Tool) - bu C tilini namunaviy tekshirish dasturi.
BLAST (Basic Basic Alignment Search Tool) - asosiy tuzilish (ketma-ketlik) yoki uning bo'lagi ma'lum bo'lgan oqsillar yoki nuklein kislotalarning homologlarini qidirishda foydalaniladigan kompyuter dasturlari oilasi. BLAST-dan foydalanib, tadqiqotchi o'z ketma-ketligini ma'lumotlar bazasidagi ketma-ketliklar bilan taqqoslashi va taxmin qilinayotgan homologlarning ketma-ketligini topishi mumkin. Bu molekulyar biologlar, bioinformatika, sistematikalar uchun eng muhim vositadir.
BLAST dasturlarining tasnifi BLAST dasturlar 5 asosiy guruhga bo'lingan:
Nukleotid - o'rganilgan nukleotidlar ketma-ketligini ketma-ket nuklein kislotalari va ularning bo'limlari bazasi bilan taqqoslash uchun yaratilgan:
dmegablast - ozgina o'xshashlikni ko'rsatadigan ajratuvchi ketma-ketlikni topish uchun tez taqqoslash
blastn - shunga o'xshash barcha ketma-ketlikni topish uchun sekin taqqoslash va hk.
Protein - o'rganilayotgan oqsilning aminokislotalar ketma-ketligini mavjud oqsillar bazasi va ularning bo'limlari bilan taqqoslash uchun mo'ljallangan:
psi-portlash - kichik o'xshashlik bilan ketma-ketlikni topish uchun taqqoslash
phi-blast - foydalanuvchi tomonidan belgilangan namunani o'z ichiga olgan oqsillarni qidirish va hk.
Tarjima - nukleotidlar ketma-ketligini aminokislotaga aylantirishi mumkin:
blastx - o'rganilgan nukleotidlar ketma-ketligini kodlangan aminokislotalarga tarjima qiladi va keyin mavjud aminokislotalar oqsillari bazasi bilan taqqoslaydi
tblastn - o'rganilgan aminokislotalar ketma-ketligi nuklein kislotalar bazasining tarjima qilingan ketma-ketligi bilan taqqoslanadi
tblastx - o'rganilgan nukleotidlar ketma-ketligini aminokislotalar ketma-ketligiga o'zgartiradi va keyin uni ketma-ket nuklein kislotalar bazasining tarjima qilingan ketma-ketligi bilan taqqoslaydi.
Genom - o'rganilgan nukleotidlar ketma-ketligini organizmning (odam, sichqon va boshqalar) genom ma'lumotlari bazasi bilan taqqoslash uchun mo'ljallangan.