Биоинформатика

Описание
SeqsMultiAligned = multialign (Seqs) выполняет прогрессивное множественное выравнивание для набора последовательностей (Seqs). Расстояния между последовательностями вычисляются после проведения предварительного попарного выравнивания на основании матрицы (по умолчанию), с учетом количества различий для каждой последовательности, но с игнорированием пробелов (gap). Конструирование дерева производится на основании алгоритма прогрессивного выравнивания с использованием метода «Ближайших соседей».
SeqsMultiAligned = multialign(..., 'Weights', WeightsValue) выбирает метод определения веса взвешивания последовательностей. Вес придает особую значимость несхожим последовательностям, путем масштабирования весовой матрицы и начисления штрафов за пробелы.
Значение свойства 'Weights':

• 
  'THG ' (по умолчанию) – метод Томпсон -Хиггинса – Гибсона учитывающий разницу веса каждой ветви дерева.
  
• 
  'equal'  - метод, который присваивает одинаковый вес каждой последовательности.
  

SeqsMultiAligned = multialign (..., ' ScoringMatrix , ScoringMatrixValue ) выбирает матрицу замен ( ScoringMatrixValue ) для выравнивания. Баллы за совпадения и несовпадения назначаются с учетом расстояния между двумя последовательностями.
Выбор для аминокислотных последовательностей:
'BLOSUM62'
'BLOSUM30'
'BLOSUM100'
'PAM10 '
'DAYHOFF'
'GONNET'
По умолчанию:
'BLOSUM50' – В случае параметра «AlphabetValue» – "АА"
'NUC44' - В случае параметра «AlphabetValue» – 'NT'
SeqsMultiAligned = multialign (..., 'GapOpen, GapOpenValue) определяет начальный штраф за открытие гепа.
SeqsMultiAligned = multialign (..., 'ExtendGap, ExtendGapValue) определяет начальный штраф за открытие продолжение гепа.
SeqsMultiAligned = multialign (...,'Verbose', VerboseValue), управляет включением дополнительной информации о последовательности. По умолчанию false .

3. 
   showalignment(Alignment) – команда показывающая выравнивание с использованием цвета (рис. 27).
   

Рис. 27. Результат множественного выравнивания биологических последовательностей в Matlab