Blact dasturida aminokislotalar ketma ketligini taqqoslash. Vatranslyantlarning olinishi



Download 30,02 Kb.
bet1/3
Sana04.03.2022
Hajmi30,02 Kb.
#482903
  1   2   3
Bog'liq
blast


Илова - 2
BLACT DASTURIDA AMINOKISLOTALAR KETMA KETLIGINI TAQQOSLASH.VATRANSLYANTLARNING OLINISHI.
REJA
1. BLAST dasturlarining tasnifi
2. BLAST dan foydalanadigan maxsus - amaliy dasturlar:
3.BLAST nukleotidlarining ketma-ketligi dasturi

BLAST (Berkeley Lazy Abstraction Software Verification Tool) - bu C tilini namunaviy tekshirish dasturi.


BLAST (Basic Basic Alignment Search Tool) - asosiy tuzilish (ketma-ketlik) yoki uning bo'lagi ma'lum bo'lgan oqsillar yoki nuklein kislotalarning homologlarini qidirishda foydalaniladigan kompyuter dasturlari oilasi. BLAST-dan foydalanib, tadqiqotchi o'z ketma-ketligini ma'lumotlar bazasidagi ketma-ketliklar bilan taqqoslashi va taxmin qilinayotgan homologlarning ketma-ketligini topishi mumkin. Bu molekulyar biologlar, bioinformatika, sistematikalar uchun eng muhim vositadir.
BLAST dasturlarining tasnifi
BLAST dasturlar 5 asosiy guruhga bo'lingan:

  • Nukleotid - o'rganilgan nukleotidlar ketma-ketligini ketma-ket nuklein kislotalari va ularning bo'limlari bazasi bilan taqqoslash uchun yaratilgan:

  • megablast - juda o'xshash ketma-ketlikni topish uchun tez taqqoslash

  • dmegablast - ozgina o'xshashlikni ko'rsatadigan ajratuvchi ketma-ketlikni topish uchun tez taqqoslash

  • blastn - shunga o'xshash barcha ketma-ketlikni topish uchun sekin taqqoslash va hk.

Protein - o'rganilayotgan oqsilning aminokislotalar ketma-ketligini mavjud oqsillar bazasi va ularning bo'limlari bilan taqqoslash uchun mo'ljallangan:

  • blastp - barcha o'xshash ketma-ketlikni topish uchun sekin taqqoslash

  • cdart - domen arxitekturasi bo'yicha homologik oqsillarni qidirish uchun taqqoslash

  • rpsblast - konservativ domen ma'lumotlar bazasini taqqoslash

  • psi-portlash - kichik o'xshashlik bilan ketma-ketlikni topish uchun taqqoslash

  • phi-blast - foydalanuvchi tomonidan belgilangan namunani o'z ichiga olgan oqsillarni qidirish va hk.

Tarjima - nukleotidlar ketma-ketligini aminokislotaga aylantirishi mumkin:

  • blastx - o'rganilgan nukleotidlar ketma-ketligini kodlangan aminokislotalarga tarjima qiladi va keyin mavjud aminokislotalar oqsillari bazasi bilan taqqoslaydi

  • tblastn - o'rganilgan aminokislotalar ketma-ketligi nuklein kislotalar bazasining tarjima qilingan ketma-ketligi bilan taqqoslanadi

  • tblastx - o'rganilgan nukleotidlar ketma-ketligini aminokislotalar ketma-ketligiga o'zgartiradi va keyin uni ketma-ket nuklein kislotalar bazasining tarjima qilingan ketma-ketligi bilan taqqoslaydi.

Genom - o'rganilgan nukleotidlar ketma-ketligini organizmning (odam, sichqon va boshqalar) genom ma'lumotlari bazasi bilan taqqoslash uchun mo'ljallangan.


Download 30,02 Kb.

Do'stlaringiz bilan baham:
  1   2   3




Ma'lumotlar bazasi mualliflik huquqi bilan himoyalangan ©hozir.org 2024
ma'muriyatiga murojaat qiling

kiriting | ro'yxatdan o'tish
    Bosh sahifa
юртда тантана
Боғда битган
Бугун юртда
Эшитганлар жилманглар
Эшитмадим деманглар
битган бодомлар
Yangiariq tumani
qitish marakazi
Raqamli texnologiyalar
ilishida muhokamadan
tasdiqqa tavsiya
tavsiya etilgan
iqtisodiyot kafedrasi
steiermarkischen landesregierung
asarlaringizni yuboring
o'zingizning asarlaringizni
Iltimos faqat
faqat o'zingizning
steierm rkischen
landesregierung fachabteilung
rkischen landesregierung
hamshira loyihasi
loyihasi mavsum
faolyatining oqibatlari
asosiy adabiyotlar
fakulteti ahborot
ahborot havfsizligi
havfsizligi kafedrasi
fanidan bo’yicha
fakulteti iqtisodiyot
boshqaruv fakulteti
chiqarishda boshqaruv
ishlab chiqarishda
iqtisodiyot fakultet
multiservis tarmoqlari
fanidan asosiy
Uzbek fanidan
mavzulari potok
asosidagi multiservis
'aliyyil a'ziym
billahil 'aliyyil
illaa billahil
quvvata illaa
falah' deganida
Kompyuter savodxonligi
bo’yicha mustaqil
'alal falah'
Hayya 'alal
'alas soloh
Hayya 'alas
mavsum boyicha


yuklab olish