Biologiya fakulteti genetika kafedrasi fan: genetika va genomika asoslari

AFLP-texnologiya (kengaytirilgan fragment Length polymorphism). Ushbu texnologiya cheklov saytlarida yoki primer ekish joylarida (spektrda mavjud yoki mavjud bo'lmagan) nuqta mutatsiyalaridan kelib chiqqan genetik o'zgarishlarni va chegaralangan qismdagi kichik bo'linishlar (spektrdagi tarmoqli o'zgarish) [13].
AFLP texnologiyasi RFLP va RAPD tahlillari o'rtasida oraliq narsadir. AFLP murakkab usul bo'lib, bir necha bosqichdan iborat: genomik DNK 3 " uchlari bilan chiqadigan qismlarni hosil qilish uchun ikkita cheklov (EcoRI va Msel) bilan chegaralanadi. Keyinchalik, cheklovli genomik DNK cheklov saytlarining ma'lumotlari uchun "yopishqoq" uchlarini o'z ichiga olgan adapter bilan bog'lanadi. Shundan so'ng, ikkita ketma-ket PCR amalga oshiriladi. Birinchidan (preamplifikatsiya) primerlar, EcoRI va Msel to'liq komplementar adapterlaridan foydalaniladi. Birinchi PCRDAN keyin ko'plab amplifikatsiya mahsulotlari ishlab chiqariladi, bu elektroforez bilan farqlanmaydi. Shuning uchun, EcoRI va Msel adapterlari bilan ikkinchi PCR primerlarida 3'-oxirida selektiv amplifikatsiya uchun qo'shimcha va nomutanosib tayanch adapterlari (1 dan 3gacha) mavjud. DNK fragmentlarini ajratish radioaktiv yoki floresan yorlig'i bilan poliakrilamid Jelda amalga oshiriladi. Olingan barmoq izi DNK odatda yuqori polimorfen bo'lib, odatda yaxshi ishlab chiqariladi.
ISSR (Inter-Simple Sequence Repeat). Ushbu usulda, shuningdek, RAPD da, uzunligi 15-24 nukleotid bo'lgan bir yoki bir nechta primer ishlatiladi. Ammo bu holatda primerlar 2-4 qisqa muddatli nukleotid takrorlanishidan iborat, masalan: 5'-sa sa sa sa sa sa sa G va 3 ' -primerning oxirida tanlangan nukleotid. ISSR-amplifikatsiya mahsulotlari flanjlarda invertli mikrosatellitli primer ketma-ketligini o'z ichiga oladi. Ammo o'rganilayotgan ketma-ketliklar anonim bo'lib qoladi.
Eukaryot genomlarida 4, 3, 2 va hatto bitta nukleotiddan iborat oddiy ketma-ketliklar mavjud. Keyinchalik bu hududlar "mikrosatellit" deb nomlangan Mikrosatellit ketma-ketliklari yuqori o'simliklarning DNKlarida keng tarqalgan. Ular 34 turida topilgan. DNKda o'rtacha ko'rish tezligi har bir 50 kilobaz. O'simliklar 54 turlari uchun ma'lumotlar bazalarini o'rganish yadro genomidagi SSR ketma-ketliklari orasida Di, tri va tetranukleotid takrorlashlari ustunligini ko'rsatdi.Ushbu ketma-ketliklarning polimorfizm manbai-sayt-takroriy uzunlikning o'ziga xos o'zgarishi, bu esa o'z navbatida takroriy birliklar sonining farqiga bog'liq.Madaniy guruchning genetik xilma-xilligini o'rganish bo'yicha tajribalar bir mikrosatellit lokus uchun 25 allelgacha topildi. (1996) va McCouch va boshq. (1997) guruch genomik kutubxonasini tekshirishda mikrosatellitlarning umumiy soni 5700-10000 da baholandi, turli xil takrorlashning nisbiy chastotasi ko'payish hajmining ortishi bilan kamayadi.Guruch genomining keyingi ketma-ketligi mikrosatellit ketma-ketliklarining umumiy soni 100 000 haqida ekanligini ko'rsatdi. 10 000 mikrosatellit markerlari guruchning genetik xaritasida joylashgan. SSR markerlari badandagi hujayralarda barqaror bo'lib, ularning meroslari kodominant bo'lib, genom bo'ylab taqsimlanadi. Retrotranspozonlar yordamida DNK-fingerprint. Hozirgi vaqtda RAPD, ISSR, AFLP va SSR usullari genomlarni tahlil qilish uchun retrotranspozonlar ketma-ketligini ishlatadigan yangi marker tizimlarini yaratish uchun asos yaratdi. Uzoq muddatli takrorlash (LTR) retrotranspozonlari ba'zi yadro omillari bilan aniqlangan tartibga soluvchi saytlarni olib yuradi.