Berilgan vazifa belgilangan muddatda elektron hamda qog’oz shakllida topshirilishi kerak. Algoritmni tasvirlash usullari Maqsad

Strukturaviy tekislash orqali ishlab chiqarilgan ma'lumotlar
 
Muvaffaqiyatli tuzilishdan hosil bo'lgan minimal ma'lumot bu tuzilmalar o'rtasida teng deb hisoblanadigan qoldiqlar to'plamidir. Keyinchalik, bu ekvivalentlar to'plami odatda har bir kirish tuzilishi uchun uch o'lchovli koordinatalarni joylashtirish uchun ishlatiladi. (E'tibor bering, bitta kirish elementi mos yozuvlar sifatida o'rnatilishi mumkin va shuning uchun uning ustma-ust qo'yilgan koordinatalari o'zgarmaydi.) O'rnatilgan inshootlar o'zaro RMSD qiymatlarini hisoblash uchun ishlatilishi mumkin, shuningdek, boshqa o'xshash strukturaning o'xshashligi. masofaviy global sinov (GDT,^[5] ishlatiladigan metrik CASP). Strukturaviy hizalama, shuningdek, mos keladigan bir o'lchovni nazarda tutadi ketma-ketlikni tekislash undan ketma-ketlik identifikatori yoki kirish tuzilmalari o'rtasida bir xil bo'lgan qoldiqlarning ulushi, ikkita ketma-ketlikning bir-biriga qanchalik yaqinligi o'lchovi sifatida hisoblanishi mumkin.
Taqqoslash turlari
 
Chunki oqsil tuzilmalari tarkib topgan aminokislotalar kimning yon zanjirlar Umumiy oqsil magistrali bilan bog'langan bo'lib, oqsil makromolekulasini tashkil etuvchi atomlarning turli xil mumkin bo'lgan quyi to'plamlari strukturaviy hizalamada va tegishli RMSD qiymatlarini hisoblashda ishlatilishi mumkin. Turli xil ketma-ketlikdagi tuzilmalarni tekislashda yon zanjir atomlari umuman hisobga olinmaydi, chunki ularning identifikatsiyalari ko'plab hizalanmış qoldiqlar orasida farq qiladi. Shu sababli, strukturaviy tekislash usullari sukut bo'yicha faqat tarkibiga kiritilgan magistral atomlaridan foydalanish odatiy holdir peptid birikmasi. Oddiylik va samaradorlik uchun ko'pincha faqat alfa uglerod pozitsiyalar hisobga olinadi, chunki peptid bog'lanish minimal variantga ega planar konformatsiya. Faqatgina hizalanadigan tuzilmalar bir-biriga juda o'xshash yoki hatto bir xil bo'lganda, yon zanjirli atomlarning pozitsiyalarini moslashtirish juda muhimdir, bu holda RMSD nafaqat oqsil magistralining konformatsiyasini, balki rotamerik yon zanjirlarning holatlari. Shovqinni kamaytiradigan va ijobiy o'yinlarni kuchaytiradigan boshqa taqqoslash mezonlariga quyidagilar kiradi ikkilamchi tuzilish topshiriq, mahalliy aloqa xaritalar yoki qoldiqlarning o'zaro ta'sir usullari, yon zanjirning qadoqlash o'lchovlari va o'lchovlari vodorod aloqasi ushlab turish.^[6]